Onthaal aan Moleculaire Post!

U moet registreren alvorens u op onze forums kunt posten of onze geavanceerde eigenschappen gebruiken. Register nu! Zijn Vrij en Snel!

Reeds geregistreerd? Login nu hieronder.

De Naam van de gebruiker:

Wachtwoord:

Herinner me?

Vergat reeds geregistreerd en uw wachtwoord? Klik hieronder om het terug te krijgen.

Krijg Verloren Wachtwoord terug

Treed nu toe - het is snel en vrij!

De moleculaire Post is overal het grootste netwerk van onderzoekers, wetenschappers en wetenschapsminnaars!

De recente Posten van het Forum

Vergelijkende Genomica - Bio-informatica

De vergelijkende Inleiding van de Genomica

De vergelijkende genomica is de studie van verband tussen de genomen van verschillende soorten of spanningen. De vergelijkende genomica is een poging om uit de informatie voordeel te halen die door de ondertekeningen van selectie wordt verstrekt de functie en de evolutieve processen te begrijpen die op genomen handelen. Terwijl het nog een jong gebied is, houdt het grote belofte in om inzicht in vele aspecten van de evolutie van moderne soorten op te brengen. De zuivere hoeveelheid informatie in moderne genomen (verscheidene gigabytes in het geval van mensen) vergt dat de methodes van vergelijkende genomica van aard meestal computer zijn. Het vinden van het gen is een belangrijke toepassing van vergelijkende genomica, zoals de ontdekking van nieuwe, niet-codeert functionele elementen van het genoom is.

De vergelijkende genomica exploiteert zowel gelijkenissen als verschillen in de proteïnen, RNA, en de regelgevende gebieden van verschillende organismen om te concluderen hoe de selectie op deze elementen heeft gehandeld. Die elementen die van gelijkenissen tussen verschillende soorten de oorzaak zijn zouden door tijd (stabiliserende selectie) moeten worden behouden, terwijl die elementen verantwoordelijk voor verschillen onder soorten uiteenlopend zouden moeten zijn (positieve selectie). Tot slot zullen die elementen die aan het evolutieve succes van het organisme onbelangrijk zijn zijn unconserved (de selectie is neutraal).

Het identificeren van de mechanismen van eukaryotic genoomevolutie door vergelijkende genomica is één van de belangrijke doelstellingen van het gebied. Het wordt nochtans vaak gecompliceerd door de multipliciteit van gebeurtenissen die de hele geschiedenis door van individuele lineages hebben plaatsgevonden, verlatend slechts vervormde en toegevoegde sporen in het genoom van elk het leven organisme. Om deze reden zijn de vergelijkende genomicastudies van kleine modelorganismen (bijvoorbeeld gist) van groot belang om ons begrip van algemene mechanismen van evolutie vooruit te gaan.

Zijn gekomend ver van zijn aanvankelijk gebruik van het vinden van functionele proteïnen, legt de vergelijkende genomica nu bij het vinden van regelgevende gebieden en siRNA molecules de nadruk. Onlangs, heeft men ontdekt dat de ver verwante soorten vaak lange behouden rek van DNA delen die niet om voor om het even welke proteïne schijnt te coderen. Het is op dit ogenblik onbekend welke functie dergelijke ultra-behouden gebieden dienen.

De computer benaderingen van genoomvergelijking zijn onlangs een gemeenschappelijk onderzoekonderwerp in computerwetenschap geworden. De ontwikkeling van wiskunde met computer (gebruikend producten zoals Mathematica of Matlab) heeft ingenieurs, wiskundigen en computerwetenschappers helpen beginnen in dit domein te werken, en een openbare inzameling van gevallenanalyses en demonstraties is het groeien, zich uitstrekt van gehele genoomvergelijkingen aan de analyse van de genuitdrukking. Dit heeft de introductie van verschillende ideeën, met inbegrip van concepten van systemen en controle, informatietheorie verhoogd, koordenanalyse en voor het exploiteren van gegevens. Men voorziet dat de computerbenaderingen zullen worden en een standaardonderwerp voor onderzoek en het onderwijs zullen blijven, terwijl de studenten vloeiend in beide onderwerpen in de veelvoudige cursussen beginnen worden gevormd die in het verleden de weinig jaren worden gecreÃërd.

 

De evolutieve Behouden Bio-informatica van het Gebied

Evolutieve Behouden ook gevraagd ECRs van Gebieden plotseling is gebieden van opeenvolging (gewoonlijk DNA) die om zich op andere genomen in kaart zijn gebracht te richten en behouden.

ECRs binnen groeperingen van de genomen wordt voorgesteld in dit grafische browser, die en kleur-codes ECRs met betrekking tot bekende genen afschildert die in het basisgenoom zijn geannoteerd. „ECR van de greep“ de eigenschap staat gebruikers toe om opeenvolgingen snel te halen die aan om het even welke ECR beantwoorden, om onderliggende opeenvolgingsgroeperingen te visualiseren en/of behouden de bandplaatsen van de transcriptiefactor te identificeren.

 

ECR Browser is een nieuw dynamisch hulpmiddel van de geheel-genoomnavigatie voor de visualisatie en de studie van evolutief verband tussen gewervelde dieren en nietgewervelde genomen. ECR Browser wordt constant bijgewerkt om de onlangs beschikbare gerangschikte genomen te omvatten (momenteel: mens, hond, muis, rat, kip, kikker twee pufferfish (Fugu en Tetraodon), zebrafish, en 6 fruitflies). Ovcharenko, M.A. Nobrega, G.G. Buit, en L. Stubbs ECR Browser: een hulpmiddel om tot gegevens te visualiseren en toegang te hebben van vergelijkingen van het veelvoudige gewervelde Onderzoek van genomen Nucleic Zuren, 32, W280-W286 (2004)

ECRbase is het Gegevensbestand van Evolutieve Behouden Gebieden (ECRs), Promotors, en de Plaatsen van de Band van de Factor van de Transcriptie in Gewervelde gecreÃërd Genomen die ECR Browser groeperingen gebruiken

 

Het Forum van de bio-informatica

Bespreek en post vragen over eiwituitdrukking in het Forum van de Bio-informatica.