Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatikk, protokoller, DNA RNA Protein Proteomikk

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologi Hjem Protokoller Bioinformatic Verktøy Biology Forum Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark oss!

home > protein > bioinformatics > protein-motifs > index.php home> protein> bioinformatikk> protein-motiver> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molecular Biology Hjem Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomikk Research BETA! Bioinformatikk laboratorieutstyr Molecular Biology Teknikker Molecular Biology Produkter og tjenester relatert Biology Links

Molecular Biology Blog Molecular Biology Blog

Send this page to a friend Send denne siden til en venn

Intracellular Stations Intracellular Stations

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Antibody Botany Felles Buffer Buffer Alfabetisk Bokbutikk Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis histologi Microarrays Immunology mass spectrometry mikrobiologi Molecular Imaging Peptid Proteomikk Protein microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi og siRNA Stilk Cellen Biology Transfection Western Blot

Protein Protocols Protein Protokoller

Protein Encyclopedia Protein Encyclopedia

Protein Bioinformatics Protein Bioinformatikk

Protein Science Forum Protein Science Forum

Protein Blog Protein Blog

DNA News DNA Nyheter

Protein Motif and Protein Domain Prediction Protein Motif og Protein Domene Prediction

Also See Our Link Database of Protein Motif Bioinformatic Tools Se også vår lenkesamling av Protein Motif Bioinformatic Verktøy

Protein motifs and domains are important as they provide clues as to posible functions of the protein, and possible interactions of the protein. Protein motiver og domener er viktige fordi de gir ledetråder som mulig funksjoner av proteiner, og mulige interaksjoner av protein. If the protein for example has a domain for DNA binding, you would predict that that protein may act by binding to DNA sequences. Hvis protein for eksempel har et domene for DNA-bindende, du ville spå at protein kan opptre ved binding til DNA-sekvenser.

A note on protein motif and protein domain database searches: Most proteins are modular with several domains.  If your protein or unknown proteni is most similar to a protein kinase, this does not necessarily mean that it is a kinase - it is possible the two proteins share several other domains (ie. several SH3 domains). En oppmerksom på protein motivet og protein domene databasen søk: De fleste proteiner er modulbasert med flere domener. Hvis protein eller ukjent proteni er mest ligner på en protein kinase, dette betyr ikke nødvendigvis at det er en kinase - er det mulig de to proteiner dele flere andre domener (ie. flere SH3 domener).

See Our Link Database of Protein Motif Bioinformatic Tools Se vår lenkesamling av Protein Motif Bioinformatic Verktøy

Protein Motif Databases: Protein Motif Databaser:

CDD The Conserved Domain Database. CDD The Conserved Domene Database. Proteins often contain several modules or domains, each with a distinct evolutionary origin and function. Proteiner inneholder ofte flere moduler eller domener, hver med en distinkt evolusjonære opprinnelse og funksjon. NCBI's Conserved Domain Database is a collection of multiple sequence alignments for ancient domains and full-length proteins. NCBI's Conserved Domene Database er en samling av flere sekvens alignments for gamle domener og full-lengde proteiner. The CD-Search service may be used to identify the conserved domains present in a protein query sequence. CD-Search-tjenesten kan brukes til å identifisere conserved domener til stede i et protein søket sekvens.

CDD Keyword Search Search the Conserved Domain Database by Keyword at Entrez Pubmed. CDD Søkeord Søk i Conserved Domene Database av søkeord på Entrez Pubmed.

CDART: Conserved Domain Architecture Retrieval Tool CDART: Conserved Domene Arkitektur Innhenting Tool

InterPro InterPro is a database of protein families, domains and functional sites in which identifiable features found in known proteins can be applied to unknown protein sequences. InterPro InterPro er en database av protein familier, domener og funksjonelle områder som kan identifisere funksjoner som finnes i kjente proteiner kan brukes på ukjent protein sekvenser.

PROSite PROSITE is a database of protein families and domains. PROSite PROSITE er en database av protein familier og domener. It consists of biologically significant sites, patterns and profiles that help to reliably identify to which known protein family (if any) a new sequence belongs. Det består av biologisk viktige områder, mønstre og profiler som bidrar til å pålitelig identifisere som kjent protein familie (hvis noen) en ny sekvens tilhører.

Pfam Pfam is a large collection of multiple sequence alignments and hidden Markov models covering many common protein domains. Pfam Pfam er en stor samling av flere sekvens alignments og skjulte Markov-modeller som dekker mange vanlige protein domener. Pfam version 7.7b (October 2002) contains alignments and models for 4832 protein families, based on the Swissprot 40 and SP-TrEMBL Pfam versjon 7.7b (oktober 2002) inneholder alignments og modeller for 4832 protein familier, basert på Swissprot 40 og SP-TrEMBL

ProDom Protein Domain Database ProDom Protein Domene Database

PairsDB The Automatic Domain Decomposition Algorithm (ADDA) is used to generate a database of protein domain families with complete coverage of all protein sequences. PairsDB Automatisk Domene NEDBRYTNING Algoritmen (ADDA) brukes til å generere en database av protein domene familier med full dekning av all protein sekvenser. Sequences are split into domains and domains are grouped into protein domain families in a completely automated process. Følger er delt inn i domener og domener er gruppert i protein domene familier i en fullstendig automatisert prosess. The current database contains domains for more than 1.5 million sequences in more than 40 000 domain families. Den aktuelle databasen inneholder domener for mer enn 1,5 millioner sekvenser på mer enn 40 000 domene familier. In particular, there are 3828 novel domain families that do not overlap with the curated domain databases Pfam, SCOP and InterPro. Spesielt er det 3828 romanen domene familier som ikke overlapper med curated domene databaser Pfam, SCOP og InterPro. Data isfreely available for downloading and querying via a web interface. Data isfreely tilgjengelig for nedlasting og søk via et webgrensesnitt. See also: Se også:
PairsDB Domain Families Search PairsDB Domene Familier Søk
PairsDB Domain Families Browse PairsDB Domene Familier Bla gjennom

PRINTS PRINTS is a compendium of protein fingerprints. GRAFIKK GRAFIKK er et compendium av protein fingeravtrykk. A fingerprint is a group of conserved motifs used to characterise a protein family; its diagnostic power is refined by iterative scanning of a SWISS-PROT/TrEMBL composite. Et fingeravtrykk er en gruppe conserved motiver brukes for å beskrive en protein familie; sin diagnostiske effekt er raffinert ved iterativ skanning av en SWISS-PROT/TrEMBL kompositt. Usually the motifs do not overlap, but are separated along a sequence, though they may be contiguous in 3D-space. Vanligvis er de motivene som ikke overlapper, men er skilt langs en sekvens, men de kan være sammenhengende i 3D-rommet. Fingerprints can encode protein folds and functionalities more flexibly and powerfully than can single motifs, full diagnostic potency deriving from the mutual context provided by motif neighbours. Fingeravtrykk kan kodes protein folds og funksjonaliteten mer fleksibelt og kraftfullt enn kan enkelt motiv, full diagnostisk styrke deriving fra gjensidig sammenheng levert av motivet naboer.

HITS Motif Scan Hits is a free database devoted to protein domains. Hits Motif Scan Hits er en gratis database knyttet til protein-domener. It is also a collection of tools for the investigation of the relationships between protein sequences and motifs described on them. Det er også en samling av verktøy for gransking av forholdet mellom protein-sekvenser og motiver beskrevet på dem. These motifs are defined by an heterogeneous collection of predictors, which currently includes regular expressions, generalized profiles and hidden Markov models Disse motivene er definert av en uensartet samling av predictors, som nå inkluderer vanlige uttrykk, generalisert profiler og skjulte Markov-modeller

SMART Simple Modular Architecture Research Tool.  Goal: to allow automatic identification and annotation of domains in user-supplied protein sequences. SMART Simple Modular Architecture Research Tool. Mål: å tillate automatisk identifisering og uttalelse av domener i bruker-leverte protein sekvenser.

PROClass The ProClass database is a non-redundant protein database organized according to family relationships as defined collectively by ProSite patterns and PIR superfamilies. PROClass The ProClass databasen er en ikke-redundante protein database organisert i henhold til familien relasjoner som er definert kollektivt av ProSite mønstre og Pir superfamilies. The ProClass database can facilitate protein family information retrieval, unveil domain and family relationships, and classify multi-domained proteins, by combining global and motif similarities into a single family organization scheme. Den ProClass databasen kan legge til rette for protein familie informasjonsgjenfinning, avsløre domene og familie relasjoner, og klassifisere multi-domained proteiner, ved å kombinere globale og motivet likheter i en enkelt familie organisasjonen ordningen.

ExPASY SWISS PROT Searchable index Molecular Biology Server of the University of Geneva: contains searchable index of SWISS-PROT. ExPASY SWISS PROT Søkbar indeks Molecular Biology Server ved University of Geneva: inneholder søkbar indeks over SWISS-PROT.

ExPASY PROSITE PROSITE is a database of protein families and domains. ExPASY PROSITE PROSITE er en database av protein familier og domener. It consists of biologically significant sites, patterns and profiles that help to reliably identify to which known protein family (if any) a new sequence belongs. Det består av biologisk viktige områder, mønstre og profiler som bidrar til å pålitelig identifisere som kjent protein familie (hvis noen) en ny sekvens tilhører.

SYSTERS Protein Family Database by Motifs SYSTERS Protein Familie Database ved Motiv

TIGRFAM Database are protein families based on Hidden Markov Models or HMMs. TIGRFAM Database er protein familier basert på skjulte Markov modeller eller HMMs.

eMotif Search The eMOTIFS are derived from the multiple sequence alignments in the BLOCKS+ database. eMotif Search eMOTIFS er utledet fra flere sekvens alignments i blokker + database.

MOTIF : Can search multiple databases including: PROSITE Pattern, PROSITE Profile, BLOCKS, ProDom, PRINTS, Pfam, Pfam_fs for fragments, and a user-defined profile library. Motif: Kan søke i flere databaser inkludert: PROSITE mønster, PROSITE profil, blokker, ProDom, utskrifter Pfam, Pfam_fs av fragmenter, og en bruker-definert profil biblioteket.

HMM Search - Motif Search of a Protein Sequence using the Pfam-A Database of Protein Domains - Sanger Centre (UK). Hmm Søk - Motif Søk på en Protein Sequence bruker Pfam-en database med Protein Domains - Sanger Centre (UK).

HMM Search - Motif Search of a Protein Sequence using the Pfam-A Database of Protein Domains - WUSTL (US). Hmm Søk - Motif Søk på en Protein Sequence bruker Pfam-en database med Protein Domains - WUSTL (US).

MAST - Motif Alignment and Search Tool - Pasteur Inst (France). Mast - Motif justering og søkeverktøy - Pasteur Inst. (Frankrike).

MEME - Multiple EM for Motif Elicitation - Pasteur Institute (France). MEME - Flere EM for Motif Elicitation - Pasteur Institute (Frankrike).

MOTIF - Pattern Search Service - Iowa State U (US) . Motif - Mønster Search Service - Iowa State U (US).

PatternFind - Sequence Pattern Search- Pattern Search of several databases including: Swiss-Prot, TrEMBL, Swiss-Prot splice variants, trEST, trGEN, PatternFind - Sequence mønster Søk-mønster Søk i flere databaser inkludert: Swiss-Prot, TrEMBL, Swiss-Prot spleise varianter, trEST, trGEN,
trome, Current ENSEMBL peptides for all species, Microbial complete proteomes, RefSeq Release, RefSeq weekly updates, PATTINPROT - Query Sequence Pattern Search - Pole Bio-Informatique Lyonnaise (France), Pratt2.1 - Pattern Discovery Tool, Pratt - U Helsinki (Finland), Pratt - Pasteur Inst (France), Pratt - Inst Informatik-U Bergensis (Norway), Pratt - EBI (UK). trome, Current ENSEMBL peptides for alle arter, mikrobiell fullstendig proteomes, RefSeq Release, RefSeq ukentlige oppdateringer, PATTINPROT - Query Sequence mønster Søk - Pole Bio-Informatique Lyonnaise (Frankrike), Pratt2.1 - Pattern Discovery Tool, Pratt - U Helsinki (Finland ), Pratt - Pasteur Inst. (Frankrike), Pratt - Inst. Informatik-U Bergensis (Norge), Pratt - EBI (UK).

PROSITE - Profile Motifs Searches of ProSite Database. PROSITE - Profil Motiv: Søk i ProSite Database.

PROSITE Search - Genestream - IGH Montpellier (France). PROSITE Søk - Genestream - IGH Montpellier (Frankrike).

ScanProsite - Scan a Protein Sequence against the PROSITE DB - ExPASy (Switzerland). ScanProsite - Scan en Protein Sequence mot PROSITE DB - ExPASy (Sveits).

Plant Protein Motif Databases: Plant Protein Motif Databaser:

PlantP PlantP

PHYTOPROT The general procedure behind PHYTOPROT consists in performing an "all-by-all" comparison of (putative) protein sequences with the BIOFACET software, building clusters of sequences (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) based on their similarity and finally displaying à la Prodom the domains shared by the sequences in each cluster PHYTOPROT Den generelle prosedyren bak PHYTOPROT består i å utføre en "alt-for-alle" sammenligning av (putative) protein sekvenser med BIOFACET programvare, bygge klynger av sekvenser (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) basert på deres utseende og til slutt viser à la Prodom domenene deles av sekvenser i hver klynge

Integr8 Arabidopsis Thalania Provides information about protein using keyword search. Integr8 Arabidopsis Thalania Gir informasjon om protein ved hjelp av søkeord. Contains Domain information within the search. Inneholder Domene informasjon i søket.

Pfam Arabidopsis Protein Families Pfam Arabidopsis Protein Familier

Parasite Protein Motif Databases: Parasite Protein Motif Databaser:

Parasite Motif Search Parasite Motif Database. Parasite Motif Søk Parasite Motif Database. Databases of: All Leishmania, Leishmania major Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, All Crithidia, All kinetoplastids, Plasmodium falciparum, All Plasmodium, Toxoplasma gondii, All Apicomplexa, All Schistosoma, All Filarioidea. Databaser: Alle Leishmania, Leishmania major Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, Alle Crithidia, Alle kinetoplastids, Plasmodium falciparum, Alle Plasmodium, Toxoplasma gondii, Alle Apicomplexa, Alle Schistosoma, Alle Filarioidea.

Other Species Protein Motif Databases: Andre arter Protein Motif Databaser:

Other Species at Integr8 Andre arter på Integr8

Pfam other species Pfam andre arter