Welcome to Molecular Station! Zapraszamy do Molekularnej Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Musisz się zarejestrować zanim będziesz mógł umieścić na naszym forum lub skorzystać z zaawansowanych funkcji. Register Now! Zarejestruj się teraz! Its Free and Fast! Jego Darmowy i Fast!

Already registered? Już zarejestrowany? Login now below. Zaloguj się poniżej.

User Name: Nazwa użytkownika:

Password: Hasło:

Remember Me? Remember Me?

Already registered and Forgot your password? Już zarejestrowany i Zapomniałeś hasła? Click below to recover it. Kliknij poniżej, aby ją odzyskać.

Recover Lost Password Odzyskaj Nie pamiętam hasła

Join now - it's fast and free! Dołącz teraz - szybko i za darmo!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molekularnej Station to największa sieć badaczy, naukowców i miłośników nauki w dowolnym miejscu!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

Bioinformatics Bioinformatyka

Bioinformatics Home Bioinformatyka Strona główna	Bioinformatic Tools categorized Bioinformatycznych narzędzi kategoryzowany	Learn About Bioinformatics Dowiedz się więcej Bioinformatyka	Bioinformatics FAQ Bioinformatics FAQ	Research Articles on Bioinformatics Badania w art Bioinformatyka	Bioinformatics Forum Bioinformatyka Forum	Bioinformatic News Bioinformatycznych Aktualności	Bioinformatics Blog Bioinformatyka Blog	Bioinformatic Books Bioinformatycznych Książki

At Molecular Station Bioinformatics, you will find almost every bioinformatic tool you will need. Na Molekularnej Station bioinformatyki, znajdziesz prawie każdy bioinformatycznych narzędzi będziesz potrzebował. We have over 800 bioinformatic tools for DNA bioinformatics, RNA bioinformatics, Protein Bioinformatics, and Proteomic bioinformatic tools. Mamy ponad 800 bioinformatycznych narzędzi bioinformatycznych DNA, RNA bioinformatyka, białka bioinformatyki i Proteomic bioinformatycznych narzędzi. We also provide databses for each of these categories in order to easily find your sequence of interest from several sequence databases. Oferujemy także databses dla każdej z tych kategorii w celu łatwo znaleźć Twoją sekwencji odsetki od kilku sekwencji danych.

Bioinformatics Articles Bioinformatyka Artykuły

Biological Databases Biologiczna Bazy danych

OMIM OMIM

Protein Bioinformatics Protein Bioinformatics

Protein Motifs Domains Białko Motywy Domeny

Protein Subcellular Localization Białko Subcellular Lokalizacja

Protein Secondary Structure Struktura białka wtórne

Protein Mutant Analysis Protein Mutant Analiza

Gene Expression Analysis Analiza ekspresji genów

Protein Expression Analysis Protein Expression Analysis

Protein Protein Interactions Białko Białko Interakcje

Comparative Genomics Genomika porównawcza

Our Bioinformatic tools database has all the bioinformatic tools you will ever need and includes online programs and tools on: DNA Bioinformatics , RNA Bioinformatics , Protein Bioinformatics , Proteomic Bioinformatics , and Molecular Model Organisms . Nasza baza danych bioinformatycznych narzędzi bioinformatycznych posiada wszystkie narzędzia konieczne będzie on-line i zawiera narzędzia i programy dotyczące: DNA, bioinformatyka, bioinformatyki RNA, białka bioinformatyki, Proteomic bioinformatyki oraz molekularnego modelu organizmów.

The Latest Bioinformatics News Ostatnio bioinformatyki Aktualności

Multimarker analysis and imputation of multiple platform pooling-based genome... Related Articles Multimarker analizy i przypisywania wielu łączenie platformy oparte na genom ... Powiązane artykuły

Multimarker analysis and imputation of multiple platform pooling-based genome-wide association studies. Multimarker analizy i przypisywania wielu łączenie platformy oparte na genom całej stowarzyszenia studia.

Bioinformatics. Bioinformatyki. 2008 Jul 10; 2008 10 lipca;

Authors: Homer N, Tembe WD, Szelinger S, Redman M, Stephan DA, Pearson JV, Nelson SF, Craig D Autorzy: Homer N, Tembe WD, Szelinger S, M Redman, Stephan DA, Pearson JV, Nelson SF, Craig D

SUMMARY: For many genome-wide association (GWA) studies individually genotyping one million or more SNPs provides a marginal increase in coverage at a substantial cost. Streszczenie: W wielu genomu całej stowarzyszenia (gWA) badania indywidualnie genotypowanie milion lub więcej SNPs przewiduje nieznaczny wzrost zasięgu na znaczne koszty. Much of the information gained is redundant due to the correlation structure inherent in the human genome. Wiele z informacji zdobytych jest zbędny ze względu na strukturę korelacji nierozerwalnie związane z ludzkiego genomu. Pooling based GWA studies could benefit significantly by utilizing this redundancy to reduce noise, improve the accuracy of the observations, and increase genomic coverage. Połączenie oparte gWA badania mogłyby znacznie skorzystać z wykorzystaniem przez tego zwolnienia w celu zmniejszenia hałasu, poprawa dokładności spostrzeżeń, genomu i zwiększenia zasięgu. We introduce a measure of correlation between individual genotyping and pooling, under the same framework that r(2) provides a measure of linkage disequilibrium between pairs of SNPs. Przedstawiamy miarą korelacji między poszczególnymi genotypowanie i łączenie, w ramach tej samej ramy, że r (2) stanowi środek powiązania nierównowagi między parami SNPs. We then report a new non-haplotype multimarker multi-loci method that leverages the correlation structure between SNPs in the human genome to increase the efficacy of pooling based GWA studies. Następnie sprawozdanie nowego nie haplotype multimarker multi-loci, że metoda wykorzystuje strukturę korelacji między SNPs ludzkiego genomu w celu zwiększenia skuteczności łączenia badań opartych gWA. We first give a theoretical framework and derivation of our multimarker method. Po pierwsze dają ram teoretycznych i pozyskiwania multimarker naszej metody. Next, we evaluate simulations using this multimarker approach in comparison to single marker analysis. Dalej, za pomocą symulacji ocenić ten podejściu multimarker w porównaniu do pojedynczego markera analizy. Finally, we experimentally evaluate our method using different pools of HapMap individuals on the Illumina 450S Duo, Illumina 550K, and Affymetrix 5.0 platforms for a combined total of 1,333,631 SNPs. Wreszcie, doświadczalnie ocenić nasze metody przy użyciu różnych basenów z HapMap osób na Illumina 450S Duo, Illumina 550K, Affymetrix 5,0 platformy dla łącznie 1333631 SNPs. Our results show that use of multimarker analysis reduces noise specific to pooling based studies, allows for efficient integration of multiple microarray platforms, and provides more accurate measures of significance than single marker analysis. Nasze wyniki pokazują, że wykorzystanie analizy multimarker zmniejsza hałas szczegółowych opiera się na łączenie studiów, pozwala na efektywne microarray integracji wielu platform i zapewnia bardziej precyzyjne środki znaczenie niż pojedynczy znacznik analizy. Additionally, this approach can be extended to allow for imputing the association significance for SNPs not directly observed using neighboring SNPs in linkage disequilibrium. Ponadto, takie podejście może zostać przedłużony w celu umożliwienia wyliczenia stowarzyszenia znaczenie dla SNPs nie bezpośrednio obserwowane za pomocą sąsiednich SNPs w związek nierównowagi. This multimarker method can now be used to cost-effectively complete pooling-based GWA studies with multiple platforms across over one million SNPs and to impute neighboring SNPs weighted for the loss of information due to pooling. Multimarker Ta metoda może być obecnie używany do kosztów skutecznie zakończyć łączenie gWA oparte na badaniach z wielu platformach w całej ponad milion SNPs i przypisała sąsiednich SNPs ważoną z tytułu utraty informacji ze względu na łączenie. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online. INFORMACJE DODATKOWE: Dodatkowe dane są dostępne na stronie internetowej bioinformatyki.

PMID: 18617537 [PubMed - as supplied by publisher] PMID: 18617537 [PubMed - dostarczonych przez wydawcę]

Assessing CMT cell line stability by two dimensional polyacrylamide gel electrophoresis and mass spectrometry based proteome analysis. Ocena CMT komórek linii stabilności wymiarowej przez dwa poliakrylamidowym elektroforeza i spektrometria masowa w oparciu Proteome analizy.

J Proteomics. J Proteomika. 2008 Jul 21;71(2):160-167 2008 21 lipca; 71 (2) :160-167

Authors: Zhang K, Wrzesinski K, Fey SJ, Mose Larsen P, Zhang X, Roepstorff P Autorzy: Zhang K, K Wrzesinski, Fey SJ, Mose Larsen P, Zhang X, Roepstorff P

Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2-D PAGE) followed by mass spectrometric identification of the proteins in the protein spots has become a central tool in proteomics. Dwukierunkowa elektroforezy na żelu poliakrylamidowym (2-D PAGE), a następnie spektrometrii masowej identyfikacji białek w białko spoty stał się głównym narzędziem w proteomika. CMT167(H), CMT64(M) and CMT170(L) cell lines, selected from a spontaneous mouse lung adenocarcinoma, with high-, middle- or low-metastatic potential have been characterized in vivo. CMT167 (H), CMT64 (M) i CMT170 (L) linii komórkowych, wybranych z spontanicznej myszy gruczolakorak płuc, z wysokim, średnim lub niskim potencjalnych ognisk zostały scharakteryzowane w warunkach in vivo. In this study, the comprehensive protein expression profiles of the CMT cell lines were analyzed at passages 5, 15 and 35 in order to assess the cell line stability. W badaniu tym, wszechstronne profili ekspresji białek w komórce CMT wiersze były analizowane na fragmenty 5, 15 i 35 w celu dokonania oceny linii komórek stabilności. During the passages 5 to 15, the expression profiles of CMT cells remained reasonably stable as evidenced by only 0.7%, 3.9% and 1.1% proteins changed in CMT167(H), CMT64(M) and CMT170(L) respectively. Podczas przejścia od 5 do 15, wypowiedzi profile CMT komórek pozostał względnie stałym poziomie o czym świadczy jedynie o 0,7%, 3,9% i 1,1% białka zmiana w CMT167 (H), CMT64 (M) i CMT170 (L). However, the number of differentially expressed proteins were considerably increased at passage 35 in CMT64(M) and CMT170(L) while CMT167(H) remained stable. Jednakże, liczba differentially wyrażone białek były znacznie wzrosła na przejście 35 w CMT64 (M) i CMT170 (L) podczas CMT167 (H) utrzymały się na stałym poziomie. Based on our selection criteria, 22, 109 and 84 spots in CMT167(H), CMT64(M) and CMT170(L) were selected for protein identification by MS and 99 unique proteins were identified. W oparciu o nasze kryteria selekcji, 22, 109 i 84 miejsc w CMT167 (H), CMT64 (M) i CMT170 (L) zostały wybrane do identyfikacji białek przez MS i 99 unikalnych białek zostały zidentyfikowane. Bioinformatics analysis indicated that most of these proteins participate in cellular metabolism. Bioinformatyka analizy wykazały, że większość z tych białek uczestniczy w metabolizmie komórkowym. In conclusion, proteomics was found to be a useful tool for assessing differences in cell line stability. Podsumowując, proteomika okazał się użytecznym narzędziem do oceny różnic w komórce linii stabilności. This approach provided a tool to select the best cell line and optimal subculture period for studies of cancer related phenomena and for testing the effect of potential anticancer drugs. Takie podejście pod warunkiem, narzędzia, aby wybrać najlepszych linii komórek oraz optymalnego subkultury okres badania zjawisk związanych z rakiem i badania wpływu potencjalnych leków lekami.

PMID: 18617143 [PubMed - as supplied by publisher] PMID: 18617143 [PubMed - dostarczonych przez wydawcę]

The Genome Sequencer FLXtrade mark System-Longer reads, more applications, straightforward bioinformatics and more complete data sets. Genomu Sequencer FLXtrade znak System-Dłuższe czyta, więcej wniosków, bioinformatyka proste i bardziej kompletnych zestawów danych.

J Biotechnol. J Biotechnol. 2008 Jun 21; 2008 21 czerwca;

Authors: Droege M, Hill B Autorzy: Droege M, Hill B

The Genome Sequencer FLX System (GS FLX), powered by 454 Sequencing, is a next-generation DNA sequencing technology featuring a unique mix of long reads, exceptional accuracy, and ultra-high throughput. Genomu Sequencer FLX System (GS FLX), zasilany przez 454 Sekwencjonowanie, to następnej generacji technologii sekwencjonowania DNA zawierający unikatowy zestaw długo czyta, wyjątkowej dokładności i ultra-wysokiej przepustowości. It has been proven to be the most versatile of all currently available next-generation sequencing technologies, supporting many high-profile studies in over seven applications categories. To okazał się być najbardziej wszechstronnych wszystkich aktualnie dostępnych następnej generacji technologii sekwencjonowania, wspierając wiele wysokim profilu studiów w ciągu siedmiu wniosków kategorii. GS FLX users have pursued innovative research in de novo sequencing, re-sequencing of whole genomes and target DNA regions, metagenomics, and RNA analysis. GS FLX użytkownicy innowacyjnych badań realizowanych w sekwencjonowanie de novo, ponowne sekwencjonowanie całych genomów i docelowego DNA regionów, metagenomem, analizy i RNA. 454 Sequencing is a powerful tool for human genetics research, having recently re-sequenced the genome of an individual human, currently re-sequencing the complete human exome and targeted genomic regions using the NimbleGen sequence capture process, and detected low-frequency somatic mutations linked to cancer. 454 Sekwencjonowanie jest potężnym narzędziem do badań genetyki człowieka, mające niedawno ponownie uporządkowanego genomu pojedynczego człowieka, obecnie w trakcie ponownego sekwencjonowanie pełna ludzi exome regionach genomu i kierowane za pomocą sekwencji NimbleGen proces wychwytywania i wykrytych niskiej częstotliwości mutacji somatycznych związanych na raka.

PMID: 18616967 [PubMed - as supplied by publisher] PMID: 18616967 [PubMed - dostarczonych przez wydawcę]

[Prediction of outer membrane proteins using support vector machine with combined features] [Przewidywanie zewnętrznej membrany białek z wykorzystaniem wsparcia w połączeniu z maszyną wektora funkcji]

Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao. Sheng Gong Wu Cheng Xue Bao. 2008 Apr;24(4):651-8 Kwiecień 2008; 24 (4) :651-8

Authors: Zou L, Wang Z, Wang Y Autorzy: Zou L, Wang Z, Wang Y

Outer membrane proteins (OMPs) are embedded in the outer membrane of Gram-negative bacteria, mitochondria, and chloroplasts. Zewnętrzne białek membranowych (OMPs) osadzone są w zewnętrznej membrany bakterie Gram-ujemne bakterie, mitochondria, chloroplasty. The cellular location and functional diversity of OMPs makes them an important protein class. Komórkowym lokalizację i funkcjonalne OMPs różnorodność czyni z nich ważnego białka klasy. Researches on prediction of OMPs by bioinformatics methods can bring helpful methodologies for identifying OMPs from genomic sequences and for the successful prediction of their secondary and tertiary structures. Badania na przewidywanie przez OMPs bioinformatyka metod pomocne może przynieść metod identyfikacji OMPs z sekwencji genomu i pomyślne prognozy średniego i ich struktur trzeciorzędowych. In this paper, three feature classes were calculated from protein sequences: amino acid compositions, dipeptide compositions and weighted amino acid index correlation coefficients. W niniejszym dokumencie trzy klasy funkcji zostały obliczone z sekwencji białka: amino acid kompozycje, kompozycje i dipeptide ważona aminokwasu indeksu współczynników korelacji. Then, three feature classes were combined and inputted into a support vector machine (SVM) based predictor to identify OMPs from other folding types of proteins. Następnie, trzy klasy funkcji zostały połączone i wprowadzony do wsparcia wektora maszyny (SVM) opiera się wskaźnikiem do określenia OMPs od innych rodzajów protein folding. The results of discrimination using several combined features including four amino acid index categories were calculated, and the influence on discrimination accuracy using different correlation coefficients with different orders and weights was discussed. Wyniki dyskryminacji łączone za pomocą kilku funkcji w tym cztery aminokwasu Spis kategorii zostały wyliczone, a wpływ na dokładność dyskryminacji przy użyciu różnych współczynników korelacji z różnych zleceń i odważników został omówiony. In cross-validated tests and independent tests for identifying OMPs from a dataset of 1087 proteins belonging to all different types of globular and membrane proteins, the method using combined features obtains an overall accuracy of 96.96% and 97.33% respectively. W krzyżowych zatwierdzonych testów i niezależnych testów do identyfikacji OMPs z danych z 1087 białek należących do różnych rodzajów kulisty i białek membranowych, metody łączone za pomocą funkcji uzyskuje ogólną dokładność 96,96% i 97,33%. And these results outperform that of other methods in the literature. A oto wyniki outperform, że inne metody w literaturze. Using this method, high specificities are shown from the results of identifying OMPs in five bacterial genomes, and over 99% OMPs with known three-dimensional structures in the PDB database are correctly discriminated. Korzystając z tej metody, wysokie właściwości wyświetlane są na podstawie wyników identyfikacji OMPs w pięciu genomy bakterii, a ponad 99% znanych z OMPs trójwymiarowych struktur we wstępnym projekcie budżetu bazy danych są prawidłowo dyskryminowane. These results indicate that the method is a powerful tool for OMPs discrimination in genomes. Wyniki te wskazują, że metoda jest potężnym narzędziem do OMPs dyskryminacji w genomy.

PMID: 18616178 [PubMed - in process] PMID: 18616178 [PubMed - w procesie]

[Rapid detection of Pseudomonas aernginosa by the fluorescence quantitative TaqMan PCR assay targetting ETA gene] [Szybkiego wykrycia Pseudomonas aernginosa przez fluorescencji TaqMan PCR ilościowego oznaczania genu kierowania ETA]

Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao. Sheng Gong Wu Cheng Xue Bao. 2008 Apr;24(4):581-5 Kwiecień 2008; 24 (4) :581-5

Authors: Xiao X, Zhang J, Gong J, Pan Y, Yu Y, Yang X, Wu H Autorzy: Xiao X, Zhang J, Gong J, Pan Y, Yu Y, Yang X, Wu H

Pseudomonas aernginosa (PA) is one of the most universal pathogens in clinical diagnosis, and conventional detection assay has many disadvantages. Pseudomonas aernginosa (PA) jest jednym z najbardziej powszechnych czynników chorobotwórczych w diagnostyce klinicznej, wykrywania i konwencjonalnych teście ma wiele wad. In this research, a pair of specific primers and a TaqMan fluorescent probe were designed in the conservative region of ETA gene by the method of bioinformatics analysis, the detection method for PA was successfully developed. W tym badań, parę konkretnych pierwsze i TaqMan sondy fluorescencyjne zostały zaprojektowane w konserwatywnym regionie ETA genów przez bioinformatyka metody analizy, wykrywania metodą PA został pomyślnie rozwijać. Different gradient concentrations of PA DNA and various pathogen DNA were amplified by fluorescence quantitative PCR (FQ-PCR) to confirm the specificity and sensitivity of the developed method. Różne gradientu stężenia PA DNA i DNA różnych czynników chorobotwórczych zostały rozszerzone o przepisy fluorescencji ilościowego PCR (FQ-PCR), aby potwierdzić swoistość i czułość metody rozwinięte. Results showed that the developed detection assay is more sensible and specific by comparison to the conventional FQ-PCR method, and it is valuable for research and application prospects. Wyniki wykazały, że w teście wykrywania rozwiniętych jest bardziej sensowne i konkretne w porównaniu do konwencjonalnych FQ-metodą PCR, i to jest cenne dla badań i perspektywy stosowania.

PMID: 18616166 [PubMed - in process] PMID: 18616166 [PubMed - w procesie]