Bioinformatics의 프로토콜,DNARNA단백질Proteomics
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또한 단백질 주제Bioinformatic공구의 우리의 링크 데이타베이스를 보십시요
단백질의posible기능에 관해서는 실마리를 제공하기 때문에 단백질 주제와 도메인은 단백질의 중요하고, 가능한 상호 작용 이다. 단백질에는 예컨대DNA바인딩을 위해 도메인이 있으면, 단백질이DNA순서 것 을에 묶어서 행동할 수 있는다 고 너는 저것을 예언할텐데.
단백질 주제와 단백질 도메인 데이타베이스에 주는 찾는다: 가장 큰 단백질은 몇 도메인에 모듈 이다. 너의 단백질 또는 불명한proteni이 단백질 키니아제에 가장 유사하면, 키니아제 이는 것을 이것은 필요하게 의미하지 않는다 - 가능하다 2개의 단백질 나눈다 몇 다른 도메인 (ie몇SH3도메인)을.
단백질 주제Bioinformatic공구의 우리의 링크 데이타베이스를 보십시요
CDD 보전된 도메인 데이타베이스. 단백질은 수시로 몇 단위 또는 도메인, 명료한 진화 원천에 각자 및 기능 포함한다. NCBI's에 의하여 보전되는 도메인 데이타베이스는 고대 도메인 및 전장 단백질을 위해 다각 순서 줄맞춤의 수집 이다. 서비스를 단백질 질문 순서안에 현재 보전한 도메인을 확인하는 사용된 일지모른다cD찾으십시요.
CDD키워드 검색 수색EntrezPubmed에Keyword에의한 보전된 도메인 데이타베이스.
InterPro InterPro은 알고있은 단백질안에 발견되는 증명할 수 있는 특징이 불명한 단백질 순서에 적용될 수 있는 단백질 가족, 도메인 및 기능적인 사이트의 데이타베이스 이다.
PROSite PROSITE은 단백질 가족과 도메인의 데이타베이스 이다. 어느 알고있은 단백질 가족을에 확인한것을 (만약에 무엇이든을) 새로운 순서가 속하는 까 견실하게 돕 생물학으로 뜻깊은 사이트, 패턴을 및 단면도가 그것에 의하여 이루어져 있는다.
Pfam Pfam은 많은 일반적인 단백질 도메인을 충당하는 다각 순서 줄맞춤 및 숨긴Markov모형의 대규모 수집 이다. Pfam버전7.7b(2002년 10월)은Swissprot40과 출발점trEMBL에 기초를 두는4832의 단백질 가족을 위해 줄맞춤 그리고 모형을 포함한다
ProDom 단백질 도메인 데이타베이스
모든 단백질 순서의
완전한 적용에 단백질 도메인 가족의
데이타베이스를 생성하기 위하여PairsDB은
자동 도메인 분해 산법 (ADDA) 이용된다.
순서는 도메인으로 쪼개고 도메인은
완전하게 자동화한 프로세스안에 단백질
도메인 가족으로 그룹을 만들n다. 현재
데이타베이스는40명 이상000명의 도메인
가족안에1.5백만개의 이상 순서를 위해
도메인을 포함한다. 특히,에curated도메인
데이타베이스Pfam,SCOP및InterPro을 부분적으로
덮지 않는3828명의 비발한 도메인 가족 있는다.
웹 공용영역경유 데이터를 전송하고기
질문을 위해 유효한 데이터isfreely. 또한
보십시요:
PairsDB도메인 가족은 찾는다
PairsDB도메인 가족은 찾아본다
인쇄 인쇄는 단백질 지문의 대요 이다. 지문은 단백질 가족을 성격을 나타내기 위하여 이용되는 보전한 주제의 그룹 이다; 그것의 진단상 힘은 스위스인pROT/TrEMBL합성물의 반복 스캐닝에의해 세련된다. 3D공간안에 인접해 지도 몰라 이긴 하지만, 흔하게 주제는 순서에 따라서 부분적으로 덮고지 않, 그러나 분리한다. 주제 이웃사람이 제공하는 상호 문맥에서 파생하는 충분한 진단상 힘 주제를 골라낸 할 수 있는다보다는 지문은 단백질 겹과 기능을 더 가동가능하고 그리고 강력하게 부호 매길 수 있는다.
적중 주제 검사 적중은 단백질 도메인에 정진되는 자유로운 데이타베이스 이다. 또한 그들에 기술되는 단백질 순서와 주제사이 관계의 수사를 위해 공구의 수집 이다. 이 주제는 현재 정규식, 일반화한 단면도 및Markov숨긴 모형을 포함하는 예언자의 이질적인 수집에의해 정의된다,
똑똑한 간단한 모듈 아키텍쳐 연구 공구. 목표: user-supplied단백질 순서안에 도메인의 자동 식별 그리고 주석을 허용한 위하여.
PROClass은 ProClass데이타베이스 공동으로ProSite패턴과PIRsuperfamilies에의해 정의되는것과 같이 가족 관계에 따르면 편성되는non-redundant단백질 데이타베이스 이다. ProClass데이타베이스는 단백질 가족 정보 복구를, 도메인과 가족 관계를 밝히기 위하여 촉진할 수 있고, 분류함것은 결합 단순한 가족 조직 계획으로 그리고 주제 상사성에 의하여 단백질을, 세계multi-domained.
ExPASY스위스인PROT 제네바의 대학의 찾을 수 있는 색인 분자 생물학 서버: SWISS-PROT의 찾을 수 있는 색인을 포함한다.
ExPASYPROSITE PROSITE은 단백질 가족과 도메인의 데이타베이스 이다. 어느 알고있은 단백질 가족을에 확인한것을 (만약에 무엇이든을) 새로운 순서가 속하는 까 견실하게 돕 생물학으로 뜻깊은 사이트, 패턴을 및 단면도가 그것에 의하여 이루어져 있는다.
TIGRFAM데이타베이스는 숨긴Markov모형 또는HMMs에 기초를 두는 단백질 가족 이다.
eMotif수색은 BLOCKS+데이타베이스안에 다각 순서 줄맞춤에서eMOTIFS파생된다.
주제: 다각 데이타베이스를을 포함하여 찾는 할 수 있는다: PROSITE패턴,PROSITE단면도, 구획,ProDom의 인쇄,Pfam, 파편 및 사용자 정의 단면도 도서관을 위해Pfam_fs.
HMM수색 - 단백질 도메인의Pfam-A데이타베이스을 사용하여 단백질 순서의 주제 수색 -Sanger센터 (UK).
HMM수색 - 단백질
도메인의Pfam-A데이타베이스을 사용하여 단백질
순서의 주제 수색 -WUSTL(미국).
돛대 - 주제 줄맞춤과 수색 공구 -Pasteur임명 (프랑스).
MEME - 주제Elicitation을 위해 다각EM-Pasteur학회 (프랑스).
주제 - 탐색 업무를 모방하십시요 - 아이오와 국가U(미국).
PatternFind - 몇
데이타베이스의 패턴 수색 패턴 수색을을
포함하여 연속: 스위스어prot,TrEMBL,
스위스어prot는 이체,trEST,trGEN을 접합한다,
미생물
완전한proteomes,RefSeq방출,RefSeq주간
갱신,PATTINPROT,trome, 모든 종을 위해
현재ENSEMBL펩티드 순서 패턴 수색을
질문하십시요 - 폴란드 생물informatique볶은
양파와 함께 요리하는 (프랑스),Pratt2.1- 발견
공구,Pratt을 모방하십시요 -U헬싱키
(핀란드),Pratt-Pasteur임명 (프랑스),Pratt-
임명Informatik-UBergensis(노르웨이),Pratt-EBI(UK).
PROSITE-ProSite데이타베이스의 단면도
주제 수색.
PROSITE수색 -Genestream-IGHMontpellier(프랑스).
ScanProsite -PROSITE일일
회보향하여 단백질 순서를 검사하십시요
-ExPASy(스위스).
PHYTOPROT은 그들의 상사성에 기초를 두는 순서 (Mohseni-Zadeh그 외 여러분,Recomb2003년)의 다발을 건축하는BIOFACET소프트웨어에 (상상속) 단백질 순서의 "모든 에 의하여 모든" 비교를 실행하기안에PHYTOPROT뒤에 일반 절차 이루어져 있고 마지막으로2alaProdom을 보여서 도메인은 각 다발안에 순서에 의하여 나눴다
Integr8ArabidopsisThalania은 키워드 검색을 사용하여 단백질에 관하여 정보를 제공한다. 수색안에 도메인 정보를 포함한다.
기생충 주제 수색 기생충 주제 데이타베이스. 데이타베이스의: 모든Leishmania,Leishmania중요한Friedlin의Trypanosomabrucei,Trypanosomacruzi, 모든Crithidia의 모든kinetoplastids, 변형체falciparum, 모든 변형체,Toxoplasmagondii, 모든Apicomplexa의 모든Schistosoma, 모든Filarioidea.
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