Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatyka, protokoły, DNA, RNA Białko Proteomika

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Strona główna Biologia protokoły bioinformatycznych narzędzi Biologia Forum Biologii Molekularnej Encyklopedia Biologii Molekularnej Obrazy Bookmark Us!

home > protein-microarrays > applications-protein-chips > index.php Strona główna> białka microarrays-> Aplikacje-białko-chipów> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Biologii Molekularnej Strona główna Wiadomości Nauka Nauka filmy DNA, RNA Białko Proteomika Badania BETA! Bioinformatics Lab Equipment Techniki Biologii Molekularnej Biologii Molekularnej produkty i usługi związane Biologia Linki

Molecular Biology Blog Biologii Molekularnej Blog

Send this page to a friend Wyślij tę stronę znajomemu

Intracellular Stations Stacje wewnątrzkomórkowa

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Przeciwciało Botanika Wspólnej Zderzaki Zderzaki Alfabetyczna Księgarnia Biologii Komórki i Kultury elektroforeza Histologii Microarrays Immunologia Spektrometrii Mas Mikrobiologii obrazowanie molekularne Peptide Proteomika Protein Microarray Chips PCR, Real-Time PCR RNAi i SiRNA Stem Cell Biology Transfekcja Western Blot

Protein Array Protocols Array Protein Protocols	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatyka	Learn about Protein Arrays Dowiedz się więcej na temat Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array Zestawy i produkty	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Aktualności

Applications of Protein Microarrays Wnioski białka Microarrays

Protein and Antibody Microarrays Protein Microarrays i Antibody

Protein Chip Applications Białko Chip Wnioski

Applications of Protein Chips Wnioski białka Chips
1) Proteomics 1) Proteomika
Protein chip technologies will provide a powerful, high-throughput and versatile tool for the genome-scale analysis of gene function (see Figure 4).  Enzyme activity, protein–protein and protein–nucleic-acid interactions, and small-molecule drug interactions may all be analyzed directly on the protein level (77,78).  Arrays may be engineered to address protein identification, quantitation, and affinity studies.  A profiling array may quantitate levels of specific proteins on a global scale allowing for a comparison of normal and disease states.  An affinity array may analyze the interactions of peptides, proteins, oligonucleotides, sugars, lipids, or small molecules and chemicals with immobilized proteins such as receptors, enzymes, or antibodies (8). Białko technologii chip potężnego zapewni wysokiej przepustowości i wszechstronne narzędzie do genomu skalę analizy funkcji genów (patrz rys. 4). Aktywności enzymu, białko-białko i białko-interakcji kwasu nukleinowego, a małe cząsteczki narkotyku interakcji, mogą wszystkich być analizowane bezpośrednio na poziom białka (77,78). tablice mogą być modyfikowane w celu identyfikacji białka, ilościowego, i powinowactwo badań. profilowanie tablicy maj quantitate poziomów specyficznych białek na skalę światową pozwalające na porównanie normalnej i choroby członkowskich. powinowactwo An array maja analizowanie interakcji peptydy, białka, oligonucleotides, cukrów, tłuszczu, lub małych cząsteczek chemicznych i immobilizowane z białek, takich jak receptory, enzymy, przeciwciała (8).
Currently, the rate-limiting step is the production of large numbers of proteins. Obecnie stopa-krokiem jest ograniczenie produkcji dużych ilości białka. The ability to automate protein production and proteins fused to high-affinity tags will greatly expedite protein-chip development. Możliwość zautomatyzowania produkcji białka i protein topionego na wysokim powinowactwie znaczniki będą znacznie przyspieszyć rozwój białka-chip.  High-density chips containing large sets of proteins or even entire proteomes will allow the high-throughput analysis of biochemical activities, protein–protein interactions and post-translational modifications, such as phosphorylation, dephosphorylation, protein methylation, and ubiquitination. Wysokiej gęstości chipów zawierających duże zestawy białek lub nawet całego proteomes pozwoli na wysokiej przepustowości analiz biochemicznych działania, interakcje białko-białko i post-translacyjne modyfikacje, takie jak fosforylacja, dephosphorylation, metylacja białka, a ubiquitination.

The ultimate goal of proteomics is to the study biochemical activities of every protein encoded by an organism or proteome.  A landmark study conducted prepared the first proteome chip by cloning ~94% (>5800 of 6200) of the yeast open reading frames in a yeast expression vector which expressed the proteins as N-terminal GST-His x6 double tagged fusions.  A high-throughput yeast protein purification method was developed to individually purify proteins. Ostatecznym celem jest proteomika do badań biochemicznych działalności każdego białka kodowane przez organizm lub Proteome. Kamień milowy badanie przygotowane pierwszy chip Proteome przez klonowanie ~ 94% (> 5800 do 6200) z drożdży otwarte ramki odczytu w drożdże wektora ekspresji białek, które wyrażone jako N-terminal gst-x6 Jego podwójne oznaczone fusions. wysokiej przepustowości oczyszczania białka drożdży metoda została opracowana, aby oczyścić indywidualnie białek. 80% of yeast proteins were full length and of sufficient quantity to be detectable by most assay types. 80% białka drożdży były pełne i długości wystarczającej ilości, aby być wykrywalny przez większość typów testu. The proteins were then purified using the GST tags and were then attached to Ni-NTA-coated glass slides using the HisX6 tags.  In addition to identifying known interactions, 33 novel binding proteins were detected.  150 novel lipid-binding proteins were also identified.  This study demonstrated that an entire proteome can be immobilized on a glass surface to directly screen for interactions with proteins and small molecules (26). Białek zostały następnie oczyszczona z wykorzystaniem GST tagi i następnie zostały dołączone do Ni-NTA powlekane szkło slajdów przy użyciu tagów HisX6. Oprócz identyfikacji znane interakcje, 33 nowych białek wiążących zostały wykryte. 150 powieść lipidów wiążące białka zostały również zidentyfikowane. Badanie to pokazało, że cały Proteome może być unieruchomiony na szklaną powierzchnię ekranu bezpośrednio do interakcji z białek i małych cząsteczek (26).
The coupling of mass-spectrometry and protein chips will have wide applications in identifying players in protein–protein interactions, and also in drug discovery (80). Sprzęg-spektrometrii masowej i białka chipy będą miały szerokiego zastosowania w identyfikacji zawodników w interakcje białko-białko, a także leków (80).  Proteins and small-molecule ligands bound to proteins immobilized on chip can be identified using matrix-assisted laser desorption/ionisation time of flight (MADLI-TOF) mass spectroscopy. Białka i małych ligandy cząsteczka związana z białkami unieruchomiony na chipie mogą być identyfikowane za pomocą matrycy pomocą lasera desorpcja / ionisation czasie lotu (MADLI-TOF) spektroskopii masowej.  Microwell formats are particularly suited for this purpose. Microwell formaty są szczególnie predestynowane do tego celu. Thus, molecules and proteins that specifically bind to many different proteins can be identified and this information can be used to deduce molecular networks and pathways. Tak, cząsteczek i białek, które wiążą się specyficznie z wielu różnych białek mogą być identyfikowane i te informacje mogą być wykorzystane do wywnioskowanie molekularnej i sieci dróg.
One area that will require technological improvements is the analysis of membrane proteins. Jednym z obszarów, które wymagają ulepszeń technologicznych jest analiza białek membranowych.  A large amount of proteins are likely to be membrane-bound, since as many as one third of all yeast proteins are membrane proteins or secreted proteins (81). A duże ilości białka mogą być związana z membraną, ponieważ aż jedna trzecia wszystkich białek drożdży są membrany białek lub wydzielany białek (81). Due to the fact that many of these proteins are active when in membranes, it therefore may be necessary to purify or reconstitute them with associated lipids. Ze względu na fakt, że wiele z tych białek są aktywne, gdy w membrany, dlatego może być konieczne, aby oczyścić je lub odtworzenie związane z lipidów. However, this may not be so difficult. Jednakże, ten nie może być tak trudne. One group was able to immobilize biotinylated membranes that contain the G-protein-coupled receptor rhodopsin on a gold-coated glass surface, and establish a functional assay for that protein (82). Jedna grupa była w stanie immobilize Biotinylated membran, które zawierają G-białka w połączeniu receptora Rodopsyna na złoto powlekanych powierzchni szkła, i ustanowienie funkcjonalnej analizy tego białka (82).  Similar procedures may make it possible to analyze membrane proteins in a chip format. Podobne procedury mogą umożliwić analizy białek membranowych w formacie chip.
2) Diagnostics 2) Diagnostyka
Another area which will benefit from protein areas is diagnostics. Kolejną dziedziną, która będzie korzystać z białka obszarach jest diagnostyka. Highly parallel analysis on arrays will allow determination of disease markers (eg tumour markers) in extracts with only a minimum of biopsy (sample) material, creating new possibilities for monitoring disease (cancer) treatment and therapy (83). Wysoce równolegle analizy tablic pozwoli na określenie markerów chorób (np. nowotworowych markerów) w wyciągi z jedynie minimum biopsji (próbka) materiał, tworząc nowe możliwości w zakresie monitorowania choroby (rak) leczeniu i terapii (83).

.

Next: Protein Microarrays: Future Directions and Conclusions Dalej: Protein Microarrays: Future directions i Wnioski

References for Protein and Antibody Microarrays Odniesienia do białka i przeciwciał Microarrays

Back to: Powrót do:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Wprowadzenie i kontekst białka i przeciwciał Chips Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Rodzaje przeciwciała i białka Chips