De sponsor/adverteert & Link met ons & Contacteer ons & Ongeveer ons & Help ons

Moleculaire Biologie Blog

De recente Posten van het Forum

 

De Dagboeken van Bioinformatic

Het Huis van de bio-informatica	Gecategoriseerde de Hulpmiddelen van Bioinformatic	Leer over Bio-informatica	Bio-informatica FAQ	De Artikelen van het onderzoek op Bio-informatica	Het Forum van de bio-informatica	Het Nieuws van Bioinformatic	Bio-informatica Blog	De Boeken van Bioinformatic

Bij de Moleculaire Bio-informatica van de Post, zult u alle bio-informaticaprogramma's vinden u zult wensen. Wij hebben meer dan 800 bioinformatic hulpmiddelen voor de bio-informatica van DNA, de bio-informatica van RNA, EiwitBio-informatica, en bioinformatic hulpmiddelen Proteomic. Wij voorzien ook databses elk van deze categorieën om uw opeenvolging van belang van verscheidene opeenvolgingsgegevensbestanden gemakkelijk te vinden.

Ons Bioinformatic hulpmiddelengegevensbestand heeft alle bioinformatic hulpmiddelen u ooit online programma's en hulpmiddelen op nodig zult hebben en omvat:

 

 

 

De recentste Gepubliceerde Artikelen van de Bio-informatica van Dagboeken entrez-Pubmed

De analyse van Multimarker en beschuldiging van veelvoudig platform samen:voegen-gebaseerd genoom… Verwante Artikelen

De analyse van Multimarker en beschuldiging van veelvoudige platform samen:voegen-gebaseerde genoom-brede verenigingsstudies.

Bio-informatica. 2008 10 Juli;

Auteurs: Homerus N, Tembe WD, Szelinger S, Redman M, Stephan DA, Pearson JV, Nelson SF, Craig D

SAMENVATTING: Voor velen bestudeert de genoom-brede vereniging (GWA) individueel het genotyping van één miljoen of meer SNPs verstrekt een marginale verhoging van dekking aan wezenlijke kosten. Veel van de bereikte informatie is overtollige toe te schrijven aan de correlatiestructuur inherent aan het menselijke genoom. Het samenvoegen van gebaseerde studies GWA kon beduidend profiteren door deze overtolligheid te gebruiken om lawaai te verminderen, de nauwkeurigheid van de observaties verbeteren, en verhoogt genomic dekking. Wij introduceren een maatregel van correlatie tussen het individuele genotyping en het samenvoegen, onder het zelfde kader dat r (2) een maatregel van aaneenschakelingsonevenwichtigheid tussen paren van SNPs verstrekt. Wij melden dan een nieuwe methode van niet-haplotype multimarker multi-plaatsen dat hefboomwerkingen de correlatiestructuur tussen SNPs in het menselijke genoom om de doeltreffendheid te verhogen van het samenvoegen van gebaseerde studies GWA. Wij geven eerst een theoretische kader en een afleiding van onze multimarkermethode. Daarna, evalueren wij simulaties gebruikend deze multimarkerbenadering in vergelijking met enige tellersanalyse. Tot slot evalueren wij experimenteel onze methode gebruikend verschillende pools van individuen HapMap op het Illumina 450S Duo, Illumina 550K, en Affymetrix 5.0 platforms voor een gecombineerd totaal van 1.333.631 SNPs. Onze resultaten tonen aan dat het gebruik van multimarkeranalyse lawaai specifiek vermindert voor het samenvoegen van gebaseerde studies, toestaat voor efficiënte integratie van veelvoudige microarray platforms, en verstrekt nauwkeurigere maatregelen van betekenis dan enige tellersanalyse. Bovendien, kan deze benadering worden uitgebreid om voor het toeschrijven van de niet direct waargenomen verenigingsbetekenis voor SNPs toe te staan gebruikend naburige SNPs in aaneenschakelingsonevenwichtigheid. Deze multimarkermethode kan nu worden gebruikt om samen:voegen-gebaseerde studies GWA met veelvoudige platforms over meer dan één miljoen SNPs rendabel af te ronden en naburige SNPs toe te schrijven die voor het verlies van informatie toe te schrijven aan het samenvoegen wordt gewogen. SUPPLEMENTAIRE INFORMATIE: De supplementaire gegevens zijn beschikbaar online bij Bio-informatica.

PMID: 18617537 [PubMed - zoals die door uitgever wordt geleverd]

De de cellenvariëteitstabiliteit van de beoordeling CMT door tweedimensionaal polyacrylamidegel verkiest… Verwante Artikelen

De cellenvariëteitstabiliteit van de beoordeling CMT door de tweedimensionale elektroforese van het polyacrylamidegel en de gebaseerde proteome analyse van de massaspectrometrie.

J Proteomics. 2008 21 Juli; 71 (2): 160-167

Auteurs: Zhang K, Wrzesinski K, Fey SJ, Mose Larsen P, Zhang X, Roepstorff P

De tweedimensionale elektroforese van het polyacrylamidegel (2-D PAGINA) die door massa spectrometrische identificatie wordt is gevolgd van de proteïnen in de eiwitvlekken een centraal hulpmiddel in proteomics geworden. CMT167 (H), (L) cellenvariëteiten CMT64 (M) en CMT170, die uit een spontane adenocarcinoma van de muislong worden zijn de geselecteerd, met hoogte, midden of laag-metastatisch potentieel in vivo gekenmerkt. In deze studie, werden de uitvoerige eiwituitdrukkingsprofielen van de cellenvariëteiten CMT geanalyseerd bij passages 5, 15 en 35 om de cellenvariëteitstabiliteit te beoordelen. Tijdens passages 5 tot 15, bleven de uitdrukkingsprofielen van cellen CMT redelijk stabiel zoals die door slechts 0.7%, 3.9% en 1.1% proteïnen blijk worden gegeven die in CMT167 (H) respectievelijk worden veranderd, CMT64 (M) en CMT170 (L). Nochtans, werd het aantal differentially uitgedrukte proteïnen aanzienlijk verhoogd bij passage 35 in CMT64 (M) en CMT170 (L) terwijl CMT167 (H) stabiel bleef. Gebaseerd op onze selectiecriteria, werden 22, 109 en 84 vlekken in CMT167 (H), CMT64 (M) en CMT170 (L) geselecteerd voor eiwitidentificatie door lidstaten en 99 unieke proteïnen werden geïdentificeerdo. Analyse van de bio-informatica wees erop dat het grootste deel van deze proteïnen aan cellulair metabolisme deelnemen. Samenvattend, werd proteomics gevonden om een nuttig hulpmiddel te zijn om verschillen in cellenvariëteitstabiliteit te beoordelen. Deze benadering verstrekte een hulpmiddel om de beste cellenvariëteit en de optimale subcultuurperiode voor studies van kanker verwante fenomenen en te selecteren voor het testen van het effect van potentiële drugs tegen kanker.

PMID: 18617143 [PubMed - zoals die door uitgever wordt geleverd]

Het teken van FLXtrade van de Sequencer van het Genoom leest systeem-langer, meer toepassingen, st… Verwante Artikelen

Het teken van FLXtrade van de Sequencer van het Genoom leest systeem-langer, meer toepassingen, ongecompliceerde bio-informatica en volledigere gegevensreeksen.

J Biotechnol. 2008 Jun 21;

Auteurs: Droege M, Heuvel B

Het systeem van de Sequencer FLX van het Genoom (GS FLX), die door 454 wordt aangedreven die, is een volgende-generatieDNA rangschikkend technologie die een unieke mengeling kenmerkt van lang leest, uitzonderlijke nauwkeurigheid, en ultrahoge productie rangschikken. Het is bewezen om het meest veelzijdig van al nu verkrijgbare volgende-generatie te zijn rangschikkend technologieën, ondersteunend vele high-profile studies in meer dan zeven toepassingencategorieën. De gebruikers GS hebben FLX innovatief onderzoek naar DE novo die, re-rangschikt van gehele genomen en de gebieden van doelDNA, nagestreefd metagenomics, en het analyse van RNA rangschikt. 454 het rangschikken is een krachtig hulpmiddel voor menselijk geneticaonderzoek, onlangs heeft re-gerangschikt het genoom van een individuele mens, momenteel re-rangschikkend volledige menselijke exome en gerichte genomic de gebieden die de opeenvolging NimbleGen gebruiken vang proces, en ontdekte somatische veranderingen met lage frekwentie met betrekking tot kanker.

PMID: 18616967 [PubMed - zoals die door uitgever wordt geleverd]

[Voorspelling van buitenmembraanproteïnen die steun vectormachine met kam met behulp van… Verwante Artikelen

[Voorspelling van buitenmembraanproteïnen die steun vectormachine met gecombineerde eigenschappen met behulp van]

Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao. 2008 April; 24 (4): 651-8

Auteurs: Zou L, Wang Z, Wang Y

De buiten membraanproteïnen (OMPs) worden ingebed in het buitenmembraan van Gramnegatieve bacteriën, mitochondria, en chloroplast. De cellulaire plaats en de functionele diversiteit van OMPs maken tot hen een belangrijke eiwitklasse. De onderzoek bij de voorspelling van OMPs door bio-informaticamethodes kunnen nuttige methodologieën voor het identificeren van OMPs van genomic opeenvolgingen en voor de succesvolle voorspelling van hun secundaire en tertiaire structuren brengen. In dit document, werden drie eigenschapklassen berekend vanaf eiwitopeenvolgingen: aminozuur samenstellingen, dipeptidesamenstellingen en gewogen de correlatiecoëfficiënten van de aminozuurindex. Dan, werden drie eigenschapklassen gecombineerd en werden ingevoerd in gebaseerde voorspeller een van de steun vectormachine (SVM) om OMPs van andere vouwende types van proteïnen te identificeren. De resultaten die van onderscheid verscheidene gecombineerde eigenschappen met inbegrip van vier categorieën van de aminozuurindex gebruiken werden berekend, en de invloed op onderscheidsnauwkeurigheid die verschillende correlatiecoëfficiënten met verschillende orden en gewichten gebruikt werd besproken. In dwars-bevestigde tests en onafhankelijke tests voor het identificeren van OMPs van een dataset van 1087 proteïnen die tot alle verschillende types van bolvormige en membraanproteïnen behoren, respectievelijk verkrijgt de methode die gecombineerde eigenschappen gebruikt een algemene nauwkeurigheid van 96.96% en 97.33%. En deze resultaten overtreffen dat van andere methodes in de literatuur. Gebruikend deze methode, wordt de hoge specificiteit getoond van de resultaten van het identificeren van OMPs in vijf bacteriële genomen, en meer dan 99% OMPs met bekende driedimensionele structuren in het VOB- gegevensbestand worden correct onderscheiden. Deze resultaten wijzen erop dat de methode een krachtig hulpmiddel voor onderscheid OMPs in genomen is.

PMID: 18616178 [PubMed - in proces]

[Snelle opsporing van Pseudomonas aernginosa door de fluorescentie kwantitatief T… Verwante Artikelen

[Snelle opsporing van Pseudomonas aernginosa door de fluorescentie kwantitatieve PCR TaqMan analyse die gen ETA richt]

Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao. 2008 April; 24 (4): 581-5

Auteurs: Xiao X, Zhang J, Gong J, PanY, Yu Y, Yang X, Wu H

Pseudomonas aernginosa (PA) is één van de meest universele ziekteverwekkers in klinische diagnose, en de conventionele opsporingsanalyse heeft vele nadelen. In dit onderzoek, werden een paar specifieke inleidingen en een fluorescente sonde TaqMan ontworpen in het conservatieve gebied van gen ETA door de methode van bio-informaticaanalyse, de opsporingsmethode want PA met succes werd ontwikkeld. De verschillende gradiëntconcentraties van PA DNA en diverse ziekteverwekkerDNA werden vergroot door fluorescentie kwantitatieve PCR (fq-PCR) om de specificiteit en de gevoeligheid van de ontwikkelde methode te bevestigen. De resultaten toonden aan dat de ontwikkelde opsporingsanalyse in vergelijking met de conventionele methode fq-PCR zinniger en specifiek is, en het is waardevol voor onderzoek en toepassingsvooruitzichten.

PMID: 18616166 [PubMed - in proces]