Welcome to Molecular Station! Velkommen til Molecular Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Du må registrere deg før du kan poste på vårt forum eller bruke vår avanserte funksjoner. Register Now! Registrer deg nå! Its Free and Fast! Its Gratis og rask!

Already registered? Allerede registrert? Login now below. Logg inn nå nedenfor.

User Name: User Name:

Password: Passord:

Remember Me? Husk meg?

Already registered and Forgot your password? Allerede registrert og Glemt passord? Click below to recover it. Klikk nedenfor for å gjenopprette den.

Recover Lost Password Recover Lost Password

Join now - it's fast and free! Bli medlem nå - det er raskt og gratis!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station er den største nettverk av forskere, vitenskapsmenn og vitenskap elskere overalt!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

RNA Protocols RNA Protokoller

RNA Encyclopedia RNA Encyclopedia

RNA Bioinformatics RNA Bioinformatikk

RNA Forum RNA Forum

RNA Blog RNA-blogg

RNA News RNA Nyheter

RNA Gels RNA Gels

Copyright 2007 - Molecular Station Copyright 2007 - Molecular Station

History of RNA Gel Electrophoresis History of RNA Gel Electrophoresis

RNA Gels have been used for decades to separate out and qualitatively assess the quality of RNA isolated from samples. RNA Gels har vært brukt i flere tiår å skille ut og kvalitativt vurdere kvaliteten av RNA isolert fra prøvene. If you are not sure what RNA is checkout: Hvis du er usikker på hva RNA er kassa:

AUDIO AUDIO Listen to a detailed RNA Explanation ! Lytt til en detaljert RNA Standardtegn! and see our RNA encyclopedia article. og se våre RNA encyclopedia artikkelen.

RNA Gel Electrophoresis - Background Information RNA Gel Electrophoresis - Bakgrunnsinformasjon

After isolation of RNA samples, the quality of the isolated RNA preparation is usually assessed by electrophoresis on a denaturing agarose gel. Etter isolering av RNA prøvene, og kvaliteten på det isolert RNA forberedelser er vanligvis vurderes av electrophoresis på en denaturing agarose gel. Although the results are mainly qualitative, you can get some information about the yield of the RNA as well. Selv om resultatene er hovedsakelig kvalitativ, kan du få litt informasjon om utbytte av RNA som godt.

Denaturing gels are used because RNA tends to fold upon itself and form extensive and stable secondary structure via intramolecular base pairing. Denaturing gels er brukt fordi RNA har en tendens til å kaste på seg og danne omfattende og stabile sekundære strukturen via Intramolecular base sammenkoblingen. This secondary structure of RNA prevents it from migrating mainly according to its size. Dette sekundære strukturen av RNA forhindrer den fra å migrere hovedsak i henhold til sin størrelse.

Make sure that you include an RNA positive control on the gel, in the case that you get unusual results you can then determine whether the problem was with the gel or was a problem with the RNA you are analyzing. Sørg for at du tar en RNA positiv kontroll på gel, i tilfelle at du får unormale resultater kan du finne ut om problemet var med gel eller var et problem med RNA du analyserer. You can also use RNA molecular weight markers, an RNA sample known to be intact, or both, can be used for this purpose. Du kan også bruke RNA molecular weight markører, en RNA prøve kjent for å være intakt, eller begge deler, kan brukes til dette formålet.

RNA gels are visualized with ethidium bromide staining as ethidium bromide intercalates between the secondary structure of the RNA molecules and allows RNA to be seen under UV light. RNA gels er visualized med Etidiumbromid flekker som Etidiumbromid intercalates mellom sekundær struktur av RNA molekyler og gjør at RNA for å bli sett under UV-lys.

RNA is separated out by gel electrophoresis (usually agarose gel electrophoresis). RNA er skilt ut av gel electrophoresis (vanligvis agarose gel electrophoresis). After running an RNA gel you can conduct a northern blot with subsequent transfer to membrane, hybridization with probe, and finally detection. Etter å ha kjørt en RNA gel kan du utføre en nordlig klatt med etterfølgende overføring til membran, hybridization med sonde, og til slutt gjenkjenning. Or simply (and much quicker), stain for RNA using ethidium bromide or SYBR (or similar dye - better as it is non-toxic and safer). Eller ganske enkelt (og mye raskere), flekke av RNA ved hjelp av Etidiumbromid eller SYBR (eller lignende farge - bedre ettersom det er giftfri og tryggere).

Applications of RNA Gels Anvendelser av RNA Gels

As northern blots are much more tedious to complete than RNA gels and real-time PCR, they are not used as much as RNA gels. Som nordlige blots er mye mer langtekkelig å fullføre enn RNA gels og real-time PCR, er de ikke brukes så mye som RNA gels.

The RNA gel electrophoresis and its variations are used in molecular biology research to: The RNA gel electrophoresis og dens varianter er brukt i molekylær biologi forskning til:

• detect RNA gjenkjenne RNA
• assay for quality of RNA isolated analysen av kvaliteten på RNA isolert
• allow for general determination of RNA quantity or yield tillate for generelle Fastsetting av RNA mengde eller gi
• assay for RNA degradation analysen av RNA degradering

Disadvantages of RNA Gels Ulemper av RNA Gels

The disadvantages of using RNA gel electrophoresis includes: Ulempene ved hjelp av RNA gel electrophoresis inkluderer:

• RNA gels are not very quantitative. RNA gels er ikke veldig kvantitative. You cannot determine precisely the RNA yield or amount even with standards. Du kan ikke fastslå nettopp RNA utbytte eller beløpet selv med standarder. Radioactive methods such as northern blotting or dot blots are much more accurate. Radioaktive metoder som nordlige blotting eller dot blots er mye mer nøyaktig.
• Often ethidium bromide is used to detect the RNA. Ofte Etidiumbromid brukes til å gjenkjenne RNA. Ethidium bromide is a biohazard as it is mutagenic and toxic. Etidiumbromid er et biologiske farlige som det er mutagene og giftig.
• RNA gels allow for a quick determination of RNA yield however are not as fast as UV spectrophotometry or other methods. RNA gels tillate en rask fastsetting av RNA gir imidlertid ikke så fort som UV spectrophotometry eller andre metoder.

Advantages of RNA Gels Fordeler med RNA Gels

The advantages of RNA Gels include: Fordelene ved RNA Gels inkluderer:

• It is a widely accepted method Det er en allment akseptert metode
• RNA gels are very quick and easy to perform RNA gels er svært rask og enkel å utføre
• You can assay for RNA quality within 1-2 hours Du kan analysen av RNA kvaliteten innen 1-2 timer
• If you use SYBR or another non-toxic stain (ie you do not use Ethidium Bromide), RNA Gels are quite safe. Hvis du bruker SYBR eller et annet ikke-giftig skam (dvs. du trenger ikke bruke Etidiumbromid), RNA Gels er helt sikker.

RNA Gel Protocol RNA Gel Protocol

To verify the integrity of your RNA you should do a " Northern blot " analysis. For å bekrefte integriteten til RNA bør du gjøre en "Northern blot" analyse. In order to accomplish this you must run a denaturing gel. For å oppnå dette må du kjøre en denaturing gel.

For Mini-gels to Midi-gels of RNA use: Make 50 mL-100mL For Mini-gels for Midi-gels av RNA bruker: Gjør 50 ML-100mL

For Mega-gels Make 400 mL. For Mega-gels Foreta 400 ml.

For 100mL Gel (most commonly run) you need to add 1g of agarose to make 1% agarose solution. For 100mL Gel (mest vanlig å kjøre) du trenger for å legge til 1g av agarose for å gjøre 1% agarose løsning.

Running Buffer Recipe for RNA Gels Running buffer Resept for RNA Gels

RNA Denaturing Reagents RNA Denaturing Reagents

To prepare 400ul of RNA denaturing reagent: For å forberede 400ul av RNA denaturing Reagent:

Add the following: Legg til følgende:

• 80% Foramide-deionized 300ul 80% Foramide-deionisert 300ul
• 3.7 % formaldehyde 40 ul 3,7% formaldehyd 40 ul
• 1X 50X E buffer 8 ul 1X 50x E buffer 8 ul
• dH2O = 400ul 52ul dH2O = 400ul 52ul

50 XE buffer per liter 50 XE buffer per liter

Add: Legg til:

• 0.9 M Na2 HPO4 Dibasic 127.8 g 0,9 M Na2 HPO4 dibasisk 127,8 g
• 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13.8 g 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13,8 g

Protocol: Steps in Preparing an RNA Gel Protokoll: Skritt i Klargjør en RNA Gel

1. put agarose in solutions. sette agarose i løsninger.
2. Heat prepared solution in tissue-plugged flask Heat forberedt løsning i vev-plugget kolbe
3. Let cool to 60°C La avkjøles til 60 ° C
4. Add Formaldehyde to equal 0.66M 2.7 ml 4.0 5.3 21.2 Legg til Formaldehyd til lik 0.66M 2,7 ml 4,0 5,3 21,2
5. (Add Ethidium Bromide if you are using it to flask) (Legg Etidiumbromid hvis du bruker den til flaske)
6. Pour gel (in hood if possible). Pour gel (i hette hvis mulig).
7. Heat 2 ug of RNA at 75°C for 10 min., then quick cool. Heat 2 ug av RNA ved 75 ° C i 10 min., Deretter rask kjølig. (this will allow RNA to denature and stay single-stranded). (dette gjør at RNA til denature og opphold enkelt-strandet).
8. Add: 2.5 vol of RNA denaturing reagent Legg til: 2,5 vol av RNA denaturing reagent
9. Add 1/10 vol. Legg til 1 / 10 vol. of loading dye to samples. lasting av fargestoff til prøvene.
10. Load samples onto agarose gel wells. Sett prøvene på agarose gel brønner.
11. Run Gel (usually 100V volts) for 30minutes-2 hours. Kjør Gel (vanligvis 100V volt) for 30minutes-2 timer. (Check RNA running using dye markers) (Kryss av RNA kjører ved hjelp av fargestoff markører)

Tips for RNA Gels Tips for RNA Gels

Always run an agarose gel of your RNA to assess the quality. Alltid kjøre en agarose gel av RNA til å vurdere kvaliteten. Do not only rely only UV spectrophotometry results. Ikke bare stole bare UV spectrophotometry resultater.

* Use DEPC treated water and baked glassware for all the steps. * Bruk DEPC behandlet vann og bakt glass for alle trinnene. The buffers must be Rnase free or use Milipore purified water if you are in a rush. Den buffere må være Rnase gratis eller bruk Milipore renset vann hvis du er i et jag. Rnase is everywhere! Rnase er overalt! Wear gloves, use only baked glassware, or virgin plastic. Bruk hansker, bruker bare bakt glass, eller virgin plast. DePC treat your water, buffers (except Tris). DePC behandle vann, buffere (unntatt Tris). Be very careful. Vær svært forsiktig.

Troubleshooting RNA Gels Feilsøking RNA Gels

If you currently have a preferred method for running RNA, continue to use it. Hvis du har en foretrukket metode for å kjøre RNA, fortsette å bruke det.

Discuss and post problems or questions about RNA Gels in the RNA Protocols Forum . Diskuter og etter problemer eller spørsmål om RNA Gels i RNA Protokoller Forum.

RNA Gel References RNA Gel Referanser