Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatikk, protokoller, DNA RNA Protein Proteomikk

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologi Hjem Protokoller Bioinformatic Verktøy Biology Forum Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark oss!

home > protein-microarrays > applications-protein-chips > index.php home> protein-microarrays> Programmer-protein-chips> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molecular Biology Hjem Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomikk Research BETA! Bioinformatikk laboratorieutstyr Molecular Biology Teknikker Molecular Biology Produkter og tjenester relatert Biology Links

Molecular Biology Blog Molecular Biology Blog

Send this page to a friend Send denne siden til en venn

Intracellular Stations Intracellular Stations

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Antibody Botany Felles Buffer Buffer Alfabetisk Bokbutikk Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis histologi Microarrays Immunology mass spectrometry mikrobiologi Molecular Imaging Peptid Proteomikk Protein microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi og siRNA Stilk Cellen Biology Transfection Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array Protokoller	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatikk	Learn about Protein Arrays Lær mer om Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array Kits og produkter	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Nyheter

Applications of Protein Microarrays Søknader om Protein Microarrays

Protein and Antibody Microarrays Protein og Antibody Microarrays

Protein Chip Applications Protein Chip Applications

Applications of Protein Chips Søknader om Protein Chips
1) Proteomics 1) Proteomikk
Protein chip technologies will provide a powerful, high-throughput and versatile tool for the genome-scale analysis of gene function (see Figure 4).  Enzyme activity, protein–protein and protein–nucleic-acid interactions, and small-molecule drug interactions may all be analyzed directly on the protein level (77,78).  Arrays may be engineered to address protein identification, quantitation, and affinity studies.  A profiling array may quantitate levels of specific proteins on a global scale allowing for a comparison of normal and disease states.  An affinity array may analyze the interactions of peptides, proteins, oligonucleotides, sugars, lipids, or small molecules and chemicals with immobilized proteins such as receptors, enzymes, or antibodies (8). Protein chip-teknologi vil gi en kraftig, høy hastighet og allsidig verktøy for genome-skala analyse av genet funksjon (se figur 4). Enzym aktivitet, protein-protein og protein-nucleic acid-interaksjoner, og små-molekylet narkotika samhandling mai alle bli analysert direkte på protein-nivå (77,78). Arrays kan være konstruert for å ta opp protein identifikasjon, quantitation og tilhørighet studier. profilering matrise mai quantitate nivåer av spesifikke proteiner på en global skala gjør det mulig for en sammenligning av normale og sykdom stater. En tilhørighet matrise mai analysere interaksjoner av peptides, proteiner, oligonucleotides, sukker, lipider, eller små molekyler og kjemikalier med immobilized proteiner som receptors, enzymer, eller antistoffer (8).
Currently, the rate-limiting step is the production of large numbers of proteins. For tiden er satsen-begrensende trinnet er produksjon av et stort antall proteiner. The ability to automate protein production and proteins fused to high-affinity tags will greatly expedite protein-chip development. Muligheten til å automatisere protein produksjon og proteiner smeltet for høy tilhørighet koder vil i stor grad fremskynde protein-chip utvikling.  High-density chips containing large sets of proteins or even entire proteomes will allow the high-throughput analysis of biochemical activities, protein–protein interactions and post-translational modifications, such as phosphorylation, dephosphorylation, protein methylation, and ubiquitination. High-density chips inneholder store mengder proteiner eller selv hele proteomes vil gi høy overføringshastighet analyse av biokjemiske aktiviteter, protein-protein interaksjoner og post-translational modifikasjoner, for eksempel phosphorylation, dephosphorylation, protein methylation, and ubiquitination.

The ultimate goal of proteomics is to the study biochemical activities of every protein encoded by an organism or proteome.  A landmark study conducted prepared the first proteome chip by cloning ~94% (>5800 of 6200) of the yeast open reading frames in a yeast expression vector which expressed the proteins as N-terminal GST-His x6 double tagged fusions.  A high-throughput yeast protein purification method was developed to individually purify proteins. Den ultimate mål av proteomikk er å studien biokjemiske aktiviteter av alle proteiner kodet av en organisme eller proteome. Landemerke studie utført forberedt på den første proteome sjetong ved kloning ~ 94% (> 5800 av 6200) av gjær åpne lesing rammer i en gjær uttrykk vektor som uttrykkes det proteiner som N-terminal GST-Hans x6 double merket fusions. En høy overføringshastighet gjær protein purification metoden ble utviklet for individuelt rense proteiner. 80% of yeast proteins were full length and of sufficient quantity to be detectable by most assay types. 80% av gjær proteiner var i full lengde og med tilstrekkelig mengde til å være detectable av de fleste analysen. The proteins were then purified using the GST tags and were then attached to Ni-NTA-coated glass slides using the HisX6 tags.  In addition to identifying known interactions, 33 novel binding proteins were detected.  150 novel lipid-binding proteins were also identified.  This study demonstrated that an entire proteome can be immobilized on a glass surface to directly screen for interactions with proteins and small molecules (26). Den proteiner ble deretter renset ved hjelp av GST-koder og ble deretter koblet til Ni-NTA-belagt glass lysbilder ved hjelp av HisX6 koder. I tillegg til å identifisere kjente interaksjoner, 33 romanen bindende proteiner ble oppdaget. 150 romanen lipid-bindende proteiner ble også identifisert. Denne studien viste at en hel proteome kan immobilized på et glass overflaten til direkte skjermen for interaksjoner med proteiner og små molekyler (26).
The coupling of mass-spectrometry and protein chips will have wide applications in identifying players in protein–protein interactions, and also in drug discovery (80). The coupling of mass spectrometry-og protein-prosessorene vil ha brede programmer for å identifisere aktører i protein-protein interaksjoner, og også i legemiddelutvikling (80).  Proteins and small-molecule ligands bound to proteins immobilized on chip can be identified using matrix-assisted laser desorption/ionisation time of flight (MADLI-TOF) mass spectroscopy. Proteiner og små molekyler ligands bundet til proteiner immobilized på chip kan identifiseres ved hjelp av matrise-assistert laser desorption / ionisation tid for flyturen (MADLI-Tof) mass spectroscopy.  Microwell formats are particularly suited for this purpose. Microwell formater er spesielt egnet for dette formålet. Thus, molecules and proteins that specifically bind to many different proteins can be identified and this information can be used to deduce molecular networks and pathways. Dermed molekyler og proteiner som spesifikt bindes til mange forskjellige proteiner kan bli identifisert og denne informasjonen kan brukes til å utlede molecular networks and pathways.
One area that will require technological improvements is the analysis of membrane proteins. Ett område som vil kreve teknologiske forbedringer er analysen av membran proteiner.  A large amount of proteins are likely to be membrane-bound, since as many as one third of all yeast proteins are membrane proteins or secreted proteins (81). En stor mengde proteiner er trolig bli membran-bundet, siden så mange som en tredjedel av alle gjær proteiner er membran proteiner eller secreted protein (81). Due to the fact that many of these proteins are active when in membranes, it therefore may be necessary to purify or reconstitute them with associated lipids. På grunn av det faktum at mange av disse proteiner er aktive når i membraner, er det derfor kan være nødvendig å rense eller gjeninnføre dem med tilhørende lipider. However, this may not be so difficult. Men dette kan ikke være så vanskelig. One group was able to immobilize biotinylated membranes that contain the G-protein-coupled receptor rhodopsin on a gold-coated glass surface, and establish a functional assay for that protein (82). En gruppe var i stand til å immobilize Biotinylated membraner som inneholder G-protein-koplet receptor rhodopsin på en gull-belagt glass overflaten, og etablere en funksjonell analyse av det protein (82).  Similar procedures may make it possible to analyze membrane proteins in a chip format. Liknende prosedyrer kan gjøre det mulig å analysere membran proteiner i en chip-format.
2) Diagnostics 2) diagnose
Another area which will benefit from protein areas is diagnostics. Et annet område som vil dra nytte av protein områder er diagnostikk. Highly parallel analysis on arrays will allow determination of disease markers (eg tumour markers) in extracts with only a minimum of biopsy (sample) material, creating new possibilities for monitoring disease (cancer) treatment and therapy (83). Meget parallell analyse av matriser vil tillate Fastsetting av sykdom markører (f.eks svulst markører) i utskrifter med bare et minimum av biopsy (sample) materiale, skape nye muligheter for overvåking av sykdom (kreft) behandling og terapi (83).

.

Next: Protein Microarrays: Future Directions and Conclusions Neste: Protein Microarrays: Future Directions og konklusjoner

References for Protein and Antibody Microarrays Referanser for Protein og Antibody Microarrays

Back to: Tilbake til:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Innledning og Bakgrunn for Protein Chips og Antibody Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Typer Antibody og Protein Chips