Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatyka, protokoły, DNA, RNA Białko Proteomika

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Strona główna Biologia protokoły bioinformatycznych narzędzi Biologia Forum Biologii Molekularnej Encyklopedia Biologii Molekularnej Obrazy Bookmark Us!

home > protein-microarrays > protein-chip-types > index.php Strona główna> białka microarrays> białko-chip-rodzaje> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Biologii Molekularnej Strona główna Wiadomości Nauka Nauka filmy DNA, RNA Białko Proteomika Badania BETA! Bioinformatics Lab Equipment Techniki Biologii Molekularnej Biologii Molekularnej produkty i usługi związane Biologia Linki

Molecular Biology Blog Biologii Molekularnej Blog

Send this page to a friend Wyślij tę stronę znajomemu

Intracellular Stations Stacje wewnątrzkomórkowa

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Przeciwciało Botanika Wspólnej Zderzaki Zderzaki Alfabetyczna Księgarnia Biologii Komórki i Kultury elektroforeza Histologii Microarrays Immunologia Spektrometrii Mas Mikrobiologii obrazowanie molekularne Peptide Proteomika Protein Microarray Chips PCR, Real-Time PCR RNAi i SiRNA Stem Cell Biology Transfekcja Western Blot

Protein Array Protocols Array Protein Protocols	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatyka	Learn about Protein Arrays Dowiedz się więcej na temat Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array Zestawy i produkty	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Aktualności

Types of Protein Microarray and Antibody Chips Rodzaje Protein Microarray i Antibody Chips

Protein and Antibody Microarrays Protein Microarrays i Antibody

Protein Chips and Antibody Microarrays - Glass Slides, Microwell/Nanowell Protein Microarrays Chips i Przeciwciało - Szkło Zjeżdżalnie, Microwell / Nanowell

Two major protein chip formats are now used, including glass slides and nanowells (8,27).  Due to the large amounts of slide adherence methods only the most common and major types will be mentioned here. Dwa główne białko chip formaty są obecnie wykorzystywane, w tym szkło i slajdy nanowells (8,27). Ze względu na duże ilości slajdów przestrzeganie metod tylko najczęstsze i główne typy będą wymienione tutaj.
It is important that protein chips retain proteins in an active state at high densities, are compatible with most commercial arrayers and scanners, and can be printed in such a fashion that the proteins remain in a moisturized environment (8,27). Ważne jest, aby utrzymać białka chipy białek w stanie aktywnym przy wysokich gęstościach, są zgodne z najbardziej komercyjnych arrayers i skanery, i mogą być wydrukowane w taki sposób, że białka pozostają w moisturized środowiska (8,27). (See Figure 2). (Patrz rysunek 2).

Glass Slide Chips Szkło Slajd Chips
Glass slides have the advantage that they are compatible with standard microarray equipment and detection equipment used for DNA chips.  They are also inexpensive.  The majority of studies are now using glass slides.  However, they have a high evaporation rate and are susceptible to possible cross-contamination (8,27). Szkło slajdy mają tę zaletę, że są one zgodne z normą microarray sprzęt i urządzenia używane do wykrywania chipy DNA. Są również niedrogie. Większości badań są obecnie za pomocą szklanych slajdów. Jednakże, mają one wysoki wskaźnik parowania i możliwe są podatne na krzyż zanieczyszczeń (8,27).
The first strategies for the creation of protein arrays on glass were developed by Mirzabekov et al..  Arrays were produced by immobilizing proteins in tiny gel pockets that were attached to the glass surface.  A variety of immunoassays, antigen detection, and enzymatic assays were carried out.  Due to the 3D matrix structure, protein immobilization was very efficient (28-30). Pierwszy strategii tworzenia białka na szkle tablice zostały opracowane przez Mirzabekov et al .. Tablice zostały wyprodukowane przez immobilizing białek w żelu małe kieszenie, które zostały dołączone do powierzchni szkła. Różnorodne testy immunologiczne, wykrywania antygenu i enzymatyczne testy zostały przeprowadzone . Ze względu na strukturę matrycy 3D, białka unieruchomiony był bardzo wydajne (28-30).
In another study, proteins were attached to a glass surface activated with a crosslinking agent that reacts with primary amines (31).  Proteins were spotted in a 40% glycerol solution which keeps proteins in a wet environment and prevents dehydration.  To determine that their protein microarrays were feasible for biochemical assays, they tested three known protein-protein interactions, three known kinase-substrate reactions, and three known protein-ligand interactions using fluorophore-tagged proteins, radiolabeled ATP, and synthetic ligands coupled to fluorescently labeled bovine serum albumin (BSA), respectively.  In most of the experiments, small numbers of proteins were spotted however in one experiment they identified a single spot within an array of 10,000 spots containing one other protein.  This work demonstrated the potential of protein microarrays in large-scale biochemical assays however their study analyzed a very small number of proteins and novel activities were not identified. W innym badaniu, białka zostały dołączone do powierzchni szkła aktywowane z sieciowania agenta, że reaguje z podstawowej aminy (31). Proteins zostały dostrzeżone w 40% glicerolu rozwiązanie, które prowadzi białek w środowisku wilgotnym i zapobiega odwodnieniu. Aby ustalić, że ich białka microarrays były możliwe do analiz biochemicznych, one testowane trzy znane interakcje białko-białko, trzy znane kinazy-substrat reakcji, a trzy znane interakcje białko-ligand za pomocą fluorophore-otagowane białek, radiolabeled ATP i syntetyczne ligandy fluorescencyjne w połączeniu z etykietą albuminy surowicy bydlęcej ( BSA). W większości doświadczeń, małe ilości białka zostały jednak zauważone w jednym eksperymencie one zidentyfikowane w jednym miejscu tablicę 10000 spoty zawierające jedno inne białka. Pracy wykazano potencjał białka microarrays na dużą skalę biochemiczne analiz ich badaniu analizowano jednak bardzo mała liczba białek i nowatorskie działania nie zostały zidentyfikowane.
Another study used glass slides for the detection of several protein antigens.  Analytes were spotted onto a treated glass surface at high density using a hand-spotting device or a microarray robot.  The spotted analytes were detected using antibodies attached to an oligonucleotide primer and a rolling circle amplification reaction.  The technique had a high sensitivity, a wide dynamic range, and excellent spot-to-spot reproducibility W kolejnym badaniu wykorzystywane szkło slajdy do wykrywania białka kilka antygenów. Analitów zostały dostrzeżone na jeden traktowane na powierzchni szkła o wysokiej gęstości przy użyciu ręcznych plamień lub urządzenie microarray robot. Analitów dostrzeżone zostały wykryte za pomocą przeciwciał załączony do oligonukleotydu primerów i toczenia koła reakcji amplifikacji. technika miała wysoką czułość, szeroki zakres dynamiki oraz doskonałą miejscu na miejscu odtwarzalności
(32).
Most groups now directly array proteins and antibodies onto plain glass slides (31,33-35) and spotting is carried out in a humidity-controlled environment (8). Większość grup obecnie bezpośrednio tablicy białek i przeciwciał na zwykłego szkła slajdy (31,33-35) i plamień jest przeprowadzana w kontrolowanym środowisku wilgotności (8).

Microwell/Nanowell Chips Microwell / Nanowell Chips
Compatible with standard microarray and detection equipment however alignment is required.  This method is versatible for solution-based assays and multiple-component reactions.  Evaporation is reduced and there is no cross-contamination.  Also these chips are relatively inexpensive (8,27). Zgodne z normą microarray i sprzętu do wykrywania jednak wymagane jest dostosowanie. Ta metoda jest versatible do rozwiązania oparte na analizach i wielu części reakcje. Parowanie jest zmniejszona i nie ma ryzyka zanieczyszczenia krzyżowego. Ponadto wióry te są stosunkowo niedrogie (8,27).
Zhu et al., fabricated an open structure, namely nanowells on a polydimethylsiloxane (PDMS) surface supported by the standard glass slides (36). Zhu et al., Wyroby otwartej struktury, a mianowicie nanowells na Polidimetylosiloksan (PDMS) Powierzchnia obsługiwana przez standardowe szkła slajdy (36).
These chips consist of an array of microwells in a disposable silicone elastomer, poly(dimethylsiloxane) (PDMS) (37). Te chipy składa się z tablicą microwells w dyspozycji elastomeru silikonowego, poli (dimethylsiloxane) (PDMS) (37). Microwell arrays allow small volumes of different analytes to be densely packed on a single chip, yet remain physically segregated during subsequent batch processing. Microwell tablice pozwalają małych ilości różnych analitów się gęsto zapakowane w jednym chipie, pozostaje jeszcze fizycznie rozdzielone podczas kolejnych partii danych. Proteins were covalently attached to the wells using a crosslinker 3-glycidoxypropyltrimethoxysilane (GPTS) (38). Białka związane kowalencyjnie zostały dołączone do studzienek przy użyciu crosslinker 3-glycidoxypropyltrimethoxysilane (GPTS) (38).
Captured molecules can be easily recovered from the nanowells.  When covered with gold in the nanowells, it is expected that high-throughput mass spectrometry and surface plasmon resonance analyses can be performed.  The greatest disadvantage of this technique is that specialzed equipment is required to load the nanowells at high density (8,27). Captured cząsteczki mogą być z łatwością odzyskane z nanowells. Gdy pokryte złotem w nanowells, oczekuje się, że wysokiej przepustowości i spektrometria masowa powierzchni rezonansu plazmonowego analiz mogą być wykonywane. Największą wadą tej metody jest to, że specialzed urządzenia wymagane jest, aby załadować nanowells się na wysokiej gęstości (8,27).

Next: Protein and Antibody Attachment Methods - Creation of a Microarray Chip Dalej: białka i przeciwciał Zajęcie Metody - Utworzenie w Microarray Chip

Go Back to: Wróć do:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Wprowadzenie i kontekst białka i przeciwciał Chips Chips.

References for Protein and Antibody Microarrays Odniesienia do białka i przeciwciał Microarrays