Welcome to Molecular Station! Velkommen til Molecular Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Du må registrere deg før du kan poste på vårt forum eller bruke vår avanserte funksjoner. Register Now! Registrer deg nå! Its Free and Fast! Its Gratis og rask!

Already registered? Allerede registrert? Login now below. Logg inn nå nedenfor.

User Name: User Name:

Password: Passord:

Remember Me? Husk meg?

Already registered and Forgot your password? Allerede registrert og Glemt passord? Click below to recover it. Klikk nedenfor for å gjenopprette den.

Recover Lost Password Recover Lost Password

Join now - it's fast and free! Bli medlem nå - det er raskt og gratis!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station er den største nettverk av forskere, vitenskapsmenn og vitenskap elskere overalt!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

Proteomics Proteomikk

Information on how the proteome or the set of proteins in a cell is studied. Informasjon om hvordan proteome eller sett av proteiner i en celle er studert.

Proteomoics Methods Proteomoics Metoder

Protein content of a cell is estimated to consist of thousands of different types of proteins with a dynamic range of expression. Protein innholdet i en celle er anslått til å bestå av tusenvis av forskjellige typer proteiner med en dynamisk spekter av uttrykk. The technology that is currently being used involves the retrieval of the protein components, fractionation of this very complex mixture, enzymatic proteolysis of each separated and isolated species, extensive mass spectrometric analysis and finally matching the structural data generated against a database of known proteins or anticipated genome expression products. Den teknologien som er i ferd med å bli brukt involverer henting av protein komponenter, fractionation av denne svært kompleks blanding, enzymatisk proteolysis av hver atskilt og isolert arter, omfattende masse spektrofotometrisk analyse og til slutt samsvarer med de strukturelle data generert mot en database av kjente proteiner eller forventet genome uttrykk produkter.

This procedure involves an initial step using 1- or 2-dimensional electrophoresis (DE). Denne prosedyren innebærer et første skritt ved å bruke 1 - eller 2-dimensjonal electrophoresis (DE). Using 1-DE, proteins are separated on the basis of molecular mass; the technique is reproducible and can be used for proteins in the mass range of 10–300 kDa, but does have limited resolution. Bruke 1-DE, proteiner skilles ut på grunnlag av molekylære massen; teknikken er reproduserbare og kan brukes av proteiner i massen rekke 10-300 kda, men har begrenset oppløsning. For separation of more complex protein mixtures, 2-DE is the preferred method. For utskilling av mer komplekse blandinger av protein, 2-DE er den foretrukne metoden. This involves separating the proteins first according to their net charge by an isoelectric focusing step and then, in the second dimension, according to their molecular mass employing sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) which gives a high separation eciency. Dette innebærer å skille proteiner første henhold til sine netto kostnad ved en isoelectric fokuserer trinn, og deretter, i den andre dimensjonen, i henhold til deres molecular mass bruke natrium dodecyl sulfat-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) som gir en høy utskillelse eciency.

Mass spectrometry (MS) is the method of choice for the identification of the separated proteins, and 2-DE and mass spectrometry now represent a technology by which several thousand proteins can be separated, detected and identified in an automated fashion. Mass spectrometry (MS) er den metoden som er førstevalget for identifikasjon av de separerte proteiner, og 2-DE og mass spectrometry nå representerer en teknologi som flere tusen proteiner kan bli separert, oppdages og identifiseres på en automatisert måte.

Proteomics methodology is initially done by protein separation and location by 2-DE followed by excision of the proteins of interest which then undergo proteolytic digestion to yield a mixture of peptide fragments. Proteomikk metodikken er først gjort av protein separasjon og plassering av 2-DE etterfulgt av excision av proteiner av interesse som deretter gjennomgå proteolytic fordøyelsen å gi en blanding av Peptid fragmenter. The peptides are analysed by mass spectrometry, initially using MALDI-MS for molecular mass determination and generation of a peptide mass fingerprint. The peptides er analysert ved mass spectrometry, først ved hjelp av MALDI-MS for molecular mass besluttsomhet og generering av et Peptid masse fingeravtrykk. If database searching at this stage yields ambiguous results, a second mass spectrometric analysis, ESI-MS/MS, is used to generate sequence information which is used for more stringent database searching. Hvis databasen du søker på dette stadiet gir tvetydige resultater, en masse andre spektrofotometrisk analyse, ESI-MS/MS, brukes til å generere sekvensen informasjon som brukes til mer strenge databasen søker.

From the mass spectrum obtained on analysis of the protein digest mixture, the peptide mass map or peptide mass fingerprint ie the molecular masses of the peptide fragments, can be ascertained. Fra mass spectrum fås på analyse av protein fordøye blanding, Peptid masse kart eller Peptid masse fingeravtrykk dvs. molecular masser av Peptid fragmenter, kan ascertained. Often, if the amino acid sequence is sufficiently unique and the mass accuracy sufficiently high, the mass map can be used to search databases 12–15 to identify the protein successfully without the need for further analyses. Ofte, hvis aminosyre-sekvens er tilstrekkelig unikt og massen nøyaktighet tilstrekkelig høy, masse kart kan brukes til å søke databaser 12-15 for å identifisere protein vellykket uten behov for videre analyser. If, however, database searching leads to ambiguous results, then further MS analyses, involving the use of tandem mass spectrometry (MS/MS), are undertaken sequentially on each peptide in the mixture to generate a sequence, or partial sequence, known as a sequence tag, for these peptides. Hvis databasen søker fører til uklare resultater, og deretter videre MS analyser, som involverer bruk av tandem mass spectrometry (MS / MS), er gjennomført sekvensielt på hver Peptid i blandingen til å generere en sekvens eller delvis sekvens, som kalles en sekvens koden for disse peptides. This is frequently achieved by the use of ESI-MS/MS19 and usually an additional purification step must be performed to separate the peptides from the salts and detergents that may be present which cause attenuation of the peptide signal. Dette er ofte oppnådd ved bruk av ESI-MS/MS19 og vanligvis en ekstra rensing trinn må utføres for å skille peptides fra salter og vaskemidler som kan være til stede som årsak attenuation av Peptid signal.

Further database searching with both the molecular mass of the peptide and the sequence tag information should lead to unambiguous protein identification. Videre database å søke med både molekylære massen av Peptid og sekvens-koden informasjon bør føre til entydige protein identifikasjon.

Related Proteomics Information: Relaterte Proteomikk Informasjon:

Proteomics Proteomikk

Proteomics Station Proteomikk Station

Copyright Molecular Station 2006 Copyright Molecular Station 2006