Bio-informatica, Protocollen, RNA EiwitProteomics van DNA

huis > eiwit-microarrays-eiwit > eiwit-spaander-types > index.php

De eiwit Protocollen van de Serie	De eiwit Bio-informatica van de Serie	Leer over EiwitSeries	De de eiwit Uitrustingen en Producten van de Serie	Het eiwit Forum van de Serie	Het Nieuws van Proteomic

Types van de EiwitSpaanders van Microarray en van het Antilichaam

Proteïne en Antilichaam Microarrays

Eiwit Spaanders en Antilichaam Microarrays - Glasplaatjes, Microwell/Nanowell

            Twee belangrijke eiwitspaanderformaten worden nu gebruikt, met inbegrip van glasplaatjes en nanowells (8.27).  wegens de grote hoeveelheden methodes van de diaaanhankelijkheid slechts hier zullen de gemeenschappelijkste en belangrijkste types worden vermeld.
            Het is belangrijk dat de eiwitspaanders proteïnen in een actieve staat bij hoogte - dichtheid behouden, compatibel met meeste commerciële arrayers en de scanners, zijn en op zulk een manier kunnen worden afgedrukt dat de proteïnen in een bevochtigd milieu blijven (8.27). (Zie Figuur 2).

De Spaanders van het Glasplaatje
De glasplaatjes hebben het voordeel dat zij met standaard microarray apparatuur en opsporingsapparatuur die voor de spaanders van DNA wordt gebruikt compatibel zijn.  Zij zijn ook goedkoop.  De meerderheid van studies gebruikt nu glasplaatjes.  Nochtans, hebben zij een hoog verdampingstarief en zijn vatbaar voor mogelijke kruisbesmetting (8.27). 
            De eerste strategieën voor de verwezenlijking van eiwitseries op glas werden ontwikkeld door Mirzabekov et al.  De series werden veroorzaakt door proteïnen in uiterst kleine gelzakken te immobiliseren die werden vastgemaakt aan de glasoppervlakte.  Een verscheidenheid van immunoassays, antigeenopsporing, en enzymatische analyses werden uitgevoerd.  wegens de 3D matrijsstructuur, was de eiwitimmobilisatie zeer efficiënt (28-30). 
In een andere studie, werden de proteïnen vastgemaakt aan een glasoppervlakte die met een crosslinking agent wordt geactiveerd die met primaire aminen reageert (31).  De proteïnen werden bevlekt in een 40% glyceroloplossing die proteïnen in een nat milieu houdt en dehydratie verhindert.  Om te bepalen dat hun eiwit microarrays voor biochemische analyses uitvoerbaar was, testten zij drie bekende eiwit-eiwitinteractie, drie bekende kinase-substraat reacties, en drie bekende eiwit-ligand-eiwitinteractie gebruikend fluorophore-geëtiketteerder proteïnen, radiolabeled ATP, en synthetische ligands die aan fluorescently geëtiketteerdej runderserumalbumine wordt gekoppeld (BSA), respectievelijk.  In de meeste experimenten, waren de kleine aantallen proteïnen bevlekt nochtans in één experiment identificeerden zij één enkele vlek binnen een serie van 10.000 vlekken die één andere proteïne bevatten.  Dit werk toonde het potentieel van proteïne microarrays in biochemische analyses op grote schaal aan nochtans hun studie een zeer klein aantal proteïnen analyseerde en de nieuwe activiteiten niet werden geïdentificeerde.
Een andere studie gebruikte glasplaatjes voor de opsporing van verscheidene eiwitantigenen.  Analytes werden bevlekt op een behandelde glasoppervlakte bij hoogte - dichtheid gebruikend een hand-bevlekkend apparaat of een microarray robot.  Bevlekte analytes werden ontdekt gebruikend antilichamen in bijlage aan een oligonucleotide inleiding en een het rollen reactie van de cirkelversterking.  De techniek had een hoge gevoeligheid, een brede dynamische waaier, en uitstekende vlek-aan-vlek reproduceerbaarheid
(32).
Meeste proteïnen en de antilichamen van de groepen nu direct serie op duidelijke glasplaatjes (31.33-35) worden en het bevlekken uitgevoerd in een vochtigheid-gecontroleerd milieu (8).

Microwell/Nanowell Spaanders
            Het compatibele systeem met standaard microarray en opsporingsapparatuur nochtans groepering wordt vereist.  Deze methode is versatible voor op oplossing-gebaseerde analyses en veelvoudig-componentenreacties.  De verdamping wordt verminderd en er is geen kruisbesmetting.  Ook zijn deze spaanders vrij goedkoop (8.27).
Zhu et al., vervaardigden een open structuur, namelijk nanowells op een polydimethylsiloxane (PDMS) oppervlakte die door de standaardglasplaatjes wordt gesteund (36). 
Deze spaanders bestaan uit een serie van microwells in een beschikbaar siliconeelastomeer, poly (dimethylsiloxane) (PDMS) (37). De series van Microwell laten kleine volumes van verschillende analytes toe dicht op één enkele spaander worden ingepakt, nog blijven fysisch afgezonderd tijdens verdere batch-verwerking. De proteïnen werden covalent vastgemaakt aan de putten gebruikend een crosslinker 3 glycidoxypropyltrimethoxysilane (GPTS) (38).
De gevangen molecules kunnen gemakkelijk van nanowells worden teruggekregen.  Wanneer behandeld met goud in nanowells, verwacht men dat de spectrometrie van de hoog-productiemassa en oppervlakteplasmon de resonantieanalyses kunnen worden uitgevoerd.  Het grootste nadeel van deze techniek is die apparatuur wordt vereist specialzed om nanowells bij hoogte te laden - dichtheid (8.27). 

Daarna: De Methodes van de Gehechtheid van de proteïne en van het Antilichaam - Verwezenlijking van een Spaander Microarray

 

Ga terug aan:

Inleiding en Achtergrond van EiwitSpaanders en de Spaanders van het Antilichaam.

Verwijzingen voor Proteïne en Antilichaam Microarrays