Bioinformatics のプロトコル、DNA のRNA 蛋白質Proteomics
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蛋白質及び抗体Microarray は欠ける
捕獲の分子及び限定
分析的な蛋白質のアレイの共通形式は抗体(か抗体の模倣者は高密度のスライドガラスで) その縛りの特定の抗原配列される抗体のmicroarrays である。lysate はアレイを渡され、バインドされた抗原は洗浄の後で検出される。これらの方法の最も大きい挑戦は高スループット方法の興味のそして十分な特定性の蛋白質を高く識別する試薬を作り出している。 抗体が複雑な混合物の蛋白質を検出する為の選択の従来の試薬であるが、polyclonal の血清は頻繁に特定でないし、作り出して高い。また、非常に特定のmonoclonal 抗体を作り出す慣習的なhybridoma 方法は時間のかかり、困難で、そして高価な(8) である。
抗体を使用して複数の調査は特定の抗体の取得の障害にもかかわらず最近行なわれてしまった。 今までの最も大きい調査の1 つでは、LoVo のコロンの癌腫のセルの蛋白質の量の交替を監視するためにSreekumar 等はガラスの146 の明瞭な抗体に斑点を付けた。結果は調整された蛋白質(58) と同様、多くの興味深い蛋白質のradiation-induced 規則を、p53 のDNA の分裂の要因40 及び45 の腫瘍の壊死の要因関係したligand を含んで、明らかにした。
今までに、ほとんどの抗体のmicroarrays は複数のダースつのまたは数百の商業的に使用できる多またはmono-clonal 抗体と作り出された。 数万の抗体が商業的に使用できるが、この番号はほとんどの蛋白質のための使用できる抗体がないので不十分である。 多くの抗体がglycosylated 、大きいprotein-based サ�&ート構造を含んでいるという事実は頻繁に1 つ以上のターゲット蛋白質と十字反応することを意味する。 これは多数の偽の陽性に(9) 貢献できる。 従って別の問題は高特定性のずっと抗体を得ている。
抗体のアレイを用いる最も大きい問題の1 つは特定性である。蛋白質は非常に大きいダイナミックレンジ(106) に頻繁にある; 従って、1 つの蛋白質のための高い親和性があるかもしれない試薬はまだはるかに流行する(9) なら別のもののための低い親和性表わすより低い親和性蛋白質の検出をであるが。1 グループは修正されたスライドガラスの高密度microarrays で–反応する115 のよ特徴付けられた抗体の抗原のペアの機能を調査した。ペアの30% は抗体の一部分が数量化解析(33) のために適していたことを示す期待された線形関係を示した。ずっとこの問題を避けるのに多くのグループはサンドイッチ試金を使用している。 サンドイッチ試金はアレイの最初の抗体に斑点を付け、蛋白質の別の部分を確認する第2 抗体を使用することを検出することによって行われる。このアプローチは劇的に最少の2 つの良質の抗体が検出されるべき各抗原のために(8) あることを抗原の検出の特定性を、必要とされて高めるが。
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