Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatyka, protokoły, DNA, RNA Białko Proteomika

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Strona główna Biologia protokoły bioinformatycznych narzędzi Biologia Forum Biologii Molekularnej Encyklopedia Biologii Molekularnej Obrazy Bookmark Us!

home > protein-microarrays > protein-chip-attachment > index.php Strona główna> białka microarrays> białko-chip-attachment> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Biologii Molekularnej Strona główna Wiadomości Nauka Nauka filmy DNA, RNA Białko Proteomika Badania BETA! Bioinformatics Lab Equipment Techniki Biologii Molekularnej Biologii Molekularnej produkty i usługi związane Biologia Linki

Molecular Biology Blog Biologii Molekularnej Blog

Send this page to a friend Wyślij tę stronę znajomemu

Intracellular Stations Stacje wewnątrzkomórkowa

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Przeciwciało Botanika Wspólnej Zderzaki Zderzaki Alfabetyczna Księgarnia Biologii Komórki i Kultury elektroforeza Histologii Microarrays Immunologia Spektrometrii Mas Mikrobiologii obrazowanie molekularne Peptide Proteomika Protein Microarray Chips PCR, Real-Time PCR RNAi i SiRNA Stem Cell Biology Transfekcja Western Blot

Protein Array Protocols Array Protein Protocols	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatyka	Learn about Protein Arrays Dowiedz się więcej na temat Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array Zestawy i produkty	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Aktualności

Protein Attachment to Microarray Chips Protein Microarray przywiązanie do Chips

Protein and Antibody Microarrays Protein Microarrays i Antibody

Creation and Manufacture of Protein and Antibody Microarray Chips Tworzenie i produkcja białka i przeciwciał Microarray Chips

Attachment Zajęcie
To attach proteins to a solid surface, the surface of the substrate has to be modified to achieve maximum binding capacity (8,27).  The proteins are attached to the chip on a protein attachment layer (see Figure 3).  This layer is typically an organic film which varies with the nature of the application.  A variety of materials have been studied including agarose (39), dextran-based hydrogel (40), porous polyacrylamide hydrogel  hydrophilic polymers and polyamino acids (41). Aby dołączyć białek do powierzchni stałych, powierzchni podłoże musi być zmodyfikowane w celu osiągnięcia maksymalnej zdolności wiążące (8,27). Białek są załączone do chip na białka zajęcia warstwy (patrz rys. 3). Ta warstwa jest zwykle organiczny film, który różni się w zależności od rodzaju zastosowania. różnorodne materiały zostały zbadane w tym agarozy (39), zręczny oparte na hydrożelu (40), porowatych poliakrylamidowym hydrożelem hydrofilowe polimery i polyamino kwasy (41).
A convenient attachment method used nitrocellulose-membrane or poly-L-Lysine coated glass such that proteins could be passively absorbed onto the surface through non-specific interactions (34,42,43).  The attached proteins bind onto the surface in random orientations and can be washed off under stringent washing conditions.  However, the noise level is usually higher because of the non-specific absorption/adsorption. Wygodnym zajęciu metoda stosowana membrana nitroceluloza-lub poli-L-Lizyna powlekane szkła takich białek, które mogą być wchłaniane biernie na powierzchni nie poprzez specyficzne interakcje (34,42,43). Załączony wiązania białek na powierzchni w losowych i kierunki mogą być myte w ramach off mycia rygorystyczne warunki. Niemniej jednak, poziom hałasu jest zwykle wyższy z powodu braku konkretnych absorpcji / adsorpcji.
A more specific and stronger attachment is achieved by creating reactive surfaces on glass that can covalently cross-link to proteins (31,36,26).  A bifunctional silane cross-linker is used to form a self-assembled monolayer (SAM), which has one functional group that reacts with the hydroxyl groups on glass the glass surface, and another group which is free to react with primary amine groups of proteins or can be further chemically modified to reach maximum specificity (44,45).  Another variation is gold-coated glass (46,47).  The advantage of gold-coated chips is that SPR and mass spectrometry can be integrated as detection methods to monitor the dynamics of the reaction, and to identify the captured molecules. Bardziej konkretne i silniejsze przywiązanie jest osiągnięta poprzez tworzenie reaktywnych na powierzchni szkła, które mogą związane kowalencyjnie cross-link do białek (31,36,26). Bifunctional silan cross-linkera jest używany do utworzenia własnej montowane monolayer (SAM), która ma jedną grupą funkcyjną, że reaguje z grupy hydroksylowe na szklanej powierzchni szkła, a inna grupa, która ma prawo reagować z pierwotnych grup aminowych białek lub mogą być dalej modyfikowane chemicznie, aby osiągnąć maksymalną swoistość (44,45). kolejną odmianę jest złotem powlekane szkło (46,47). Zaletą powlekanych złotem chipów jest, że SPR i spektrometria masowa może być zintegrowany jako metody monitorowania dynamiki reakcji, a także do identyfikacji cząsteczek złapany.
The above-mentioned covalent cross-linking approaches however have a disadvantage. Wyżej wymienione kowalencyjnych sieciowanie podejść jednak mieć niekorzystne. Due to the fact that reactive ligands also exist in the side chains of proteins it is possible that their random attachment may alter the native confirmation of proteins, reduce the activity of proteins, or make them inaccessible to probes (8,27). Ze względu na fakt, że istnieją również reaktywne ligandy w boczne łańcuchy białek jest możliwe, że ich losowo zajęcia mogą zmienić native potwierdzenie białka, zmniejszenie aktywności białek, lub uczynić je niedostępnym dla sondy (8,27).
In order to orient proteins uniformily away from the surface of the chip, proteins may be fused with a high-affinity tag at their amino or carboxy termini.  With this method, immobilized proteins/antibodies are more likely to remain in their native conformation, thus allowing the analytes efficient access to the active sites of the proteins.  This method was first successfully demonstrated with the attachment of 5800 fusion proteins containing a His tag onto a nickel-coated glass slide (26).  Other affinity methods such as glutathione/GST have also been used (48). W celu zorientowania białek uniformily od powierzchni chipa, białka mogą być scalone z wysokim powinowactwem znacznikiem na ich amino lub karboksy Termini. Z tej metody, unieruchomiony białek / przeciwciała są bardziej skłonni do pozostania w ich budowy, co umożliwiając analitów skutecznego dostępu do aktywnych witryn z białek. Metoda ta została po raz pierwszy z powodzeniem wykazać, zajęcia 5800 syntezy białek zawierających Jego znacznikiem na niklu powlekane szkło slajdów (26). powinowactwo Inne metody, takie jak glutathione / GST mają również zostały wykorzystane (48).
Streptavidin based immobilization methods have been also widely employed to attach any biotinylated biological element to the array surface (49). Streptawidyna unieruchomienia metody oparte zostały również szeroko zatrudnionych dołączyć wszelkie Biotinylated biologicznych element tablicy powierzchni (49).
The chip support material is important because proteins are highly sensitive to physiochemical properties.  For example, polar arrays are chemically treated to bind to hydrophilic proteins however such surfaces are unsuitable for cell membrane proteins (eg G-protein coupled receptors) as they possess hydrophobic domains (9). Chipa materiałów jest ważne, ponieważ białka są bardzo wrażliwe na właściwości fizykochemicznych. Na przykład, tablice polarne są chemicznie wiążą się z białkami hydrofilowe jednak takie nie nadają się do powierzchni membrany komórek białek (np. G-białka w połączeniu z receptorami), ponieważ posiadają hydrofobowych domen (9).
Proteins do not behave like nucleic acids, and different proteins will behave in different ways when exposed to the same surface chemistry.  Different types a surface chemistries will thus promote the retention of some proteins and cause denaturation or loss of activity of others.  Therefore, the proper choice of surface chemistry is important as this will allow immobilized proteins of diverse types to retain their secondary and tertiary structures, and thus their biological activity.  This problem is magnified when the number of different spots on the chip increases, as there may be 100 different ways to immobilize 100 different proteins in order to obtain proper folding and function of all the proteins.  Also a significant problem is because the functions of most proteins are currently unknown, so there is no method to actually test whether they are still functional on the chip (7). Białka nie zachowywać się jak kwasy nukleinowe i białka różnych będzie zachowywać się w różny sposób narażone na tej samej powierzchni chemii. Różne rodzaje powierzchni chemistries ten sposób promować zachowania niektórych białek i denaturacji lub spowodować utratę aktywności innych. W związku z tym właściwego wyboru Fizykochemii Powierzchni jest ważne, gdyż pozwoli to unieruchomiony białek różnych typów szkół średnich i utrzymać ich struktur trzeciorzędowych, a tym samym ich aktywności biologicznej. Problem ten jest powiększony, gdy liczba różnych miejscach na chipie podwyżki, ponieważ nie może być 100 różne sposoby immobilize 100 różnych białek w celu uzyskania prawidłowego funkcjonowania i zwijania wszystkich białek. Ponadto problemem jest znaczący, ponieważ większość funkcji białek są obecnie nieznane, więc nie ma sposobu, aby sprawdzić, czy rzeczywiście są one wciąż funkcjonalnych na chip (7).

Next: Protein Chip Delivery Methods Dalej: Białko Chip Metody dostawy

References for Protein and Antibody Microarrays Odniesienia do białka i przeciwciał Microarrays

Back to: Powrót do:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Wprowadzenie i kontekst białka i przeciwciał Chips Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Rodzaje przeciwciała i białka Chips