Welcome to Molecular Station! Zapraszamy do Molekularnej Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Musisz się zarejestrować zanim będziesz mógł umieścić na naszym forum lub skorzystać z zaawansowanych funkcji. Register Now! Zarejestruj się teraz! Its Free and Fast! Jego Darmowy i Fast!

Already registered? Już zarejestrowany? Login now below. Zaloguj się poniżej.

User Name: Nazwa użytkownika:

Password: Hasło:

Remember Me? Remember Me?

Already registered and Forgot your password? Już zarejestrowany i Zapomniałeś hasła? Click below to recover it. Kliknij poniżej, aby ją odzyskać.

Recover Lost Password Odzyskaj Nie pamiętam hasła

Join now - it's fast and free! Dołącz teraz - szybko i za darmo!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molekularnej Station to największa sieć badaczy, naukowców i miłośników nauki w dowolnym miejscu!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

Comparative Genomics - Bioinformatics Genomika porównawcza - Bioinformatyka

Comparative Genomics Introduction Genomika porównawcza Wprowadzenie

Comparative genomics is the study of relationships between the genomes of different species or strains. Genomika porównawcza jest badanie relacji między genomów różnych gatunków lub szczepów. Comparative genomics is an attempt to take advantage of the information provided by the signatures of selection to understand the function and evolutionary processes that act on genomes. Genomika porównawcza jest próba skorzystania z informacji dostarczonych przez podpisów selekcji do zrozumienia funkcji i procesów ewolucyjnych, które działają na genomów. While it is still a young field, it holds great promise to yield insights into many aspects of the evolution of modern species. Mimo że jest jeszcze młoda dziedzinie, posiada wielką obietnicę na plon spostrzeżeniami na wiele aspektów rozwoju współczesnych gatunków. The sheer amount of information contained in modern genomes (several gigabytes in the case of humans) necessitates that the methods of comparative genomics are mostly computational in nature. Sama ilość informacji zawartych w nowoczesnych genomów (kilka gigabajtów w przypadku ludzi) wymaga, aby genomika porównawcza metod obliczeniowych są głównie w naturze. Gene finding is an important application of comparative genomics, as is discovery of new, non-coding functional elements of the genome. Gene znalezienie jest ważnym stosowania genomika porównawcza, jak to jest odkrycie nowych, innych niż kodowanie funkcjonalnych elementów genomu.

Comparative genomics exploits both similarities and differences in the proteins, RNA, and regulatory regions of different organisms to infer how selection has acted upon these elements. Genomika porównawcza wykorzystuje zarówno podobieństwa i różnice w białka, RNA, regulacyjnych i różnych regionów organizmów wyprowadzić jak wybór działała na te elementy. Those elements that are responsible for similarities between different species should be conserved through time (stabilizing selection), while those elements responsible for differences among species should be divergent (positive selection). Te elementy, które są odpowiedzialne za podobieństw między różnymi gatunkami powinny być zachowane w czasie (stabilizujący wyboru), podczas gdy te elementy odpowiedzialne za różnice pomiędzy gatunkami powinny być rozbieżne (pozytywny wybór). Finally, those elements that are unimportant to the evolutionary success of the organism will be unconserved (selection is neutral). Wreszcie, te elementy, które są nieważne na ewolucyjny sukces organizmu będzie unconserved (wybór jest neutralne).

Identifying the mechanisms of eukaryotic genome evolution by comparative genomics is one of the important goals of the field. Rozpoznanie mechanizmów ewolucji genomu eukariotycznego przez genomika porównawcza jest jednym z najważniejszych celów w tej dziedzinie. It is however often complicated by the multiplicity of events that have taken place throughout the history of individual lineages, leaving only distorted and superimposed traces in the genome of each living organism. Jest jednak często skomplikowane, przez wielość wydarzeń, które miały miejsce w całej historii poszczególnych linii, pozostawiając tylko zniekształcony i nałożony ślady w genomie każdego organizmu żywego. For this reason comparative genomics studies of small model organisms (for example yeast) are of great importance to advance our understanding of general mechanisms of evolution. Z tego powodu badania porównawcze genomika małych modelu organizmów (np. drożdży) mają wielkie znaczenie dla naszego zrozumienia zaliczki ogólnych mechanizmów ewolucji.

Having come a long way from its initial use of finding functional proteins, comparative genomics is now concentrating on finding regulatory regions and siRNA molecules. Po przebyła długą drogę od pierwszego użycia znalezienia funkcjonalnych białek, genomika porównawcza jest obecnie koncentruje się na znalezieniu regulacyjnych i regionów cząsteczki siRNA. Recently, it has been discovered that distantly related species often share long conserved stretches of DNA that do not appear to code for any protein. Ostatnio zostało ono wykryte, że daleko spokrewnionych gatunków często długo przechowywać odcinki DNA, które nie wydają się kod dla każdego białka. It is unknown at this time what function such ultra-conserved regions serve. Nie wiadomo, co w tej chwili funkcja taka ultra-konserwatywnym regionom służyć.

Computational approaches to genome comparison have recently become a common research topic in computer science. Komputerowe porównanie podejścia do genomu stały się w ostatnim czasie wspólnych badań na temat informatyki. The development of computer-assisted mathematics (using products such as Mathematica or Matlab) has helped engineers, mathematicians and computer scientists to start operating in this domain, and a public collection of case studies and demonstrations is growing, ranging from whole genome comparisons to gene expression analysis. Rozwój matematyki wspomagane komputerowo (używając produktów, takich jak Matlab czy Mathematica) pomógł inżynierowie, matematycy i informatycy, aby rozpocząć działalność w tej dziedzinie, a także publicznych zbiór przykładów i manifestacji wzrasta, począwszy od całego genomu genu do porównania Analiza ekspresji. This has increased the introduction of different ideas, including concepts from systems and control, information theory, strings analysis and data mining. To zwiększyło wprowadzenie różnych pomysłów, w tym z koncepcji systemów kontroli i informacji teoria, smyczki i analizy danych. It is anticipated that computational approaches will become and remain a standard topic for research and teaching, while students fluent in both topics start being formed in the multiple courses created in the past few years. Przewiduje się, że metod obliczeniowych będzie i pozostanie na temat standardu badań i nauczania, a studentów biegle w obu tematów rozpocząć w trakcie tworzenia wielu kursów utworzonych w ciągu ostatnich kilku lat.

Evolutionary Conserved Region Bioinformatics Evolutionary konserwatywnym regionie Bioinformatyka

Evolutionary Conserved Regions also called ECRs for short are regions of sequence (usually DNA) that have been mapped to align with other genomes and are conserved. Evolutionary konserwatywnym regionom ECRs zwany także dla krótkich sekwencji są regiony (zazwyczaj DNA), które zostały przyporządkowane do uzgodnienia z innymi genomy i są zachowane.

ECRs within alignments of the genomes are presented in this graphical browser, which depicts and color-codes ECRs in relation to known genes that have been annotated in the base genome. ECRs w ramach trasy z genomów są prezentowane w tej przeglądarki graficzne, które przedstawia i kody kolorów ECRs w stosunku do znanych genów, które zostały opisane w podstawy genomu. 'Grab ECR' feature allows users to rapidly extract sequences that correspond to any ECR, to visualize underlying sequence alignments and/or identify conserved transcription factor binding sites. "Grab ECR" funkcja pozwala użytkownikom szybko wyodrębnić sekwencje, które odpowiadają na wszelkie ECR, wizualizację podstawowych sekwencji trasy i / lub identyfikacji zachowane czynnik transkrypcyjny wiążący witryn.

ECR Browser is a new dynamic whole-genome navigation tool for the visualization and study of evolutionary relationships between vertebrates and non-vertebrate genomes. , Rec. str. Przeglądarka jest nową dynamikę całego genomu nawigacji narzędzia do wizualizacji i analizy relacji między ewolucyjny kręgowców i innych kręgowców genomów. ECR Browser is constantly being updated to include the most recently available sequenced genomes (currently: human, dog, mouse, rat, chicken, frog two pufferfish (Fugu and Tetraodon), zebrafish, and 6 fruitflies). , Rec. str. Przeglądarka jest stale aktualizowany w celu uwzględnienia ostatniego dostępnego uporządkowanego genomów (obecnie: człowieka, pies, mysz, szczur, kurczak, żaba dwa pufferfish (Fugu i Tetraodon), zebrafish, i 6 fruitflies). Ovcharenko, MA Nobrega, GG Loots, and L. Stubbs ECR Browser: a tool for visualizing and accessing data from comparisons of multiple vertebrate genomes Nucleic Acids Research, 32, W280-W286 (2004) Ovcharenko, MA Nobrega, GG Loots, i L. Stubbs Rec. str. Przeglądarka: narzędzia do wizualizacji i dostępu do danych z wielu porównań genomy kręgowców kwasów nukleinowych Research, 32, W280, W286 (2004)

ECRbase is the Database of Evolutionary Conserved Regions (ECRs), Promoters, and Transcription Factor Binding Sites in Vertebrate Genomes created using ECR Browser alignments ECRbase jest Baza ewolucyjne konserwatywnym regionom (ECRs), Promotorzy, czynnik transkrypcyjny Wiążąca witryn w kręgowych Genomes utworzone przy użyciu przeglądarki, Rec. str. regulacji

Bioinformatics Forum Bioinformatyka Forum

Discuss and post questions about protein expression in the Bioinformatics Forum . Po dyskusji i pytań na temat białka wypowiedzi w bioinformatyki Forum.