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유전자 존재론은 간다
Bioinformatics Ap를 위한 문법 제지된 숨겨지은 조건적인 무작위 분야… 관련 기사
Bioinformatics 응용을 위한 문법 제지된 숨겨지은 조건적인 무작위 분야.
산법 Mol Biol. 10월 2009일 22일; 4 (1): 13
저자: Fariselli P, Savojardo C, Martelli PL, Casadio R
요약: 배경: 차별적인 모형은 자연적으로 분류 업무를 제시하기 위하여 디자인된다. 그러나, 몇몇 응용은 문법 규칙의 포함을 요구하고, 이러한 경우에 발생 모형은 숨겨지은 Markov 모형 (HMMs) 및 확률론적인 문법과 같은 일상적으로 적용된다. 결과: 우리는 숨겨지은 조건적인 무작위 분야 (HCRFs)의 연장으로 문법 제지한 숨겨지은 조건적인 무작위 분야 (GRHCRFs)를 소개한다. HCRFs의 차별적인 특성을 보존하고 있는 동안 GRHCRFs는 정의한 문법의 생산 규칙과 일치하여, 레이블을 할당할 수 있다. 주요 GRHCRF 참신은 정의한 문법에 의하여 문제의 HCRFs 이전 지식에서 포함의 가능성이다. 우리의 현재 실시는 정규 문법 규칙을 허용한다. 우리는 전형적인 biosequence 레테르를 붙이는 문제에 우리의 GRHCRF를 시험한다: Prokaryotic 외부 막 단백질의 지세학의 예측. 결론: 우리는 전형적인 biosequence 레테르를 붙이는 문제에서 GRHCRF가 GRHCRFs가 biosequence 분석 응용을 위한 유용한 툴일 다는 것을 나타내는 동일한 복합성의 CRF 모형 보다는 잘 실행한ㄴ다는 것을 보여준다. 가용성: GRHCRF 소프트웨어는 웹사이트 http://www.biocomp.unibo.it/ savojard/biocrf-0.9.tar.gz에 GPLv3 면허의 밑에 유효하다.
PMID: - 발행인에 의해서 공급되는 - 19849839 [PubMed]
표현한 순서에 있는 효과기의 ID 그리고 기능적인 특성은 감자 낭종 선충 Globodera pallida의 각종 수명주기 단계에서 표를 붙인다.
플랜트 Mol Pathol. 11월 2009일; 10 (6): 815-28
저자: 죤스 JT, Kumar A 의 Pylypenko LA, Thirugnanasambandam A, Castelli L 의 행상인 S 의 격발준비작용 PJ, Grenier E, Lilley CJ, 필립스 MS, Blok VC
이 기사에서는, 우리는 Globodera pallida의 각종 수명주기 단계에서 얻어진 cDNA 도서관에서 9000의 표현한 순서 꼬리표 (ESTs) 이상의 분석을 기술한다. 우리는 bioinformatics 분석을 사용하여 이 데이타세트에서 50 G. pallida 효과기 이상 복제품을 가리고 인두 동맥 세포에 있는 표정을 확인하기 위하여 제자리 교잡을 이용해서, 기생의 개시 후에 위로 통제된 은닉한 단백질을 확인하기 위하여 확인했다. 실속품 유전자 가족 암호화 G. pallida SPRYSEC 단백질은 확인되었다. 이 유전자의 표정은 등쪽 인두 동맥 세포에 제한된다. G. pallida에서 단백질의 SPRYSEC 계열의 다른 일원은 몇몇이 플랜트에 있는 다른 subcellular 지방화 패턴을, 핵 및 nucleolus에 세포질 및 그 외에 지방화된 상태에서 보여준다. subcellular 지방화에 있는 다름은 더 확률이 높은 각 개별적인 단백질을 위한 다양한 기능적인 역할 또는, 선충이 표적으로 한 단백질 식물의 구획화에 있는 다양성을 반영할 수 있다. 우리의 데이터는 호스트 표적의 범위와의 상호 작용을 통해 이것을 달성한다 그러므로 이전에 건의되는 것과 같이 SPRYSEC 단백질이 호스트 방어를, 그리고 억압한다 제안으로 일관되다.
PMID: 19849787 [PubMed - 프로세스에서 -]
세균성 avirulence 유전자에서 hrp 전달계를 통해 효과기 기능에: 25 년의 플랜트 타고난 면제의 우리의 이해에 있는 진도의 개관.
플랜트 Mol Pathol. 11월 2009일; 10 (6): 721-34
저자: 맨즈필드 JW
첫번째 avirulence (avr) 유전자를 복제하는 것은 미생물 공격에 대하여 기초 방어의 삭제로 식물병에 있는 유전자 를 위해 유전자 상호 작용의 깊은 이해에, 또한 기본적인 통찰력으로 뿐만 아니라 이끌어 냈다. (슈도모나스 syringae에 집중하는) 이 기사는 아이디어의 발달 및 Staskawicz와 협력자가 달성한 돌파구를 따르는 25 년 내내 연구 진도를 도표로 만든다. 유전자 클로닝 기술에 있는 어드밴스는 avr와 hrp 둘 다 유전자의 ID를, 방어적인 과민한 반응 (HR)의 활성화를 위해 요구되는 후자 및 병원성 밑에서 버텼다. hrp 유전자 다발에 의해 부호 매겨진 유형 III 분비 기계장치를 통해서 Avr 단백질의 납품은 HR의 elicitors가 확인되는 때, 플랜트 세포 안쪽에 단백질의 활동 설명되고. 병원성 적당에 있는 avr 유전자를 위한 핵심 역활은 지금 설치되었다. 효과기, HR를 억압하고 세포가 방어의 벽 기초를 둔 단백질로 Avr 단백질의 rebranding는 그들의 표적을 위한 연구 진행으로, 이끌어 내고, 플랜트 저항의 조화로 다양한 세균에 대하여 새로운 통찰력을 생성하고 있다. 게놈에 있는 효과기 유전자 배급의 Bioinformatics 지도된 분석은 공격과 방어의 군비 경쟁이 미생물 병원성의 발전을 몰기 때문에, 효과기와 또한 그들의 기능적인 도메인의 상호 교환의 현저한 전망을 제공했다. 질병 통제 전략의 발달을 위한 우리의 생긴 지식의 응용은 고려된다.
PMID: 19849780 [PubMed - 프로세스에서 -]
찍힌 유전자에 특별 강조를 가진 돼지에 있는 태아 placental 발달의 연구 결과를 위한 기능적인 genomic 접근.
Soc Reprod Fertil Suppl. 2009년; 66: 245-64
저자: Bischoff SR, Tsai S, Hardison N, Motsinger-Reif AA 의 Freking 바륨, Piedrahita JA
이 장은 돼지에 있는 찍힌 유전자의 연구 결과에 기능적인 genomic 접근의 응용을 기술한다. "기능적인 genomics"의 변화되는 정의가 동안, 일반적으로 그(것)들은 RNA (siRNA) 및 바이러스성과 비 바이러스성 transfection를 침묵시키기와 같은 유전자 수정의 하류 방법과의 DNA microarrays의 응용에, 단 하나 뉴클레오티드 동질다상 (SNP) 배열 및 다른 높은 적용 genomic 분석 및 그들의 조합 집중한다. 시스템 bioinformatics는의 처음 정보 수집과 실제적인 유전 조작 사이 의미심장한 정보를 추출하기 위하여 데이터의 엄청난 규모가 분석되는 속인다. 이 지역은 간단한 영향 받은 유전자 명부의 발생 보다는 오히려 영향 받은 통로 및 프로세스의 탐지에 증가한 강조를 가진 일정한 유출에 있다. 우리는 이 점의 각각에 확장하고 우리가 돼지에 있는 찍힌 유전자의 연구 결과를 위해 이 기술을 어떻게 사용한지 기술할 것이다. 첫째로 우리는 생물학 그(것)들이 생성하는 정보의 기능적인 genomic 접근 그리고 유형에 대한 면담을 문맥을 제공하기 위하여 질문을 소개할 것이다.
PMID: 19848292 [PubMed - 프로세스에서 -]
