Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatyka, protokoły, DNA, RNA Białko Proteomika

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Strona główna Biologia protokoły bioinformatycznych narzędzi Biologia Forum Biologii Molekularnej Encyklopedia Biologii Molekularnej Obrazy Bookmark Us!

home > protein-microarrays > protein-chip-capture > index.php Strona główna> białka microarrays> białko-chip-capture> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Biologii Molekularnej Strona główna Wiadomości Nauka Nauka filmy DNA, RNA Białko Proteomika Badania BETA! Bioinformatics Lab Equipment Techniki Biologii Molekularnej Biologii Molekularnej produkty i usługi związane Biologia Linki

Molecular Biology Blog Biologii Molekularnej Blog

Send this page to a friend Wyślij tę stronę znajomemu

Intracellular Stations Stacje wewnątrzkomórkowa

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Przeciwciało Botanika Wspólnej Zderzaki Zderzaki Alfabetyczna Księgarnia Biologii Komórki i Kultury elektroforeza Histologii Microarrays Immunologia Spektrometrii Mas Mikrobiologii obrazowanie molekularne Peptide Proteomika Protein Microarray Chips PCR, Real-Time PCR RNAi i SiRNA Stem Cell Biology Transfekcja Western Blot

Protein Array Protocols Array Protein Protocols	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatyka	Learn about Protein Arrays Dowiedz się więcej na temat Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array Zestawy i produkty	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Aktualności

Protein Microarray Capture Molecules and Their Limitations Protein Microarray Capture cząsteczkami i ich ograniczenia

Protein and Antibody Microarray Chips Białka i przeciwciał Microarray Chips

Capture Molecules and Their Limitations - Protein Chips Capture cząsteczkami i ich ograniczenia - białko Chips

Capture Molecules and their Limitations Capture cząsteczek i ich ograniczenia
The most common form of analytical protein arrays are antibody microarrays in which antibodies (or antibody mimics) that bind specific antigens are arrayed on a glass slide at high density. Najbardziej rozpowszechnioną formą białka tablic analitycznych są przeciwciała microarrays, w którym przeciwciała (przeciwciała lub naśladuje), które wiążą się konkretne antygeny ustawił na szkło slajdów w wysokiej gęstości. A lysate is passed over the array and the bound antigen is detected after washing. A lysate jest przekazywana na tablicy i związanie antygenu jest wykrywane po praniu. The biggest challenge with these methods is producing reagents that identify the protein of interest and with high enough specificity in a high-throughput fashion.  Although antibodies are the traditional reagent of choice for detecting proteins in complex mixtures, polyclonal sera are often not specific and are expensive to produce. Największym wyzwaniem z tych metod jest produkujących odczynniki, że określenie zainteresowania i białka o wysokiej specyficzności w wystarczająco wysokiej przepustowości mody. Pomimo, że przeciwciała są tradycyjne wyboru odczynnika do wykrywania białka w złożonych mieszanin, surowic poliklonalnych często nie są specyficzne i są kosztowne do wyprodukowania. Also, the conventional hybridoma method of producing highly specific monoclonal antibodies is time-consuming, laborious and costly (8). Ponadto, konwencjonalne metody wytwarzania hybrydowych bardzo specyficzne przeciwciała monoklonalne są czasochłonne, pracochłonne i kosztowne (8).

Several studies using antibodies have recently been conducted despite the obstacles in obtaining specific antibodies. Kilka badań z wykorzystaniem przeciwciał zostały niedawno prowadzone pomimo przeszkód w uzyskaniu specyficznych przeciwciał.  In one of the largest studies to date, Sreekumar et al. W jednym z największych studiów do daty, Sreekumar et al. spotted 146 distinct antibodies on glass to monitor the alternations of protein quantity in LoVo colon carcinoma cells. spotted 146 odrębnych przeciwciał na szkło do monitorowania alternations ilości białka w komórkach raka okrężnicy LoVo. Their results revealed radiation-induced up-regulation of many interesting proteins, including p53, DNA fragmentation factor 40 and 45, tumour necrosis factor-related ligand, as well as down-regulated proteins (58). Ich wyniki ujawniły się przed promieniowaniem regulacji wielu interesujących białka, w tym P53, fragmentacja DNA czynnika 40 i 45, czynnika martwicy nowotworu-ligand, jak również w dół regulowany białek (58).

To date, most antibody microarrays were produced with several dozen or a few hundred commercially available poly- or mono-clonal antibodies.  Although tens of thousands of antibodies are commercially available, this number is insufficient because for most proteins there are no available antibodies.  The fact that many antibodies are glycosylated and contain large protein-based supporting structures means that they often cross-react with more than one target protein.  This can contribute to a large number of false positives (9).  Thus another problem has been obtaining high-specificity antibodies. Do tej pory, większość przeciwciał microarrays zostały wyprodukowane z kilkadziesiąt lub kilkaset komercyjnie dostępne poli-lub mono-klonów przeciwciał. Pomimo, że dziesiątki tysięcy przeciwciała są dostępne komercyjnie, liczba ta jest niewystarczająca, ponieważ dla większości białek nie są dostępne przeciwciała. Fakt, że wielu przeciwciała są glikozylowanej i zawierają dużą białka oparte na wspieraniu struktur oznacza, że często reakcję krzyżową z więcej niż jednego docelowego białka. Może to przyczynić się do dużej liczby fałszywych alarmów (9). Tak więc kolejny problem został uzyskania wysokiej swoistość przeciwciał.

One of the greatest problem with antibody arrays is specificity. Jednym z największych problemów z tablic jest swoistość przeciwciał. Proteins are often present in a very large dynamic range (106); thus, reagents that might have high affinity for one protein, but are low affinity for another will still exhibit detection of the lower affinity protein if it is much more prevalent (9). Białka są często obecne w bardzo duży zakres dynamiki (106); w ten sposób, odczynniki, które mogą mieć wysokie powinowactwo dla jednego białka, ale są niskie powinowactwo do drugiego będzie nadal wykazują wykrywania niższe powinowactwo białka, jeżeli jest ona znacznie bardziej powszechne (9) . One group investigated the ability of 115 well-characterized antibody–antigen pairs to react in high-density microarrays on modified glass slides. Jedna grupa badanych zdolności 115 dobrze charakteryzuje antygen-przeciwciało par reagować w wysokiej gęstości microarrays na zmodyfikowano szkło slajdów. 30% of the pairs showed the expected linear relationships, indicating that a fraction of the antibodies were suitable for quantitative analysis (33). 30% pary wykazało oczekiwane liniowej relacji, wskazując, że część przeciwciał były odpowiednie do analizy ilościowej (33). Many groups have been using sandwich assays to avoid this problem.  A sandwich assay is performed by spotting the first antibody on the array and then detecting the using a second antibody that recognizes a different part of the proteins. Wiele grup zostały przy użyciu sandwich analiz w celu uniknięcia tego problemu. Sandwich teście jest wykonywana przez plamień pierwsze przeciwciała na tablicy, a następnie wykrywaniu za pomocą drugiego przeciwciała, które rozpoznają inną część białek. This approach dramatically increases the specificity of the antigen detection, but required that a least two high-quality antibodies exist for each antigen to be detected (8). Takie podejście znacznie zwiększa swoistość wykrywania antygenu, ale wymaga, aby co najmniej dwie wysokiej jakości przeciwciał dla każdego antygenu, które mają być wykrywane (8).

Next: Antibody Microarrays: Problems and Solutions Dalej: Antibody Microarrays: problemy i rozwiązania

References for Protein and Antibody Microarrays Odniesienia do białka i przeciwciał Microarrays

Back to: Powrót do:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Wprowadzenie i kontekst białka i przeciwciał Chips Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Rodzaje przeciwciała i białka Chips