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dna단백질 상호 작용을 분석하기 위하여 어떻게에 관하여 배우십시요.
dna단백질 상호 작용을 분석하기를 위해 4개의 중요한 기술 있는다. 너의DNA이 단백질에 상호 작용하면 첫번째 2개의 기술은 (필터 바인딩과 젤 기동성 교대) 결정한다. 단백질과DNA사이 상호 작용의 표적 사이트가DNA에 속이는 곳에 다른 2개의 기술 (DNaseFootprinting과DMSFootprinting)은 지적한다.
니트로셀룰로오스 막 필터는 일반적으로 해결책을filter-sterilize사용된다. 니트로셀룰로오스 필터는 어느 조건의 밑에DNA을, 그러나 단 묶을 수 있는다. SinglestrandedDNA은 니트로셀룰로오스에 준비되어 있 묶는다, 그러나 두 배에 의하여 배가 좌초하는DNA은 그것만으로. 이와 반대로 단백질은 묶고, 단백질이double-strandedDNA에 도약되면 단백질Dna복합물은 묶을 것이다. 부연 정보 은 니트로셀룰로오스 필터 의무적인 분석실험 기사를 참조하십시요.
dna단백질 상호 작용을 측정하기 위하여는 이 기술은 단백질에 도약할것을 이을 때 동일한DNA이보다는 작은DNA에는 젤 전기 이동법안에 매우 더 높은 기동성이 있는다 고 단순한 사실에 의지한다. 우리는 그런 까닭에 종류 두 배에 의하여 배가 좌초하는DNA파편을 레테르를 붙일 수 있고, 그때 단백질에 그것을, 그리고electrophorese복합물 섞는다. 레테르를 붙인 종을 검출하기 위하여 그때 우리는 방사선 사진술안에 젤을 복종시킨다. DNA의 작은 크기는 이 분석실험안에 중요하다. 검출하기 전체 유전자가 이용하면 그것의 기동성은 이미 아주 낮, 단백질 바인딩에의해 일으키는 원인이 된 기동성 교대는 곤란할 것이. 그런 까닭에 우리는, 또는 단백질을 위해 표적 사이트를 포함할 것이다 합성double-stranded올이g온읒러XX이d어, 그러나 조금 그밖에 대략 단백질이DNA에 묶는 그래서 우리가 짧은 금지 파편을 준비할 수 있는 곳에 알아야 한다.
단백질은 준DNA에 묶는 것을 우리가 있있으면 하자마자 우리는 표적 사이트가DNA에 속이는 곳에 알아내는footprinting을 사용할 수 있는다. ,footprintingDnase은DNA것 을에 묶어서 단백질이 의무 사이트를 덮는다 고 사실에 의지하고 그래서 공격에서Dnase에의한 그것을 보호한다. 이 감안에 그것은DNA에 "발자국"을 남겨둔다. footprinting실험안에 첫걸음에 의하여 최후 레테르를 붙인다DNA이 이다. 우리는 실험당 어느 것이든 물가, 그러나 단 것을 레테르를 붙일 수 있는다. 다음, 우리는DNA에 단백질을 묶는다. 자르는DNA분자당 단 것의 평균이 일어난다 하기 위하여, 그때 우리는 온화한 상태 (약간의Dnase)의 밑에Dnasei에dna단백질 복합물을 대우한다. 다음, 우리는DNA에서 단백질을, 분리한다DNA물가를 제거하고,electrophorese고해상polyacylamide에 유래 파편은 크기 감적나란히 교질화한다. 파편은DNA의 다른 끝에서 마찬가지로 일어날 것이다, 그러나unlabeled이기 때문에 우리는 그들을 검출하지 않을 것이다. 우리는 항상 혼자서DNA에 통제를 (단백질) 포함하고, 흔하게 1개 이상 단백질 농도를 사용한다 그래서DNA의 보호가 추가한 단백질의 농도에 의존하는 것을 우리는 발자국 지구안에 악대의 점차적인 실종에 의하여 볼 수 있는다. 단백질이 묶는 곳에 발자국은 단백질에의해 보호되는DNA의 지구를 대표하고, 그런 까닭에 우리들에게 말한다.
footprintingDnase은 단백질을 위해 의무 사이트의 위치의 좋은 아이디어를 준다, 그러나Dnase은 고분자 이고 그런 까닭에 의무 사이트의 정밀한 세부사항을 시험하기를 위해 오히려 무딘 기계 이다. 의미하는 까 어느것이, 저것은 거기서 단백질사이 상호 작용안에 간격 이을지도 모르고다Dnase이 적합하지 않고 그런 까닭에 검출하지 않을텐데DNA은. 더욱,DNA의무적인 단백질은 빈번하게 이중 나사선을 견강부회하는 의무적인 지구안에DNA을 교란한다. 단백질이Dnase을 떨어져 있는 지키기 때문에 이 섭동은 재미있고, 그러나footprintingDnase에의해 일반적으로 검출하지 않는다. 더 상세한footprinting을 하기 위하여는, 우리는 복잡한dna단백질의 길체 그리고 갈라진 틈에 맞을 수 있는 더 작은 분자를 필요로 하고 상호 작용의 예민의 더를 계시한다. 이 일을 위해 마음에 들는 공구는 메틸을 섞는 에이전트dimethylsulfate(DMS) 이다.
footprintingDMS에 우리는 와 같은 방식으로DNA및 바인딩을 최후 레테르를 붙여서,footprintingDnase안에 단백질 시작한다. 평균에 단 1 메틸화가DNA분자당 조차 일어난다 하기 위하여 그때 온화한 대우을 사용하여DMS에dna단백질 복합물이, 우리에 의하여 메틸을 섞는다. 다음, 우리는 단백질을 쫓아내고, 메틸을 섞은 퓨린을 제거하는DNA에apurinic사이트 (기초없이deoxyriboses)을 만들는 시약에DNA을 대우한다. 그때 우리는 이apurinic사이트에DNA을 끊는다. 이 반응은 반응을 연속Maxam-GilbertDNA과같은 동일물 이다. electrophorese마지막으로 우리는DNA파편 및 아XX오r아d이오gr앞 레테르를 붙인DNA을 검출하는 젤 끈으로 동인다. 각 악대는 단백질에의해와 이렇게 무방비 메틸을 섞은 뉴클레오티드의 옆에 끝낸다.
3 차원안에 DNA분자를 보십시요
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