Bioinformatics のプロトコル、DNA のRNA 蛋白質Proteomics
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倫理及び科学は手を揺する必要がある。~Richard Clarke Cabot
2008 年3 月Moleculardude 著書かれ、アップデートされて。版権2007/2008 。
定義: SDS-PAGE はナトリウムdodecyl 硫酸塩(SDS) の�&リアクリルアミドゲルの電気泳動の 省略である。
SDS-PAGE は蛋白質をそれに応じて分けるのにサイズによって使用される分子生物学の技術である。SDS-PAGE はまたDNA 及びRNA の分子を分けることができる。
蛋白質の混合物を解決する為の最も強力な技術はおそらくであるもので、蛋白質はゲルの電気泳動の前のそしての間のイオンの洗剤…SDS (ナトリウムの) にdodecylsulfate さらされる。 SDS は 亜単位に分離するmultimric 蛋白質は蛋白質により変化させ�&リペプチドの鎖すべては同じようなcharge:mass の比率の拡張構造に強制である。 従って SDS の処置は大容量を反映するチェーン長さがSDS- の�&リアクリルアミドの電気泳動の蛋白質の移行率の唯一の決定要因であるように形の相違の効果を除去する。
より少しにによって分子量で異なる鎖はこの技術によってより10 パーセント分けることができる。 さらに、蛋白質の分子量は同じゲルでランされる蛋白質の梯子または分子量の梯子に比較すると定めることができる。
(図1) を見なさい
図1 。蛋白質を分けるのにこのacrylamide のゲルが使用されている。着色された点はprestained ある標準サイズのマーカーである。西部のしみを作るのに通常これが使用されている。蛋白質は膜に転送され、次に特定の蛋白質への抗体と検出される。
SDS-PAGE のナトリウムdodecyl 硫酸塩の�&リアクリルアミドゲルの電気泳動は、電気泳動の移動性(高位蛋白質の折りたたみ、posttranslational の修正および他の要因と同様、�&リペプチドの鎖または分子量の長さの機能) に従って蛋白質を分けるのに生物化学、遺伝学および分子生物学で使用される技術である。
分析されるべき蛋白質の解決はSDS の二次を非 二硫化物によってリンクされる第三構造変化させる混合され、各蛋白質–に–大容量に比例して負電荷を加える陰イオン洗剤と最初に。SDS なしで、同じような分子量が付いている異なった蛋白質は多く充満比率の相違のために各蛋白質に一次構造に等電�&イント及び分子量の点があるので、別様に移行する。これは天然ページとして知られている。に結合し、蛋白質を開くのでSDS を追加することで�&リペプチドの長さに沿う近い均一負電荷を与えるこの問題を、解決できる。
ほとんどの蛋白質のためのおよそ均一mass:charge の比率を与える1.0 g 1 蛋白質毎のおよそ1.4 g SDS の比率のSDS の縛り(結合の比率が1.1-2.2 g SDS/g 蛋白質から変わることができるが) ゲルを通る移行の間隔が直接蛋白質のサイズだけと関連していると仮定することができるように。実験者が電気泳動の実行の間のゲルを通して蛋白質の解決の進歩を追跡することを可能にするように追跡の染料は蛋白質の解決に追加されるかもしれない。
電気泳動はまた電気泳動の移動性と呼出される応用電界の影響の下に、または混合物の解決の分子分離のための技術 、である。 電界移動の分解された分子はcharge:mass の比率によって定められる速度で、または移行する。 例えば2 つに同じ大容量があり、形づけば、より大きい純充満との1 つは電極の方により速く移動する。 小さい分子の分離は、アミノ酸及びヌクレオチドのような、電気泳動の多くの使用の1 つである。 この場合、サンプルの小さい低下はフィルターペーパーまたは行なう解決に浸る他の多孔性の基板のストリップで沈殿する。 電界がストリップの端として加えられるとき、小さい分子は充満の大きさに対応する率でストリップに沿う行なう解決移動で分解した。
サイズ及び形で異なる核酸か多くの蛋白質がほぼ同一のcharge:mass の比率があるので、解決のこれらの高分子の電気泳動は異なった長さの分子のほとんど分離で起因する。 但し、蛋白質及び核酸の正常な分離は様々なゲル(水の半固体中断) のよりもむしろ液体の解決の電気泳動によって達成することができる。 蛋白質の電気泳動の分離は�&リアクリルアミドゲルで一般に行われる。 これらのゲルはガラス板のペアの間で半固体マトリックスにpolyacrylamidechains 及び同時にcross-linking にacrylamide の単量体の解決の重合によって鎖投げられる。 ゲルの気孔のサイズは�&リアクリルアミド及び架橋結合の試薬の集中の調節によって変えることができる。
蛋白質の混合物が加えられるゲルおよび電気流れに加えられるとき小さい蛋白質はよりより大きい蛋白質ゲルを通って速く移行する。 動きの率は電界の’ゲルs の気孔のサイズそして強さによって影響を及ぼされる。 非常に架橋結合された�&リアクリルアミドゲルの気孔はかなり小さい。 そのようなゲルは小さい蛋白質およびペプチッドを解決できる大きい蛋白質はそれを通って移動できない。
述べられるように、蛋白質はSDS と蛋白質への縛りが熱の付加が付いている二次の及び非二硫化物リンクされた第三構造を変化させる陰イオン洗剤混合され。SDS はまた大容量に比例して各蛋白質に均一否定的な充電を加える。
SDS が分離で使用されなかったら、同じような分子量が付いている蛋白質は充満比率に大容量の相違のためにゲルで別様に移行する。蛋白質が電気流れを使用して分かれて、ゲルのマトリックスのサイズをpore ので、充満の相違は(大容量に加えて) 分離の役割を担う。
実験者が電気泳動の実行の間のゲルを通して蛋白質の解決の進歩を追跡することを可能にするように追跡の染料は蛋白質の解決に追加されるかもしれない。
銀私の友人の汚損のこんにちは1 が配列の銀製の
汚損の問題に直面した後ゲルを配列するDNA のバンドのImmidiate のdissappearing はマーカーのバンドと共にDNA のサンプルバンドが... であるかどれでゼリー状になる
密接に移行する2 つはSDS-PAGE のゲルでこんにちは
バンドが付く。私は私がゲルのsds ページの2 つの近い移行バンドをなぜ2 つのバンド非常に近くなぜ見るが、か今か。通常否私は2 つのバンド、通常1 つのバンドを... 得る
サンプルのSDS の沸騰代わりとなる方法か。
私はあなたが... ほしい特定のdyes/probes 等を使用すれば私がゲルの上の近くでまた走る蛋白質の総計を得ると同時に私のサンプルを沸かすことを憎む
I rewet はメタノールの膜... 行くAb であるか。
低い豊富蛋白質を検出することを試みる夜通しの露出の端のまわりで完全に乾く私の膜従って私はrewet メタノールのそれ... 私のAb の否... である
SDS は蛋白質の集中の推定に喜ばす
ヘルプをこの人�&ケットベルで連絡する: 私は私のSDS のページとの問題を有する。私は蛋白質のBCA method.I の使用2 の希薄によって蛋白質の集中をのための... 推定する
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Demystifying SDS ページのビデオ
教育ビデオはYoutube のユーザーのmattbrewbaker からの基本的な生化学的な理解www.sdspage.net の大学学生にSDS-PAGE のプロセスの教授に向けた。
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SDS-PAGE のゲルの電気泳動のビデオ
Youtube のユーザーpr6655321 からのSDS-PAGE のゲルの電気泳動ナトリウムのdodecylsulphate のgelelectrophoresis
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除去ゲルSDS-PAGE のビデオをスタックする
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Protean 3 minigel をアセンブルする為のステップを示すビデオ。youtube のユーザーbe115 から。
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ローディングSDS-PAGE のゲル
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アセンブルのSDS-PAGE の電気泳動はビデオをめっきする
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