Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatikk, protokoller, DNA RNA Protein Proteomikk

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologi Hjem Protokoller Bioinformatic Verktøy Biology Forum Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark oss!

home > protein-microarrays > protein-chip-capture > index.php home> protein-microarrays> protein-chip-fangst> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molecular Biology Hjem Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomikk Research BETA! Bioinformatikk laboratorieutstyr Molecular Biology Teknikker Molecular Biology Produkter og tjenester relatert Biology Links

Molecular Biology Blog Molecular Biology Blog

Send this page to a friend Send denne siden til en venn

Intracellular Stations Intracellular Stations

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Antibody Botany Felles Buffer Buffer Alfabetisk Bokbutikk Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis histologi Microarrays Immunology mass spectrometry mikrobiologi Molecular Imaging Peptid Proteomikk Protein microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi og siRNA Stilk Cellen Biology Transfection Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array Protokoller	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatikk	Learn about Protein Arrays Lær mer om Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array Kits og produkter	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Nyheter

Protein Microarray Capture Molecules and Their Limitations Protein microarray Capture molekyler og deres begrensninger

Protein and Antibody Microarray Chips Protein og Antibody microarray Chips

Capture Molecules and Their Limitations - Protein Chips Capture molekyler og deres begrensninger - Protein Chips

Capture Molecules and their Limitations Capture molekyler og deres begrensninger
The most common form of analytical protein arrays are antibody microarrays in which antibodies (or antibody mimics) that bind specific antigens are arrayed on a glass slide at high density. Den vanligste formen for analytisk protein arrays er antistoffet microarrays som antistoffer (eller antistoffer Mimics) som binder spesifikke antigener er plassert på et glass lysbilde ved høy tetthet. A lysate is passed over the array and the bound antigen is detected after washing. En lysate er gått over array og bundet antigen er oppdaget etter vask. The biggest challenge with these methods is producing reagents that identify the protein of interest and with high enough specificity in a high-throughput fashion.  Although antibodies are the traditional reagent of choice for detecting proteins in complex mixtures, polyclonal sera are often not specific and are expensive to produce. Den største utfordringen med disse metodene er å produsere reagenser som identifisere protein av interesse og med høy nok spesielle i en høy overføringshastighet mote. Selv om antistoffer er den tradisjonelle reagent av valget for å oppdage proteiner i komplekse blandinger, polyclonal Sera er ofte ikke bestemt, og er kostbare å produsere. Also, the conventional hybridoma method of producing highly specific monoclonal antibodies is time-consuming, laborious and costly (8). Also, the konvensjonelle hybridoma metode for å produsere svært spesifikke monoclonal antistoffer er tidkrevende, strevsom og dyrt (8).

Several studies using antibodies have recently been conducted despite the obstacles in obtaining specific antibodies. Flere studier ved hjelp av antistoffer har nylig blitt gjennomført til tross for hindringer i å skaffe spesifikke antistoffer.  In one of the largest studies to date, Sreekumar et al. I en av de største studier til dags dato, Sreekumar et al. spotted 146 distinct antibodies on glass to monitor the alternations of protein quantity in LoVo colon carcinoma cells. flekket 146 forskjellige antistoffer på glass for å overvåke alternations av protein kvantitet i LoVo colon carcinoma celler. Their results revealed radiation-induced up-regulation of many interesting proteins, including p53, DNA fragmentation factor 40 and 45, tumour necrosis factor-related ligand, as well as down-regulated proteins (58). Deres resultater viste radiation-induced up-regulering av mange interessante proteiner, inkludert p53, DNA fragmentering faktor 40 og 45, svulst necrosis factor-relaterte ligand, så vel som ned-regulerte proteiner (58).

To date, most antibody microarrays were produced with several dozen or a few hundred commercially available poly- or mono-clonal antibodies.  Although tens of thousands of antibodies are commercially available, this number is insufficient because for most proteins there are no available antibodies.  The fact that many antibodies are glycosylated and contain large protein-based supporting structures means that they often cross-react with more than one target protein.  This can contribute to a large number of false positives (9).  Thus another problem has been obtaining high-specificity antibodies. Hittil har de fleste antistoffer microarrays ble produsert med flere dusin eller noen få hundre kommersielt tilgjengelig polygon-eller mono-clonal antistoffer. Selv om titusenvis av antistoffer er kommersielt tilgjengelig, dette er nok fordi for de fleste proteiner er det ingen tilgjengelige antistoffer. faktum at mange antistoffer er glycosylated og inneholder store protein-basert støtte strukturer betyr at de ofte på tvers av reagere med mer enn ett mål protein. Dette kan bidra til et stort antall falske positiver (9). således et annet problem har vært å skaffe høy - spesielle antistoffer.

One of the greatest problem with antibody arrays is specificity. En av de største problemet med antistoff arrays er spesielle. Proteins are often present in a very large dynamic range (106); thus, reagents that might have high affinity for one protein, but are low affinity for another will still exhibit detection of the lower affinity protein if it is much more prevalent (9). Proteiner er ofte til stede i et meget stort dynamisk område (106); dermed, reagenser som kan ha høy tilhørighet til en protein, men lav tilhørighet til et annet vil fortsatt viser gjenkjenning av lavere tilhørighet protein hvis det er mye mer utbredt (9) . One group investigated the ability of 115 well-characterized antibody–antigen pairs to react in high-density microarrays on modified glass slides. En gruppe undersøkte muligheten av 115 godt karakteriseres antistoff-antigen parene til å reagere på høy tetthet microarrays på endret glass skred. 30% of the pairs showed the expected linear relationships, indicating that a fraction of the antibodies were suitable for quantitative analysis (33). 30% av parene viste den forventede lineære sammenhenger, som indikerer at en brøkdel av antistoffer var egnet for kvantitative analyser (33). Many groups have been using sandwich assays to avoid this problem.  A sandwich assay is performed by spotting the first antibody on the array and then detecting the using a second antibody that recognizes a different part of the proteins. Mange grupper har brukt sandwich essay for å unngå dette problemet. Sandwich-analysen er utført ved å fange den første antistoffet på tabellen og deretter oppdager ved hjelp av et sekund antistoff som gjenkjenner en annen del av proteiner. This approach dramatically increases the specificity of the antigen detection, but required that a least two high-quality antibodies exist for each antigen to be detected (8). Denne tilnærmingen dramatisk øker det spesielle ved den antigen detection, men kreves at minst to av høy kvalitet antistoffer finnes for hvert antigen for å bli oppdaget (8).

Next: Antibody Microarrays: Problems and Solutions Neste: Antibody Microarrays: problemer og løsninger

References for Protein and Antibody Microarrays Referanser for Protein og Antibody Microarrays

Back to: Tilbake til:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Innledning og Bakgrunn for Protein Chips og Antibody Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Typer Antibody og Protein Chips