Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatikk, protokoller, DNA RNA Protein Proteomikk

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologi Hjem Protokoller Bioinformatic Verktøy Biology Forum Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark oss!

home > protein-microarrays > protein-chip-attachment > index.php home> protein-microarrays> protein-chip-vedlegg> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molecular Biology Hjem Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomikk Research BETA! Bioinformatikk laboratorieutstyr Molecular Biology Teknikker Molecular Biology Produkter og tjenester relatert Biology Links

Molecular Biology Blog Molecular Biology Blog

Send this page to a friend Send denne siden til en venn

Intracellular Stations Intracellular Stations

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Antibody Botany Felles Buffer Buffer Alfabetisk Bokbutikk Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis histologi Microarrays Immunology mass spectrometry mikrobiologi Molecular Imaging Peptid Proteomikk Protein microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi og siRNA Stilk Cellen Biology Transfection Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array Protokoller	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatikk	Learn about Protein Arrays Lær mer om Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array Kits og produkter	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Nyheter

Protein Attachment to Microarray Chips Protein Vedlegg til microarray Chips

Protein and Antibody Microarrays Protein og Antibody Microarrays

Creation and Manufacture of Protein and Antibody Microarray Chips Oppretting og produksjon av Protein og Antibody microarray Chips

Attachment Vedlegg
To attach proteins to a solid surface, the surface of the substrate has to be modified to achieve maximum binding capacity (8,27).  The proteins are attached to the chip on a protein attachment layer (see Figure 3).  This layer is typically an organic film which varies with the nature of the application.  A variety of materials have been studied including agarose (39), dextran-based hydrogel (40), porous polyacrylamide hydrogel  hydrophilic polymers and polyamino acids (41). Hvis du vil legge ved proteiner til en solid overflate, overflaten av underlaget må være endret for å oppnå maksimal bindende kapasitet (8,27). Proteiner er festet til sjetong på en protein vedlegg laget (se figur 3). Dette laget er vanligvis en organisk film som varierer med innholdet i søknaden. En rekke materialer har blitt studert inkludert agarose (39), dextran-baserte hydrogel (40), porøse polyacrylamide hydrogel vanntiltrekkende polymerer og polyamino syrer (41).
A convenient attachment method used nitrocellulose-membrane or poly-L-Lysine coated glass such that proteins could be passively absorbed onto the surface through non-specific interactions (34,42,43).  The attached proteins bind onto the surface in random orientations and can be washed off under stringent washing conditions.  However, the noise level is usually higher because of the non-specific absorption/adsorption. En praktisk vedlegg metoden brukes nitrocellulose-membran eller polygon-L-Lysine belagt glass slik at proteiner kan være passivt absorberes på overflaten gjennom ikke-spesifikke interaksjoner (34,42,43). Vedlagt proteiner bind på overflaten i tilfeldige retninger og kan bli vasket ut under strenge vaske forhold. Men støyen er vanligvis høyere på grunn av den ikke-Specific Absorption / adsorption.
A more specific and stronger attachment is achieved by creating reactive surfaces on glass that can covalently cross-link to proteins (31,36,26).  A bifunctional silane cross-linker is used to form a self-assembled monolayer (SAM), which has one functional group that reacts with the hydroxyl groups on glass the glass surface, and another group which is free to react with primary amine groups of proteins or can be further chemically modified to reach maximum specificity (44,45).  Another variation is gold-coated glass (46,47).  The advantage of gold-coated chips is that SPR and mass spectrometry can be integrated as detection methods to monitor the dynamics of the reaction, and to identify the captured molecules. Et mer spesifikt og sterkere vedlegg oppnås ved å opprette reaktive overflater på glass som kan covalently kryss-kobling til proteiner (31,36,26). Bifunctional silane kryss-linker blir brukt til å danne en selvbygd monolayer (SAM), som har en funksjonell gruppe som reagerer med hydroxyl grupper på glass på glass overflate, og en annen gruppe som er gratis å reagere med primær amin grupper av proteiner eller kan bli ytterligere kjemisk omdannede å nå maksimal spesifiserer (44,45). En annen variant er gull - belagt glass (46,47). Fordelen med gull-belagt sjetonger er at SPR og mass spectrometry kan integreres som gjenkjenning metoder for å overvåke dynamikken i reaksjonen, og å identifisere fanget molekyler.
The above-mentioned covalent cross-linking approaches however have a disadvantage. De nevnte Kovalent kryss kobling tilnærminger men har en ulempe. Due to the fact that reactive ligands also exist in the side chains of proteins it is possible that their random attachment may alter the native confirmation of proteins, reduce the activity of proteins, or make them inaccessible to probes (8,27). På grunn av det faktum at reaktive ligands også finnes i sidemenyen kjeder av proteiner er det mulig at deres tilfeldige vedlegg kan endre de opprinnelige bekreftelse av proteiner, redusere aktivitet av proteiner, eller gjøre dem utilgjengelig for probes (8,27).
In order to orient proteins uniformily away from the surface of the chip, proteins may be fused with a high-affinity tag at their amino or carboxy termini.  With this method, immobilized proteins/antibodies are more likely to remain in their native conformation, thus allowing the analytes efficient access to the active sites of the proteins.  This method was first successfully demonstrated with the attachment of 5800 fusion proteins containing a His tag onto a nickel-coated glass slide (26).  Other affinity methods such as glutathione/GST have also been used (48). For å orientere proteiner uniformily bort fra overflaten av chip, proteiner kan være smeltet sammen med en høy tilhørighet kode på sine amino eller carboxy Termini. Med denne metoden, immobilized proteiner / antistoffer er mer sannsynlig å bli værende i sitt eget conformation, og dermed slik at analytes effektiv tilgang til den aktive områder av proteiner. Denne metoden ble først vist på riktig måte med vedlegg av 5800 fusjon proteiner inneholder en Hans-koden på en nikkel-belagte glass lysbilde (26). Annen tilhørighet metoder som glutation / GST har også blitt brukt (48).
Streptavidin based immobilization methods have been also widely employed to attach any biotinylated biological element to the array surface (49). Streptavidin basert immobilization metoder er også mye benyttet til feste noen Biotinylated biologisk element i tabellen overflaten (49).
The chip support material is important because proteins are highly sensitive to physiochemical properties.  For example, polar arrays are chemically treated to bind to hydrophilic proteins however such surfaces are unsuitable for cell membrane proteins (eg G-protein coupled receptors) as they possess hydrophobic domains (9). The chip støtte materialet er viktig fordi proteiner er svært følsomme for physiochemical properties. For eksempel polar arrays er kjemisk behandlet for å binde til vanntiltrekkende proteiner imidlertid slike flater er uegnet for membran proteiner (f.eks G-protein koblet receptors) som de har hydrophobic domener (9).
Proteins do not behave like nucleic acids, and different proteins will behave in different ways when exposed to the same surface chemistry.  Different types a surface chemistries will thus promote the retention of some proteins and cause denaturation or loss of activity of others.  Therefore, the proper choice of surface chemistry is important as this will allow immobilized proteins of diverse types to retain their secondary and tertiary structures, and thus their biological activity.  This problem is magnified when the number of different spots on the chip increases, as there may be 100 different ways to immobilize 100 different proteins in order to obtain proper folding and function of all the proteins.  Also a significant problem is because the functions of most proteins are currently unknown, so there is no method to actually test whether they are still functional on the chip (7). Proteiner ikke oppfører seg som nucleic syrer, og forskjellige proteiner vil oppføre seg på forskjellige måter når de utsettes for den samme overflaten kjemi. Forskjellige typer en overflate chemistries vil derfor fremme oppbevaring av noen proteiner og forårsake denaturation eller tap av aktiviteten til andre. Derfor er riktig valg av overflate kjemi er viktig da dette vil tillate immobilized proteiner av ulike typer til å beholde sine sekundære og tertiær strukturer, og dermed deres biologiske aktivitet. Dette problemet blir forstørret når antall forskjellige plassene på chip øker, så det kan være 100 forskjellige måter å immobilize 100 forskjellige proteiner for å få riktig folding og funksjon av alle proteiner. også et betydelig problem fordi de fungerer på de fleste proteiner er foreløpig ukjent, så det er ingen metode for å faktisk teste om de er fremdeles funksjonell på chip (7).

Next: Protein Chip Delivery Methods Neste: Protein Chip leveringsmåter

References for Protein and Antibody Microarrays Referanser for Protein og Antibody Microarrays

Back to: Tilbake til:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Innledning og Bakgrunn for Protein Chips og Antibody Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Typer Antibody og Protein Chips