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生物情報学アプリケーションのための文法的抑制された隠された条件任意フィールド。
アルゴリズムMol Biol. 10月2009日22日; 4 (1): 13
著者: Fariselli P、Savojardo C、Martelli PL、Casadio R
概要: 背景: 区別的なモデルは自然に分類タスクをアドレス指定するように設計されている。 ただし、あるアプリケーションは文法規則の包含を必要とし、このような場合生成的なモデルは、隠されたMarkovモデル(HMMs)および確率的文法のような、定期的に加えられる。 結果: 私達は隠された条件任意フィールド(HCRFs)の拡張として文法的抑制された隠された条件任意フィールド(GRHCRFs)をもたらす。 HCRFsの区別的な文字を維持している間GRHCRFsは定義された文法の生産規則に一致して、ラベルを割り当てることができる。 主要なGRHCRFの新型は定義された文法によって問題のHCRFsの前の知識に含んでいる可能性である。 私達の現在の実施は規則的な文法規則を可能にする。 私達は典型的なbiosequence分類問題の私達のGRHCRFをテストする: Prokaryotic外膜蛋白質の位層幾何学の予言。 結論: 私達は典型的なbiosequence分類問題でGRHCRFがGRHCRFsがbiosequenceの分析アプリケーションのための役に立つツールである場合もあることを示す同じ複雑さのCRFモデルよりよく行うことを示す。 アベイラビリティ: GRHCRFのソフトウェアはウェブサイトhttp://www.biocomp.unibo.it/ savojard/biocrf-0.9.tar.gzでGPLv3ライセンスの下で使用できる。
PMID: -出版業者によって供給される… 19849839 [PubMed]
表現されたシーケンスの作動体の識別そして機能性格描写はポテトの包嚢の線虫のGloboderaのpallidaのさまざまなライフサイクルの段階から付く。
プラントMolのPathol。 11月2009日; 10 (6): 815-28
著者: ジョーンズJT、Kumar AのPylypenkoのLA、Thirugnanasambandam A、Castelli Lの行商人Sの雄ん鶏PJ、Grenier E、Lilley CJ、フィリップスMS、Blok VC
この記事では、私達はGloboderaのpallidaのさまざまなライフサイクルの段階から得られるcDNAライブラリからの9000枚の表現されたシーケンス札(ESTs)上のの分析を記述する。 私達は生物情報学の分析を使用してこのデータ・セットからの50 G.のpallidaの作動体にクローンを選別し、pharyngeal腺のセルの表現を確認するのにそのままの交配を使用することによって、寄生の手始めの後で調整される分泌された蛋白質を識別するために識別した。 実質的な物の遺伝子グループの符号化G.のpallida SPRYSEC蛋白質は識別された。 これらの遺伝子の表現は背面のpharyngeal腺のセルに制限される。 G.のpallidaからの蛋白質のSPRYSECの系列の異なったメンバーは核およびnucleolusに細胞質および他に集中させていくつかがプラントで異なった細胞レベル下のローカリゼーションパターンを、示す。 細胞レベル下のローカリゼーションの相違はより本当らしい各々の個々の蛋白質のための多様な機能役割か、線虫が目標とするプラント蛋白質の区分化の変化を反映するかもしれない。 従って私達のデータはホストターゲットの範囲との相互作用によってこれを達成すること前に提案されるようにというSPRYSEC蛋白質がホストの防衛を、そして抑制する提案に一貫している。
PMID: 19849787 [PubMed -プロセスの…]
細菌のavirulenceの遺伝子からhrpの伝達システムによる作動体機能への: 25年間のプラント生得の免除の私達の理解の進歩の概要。
プラントMolのPathol。 11月2009日; 10 (6): 721-34
著者: マンズフィールドJW
最初のavirulence (avr)の遺伝子をクローンとして作ることは微生物攻撃に対する基底の防衛の抑制にプラント病気の遺伝子のため遺伝子の相互作用の深い理解にだけ、また基本的な洞察力の原因となった。 この記事は(シュードモナスのsyringaeに焦点を合わせる)考えの開発およびStaskawiczおよび協力者が達成する進歩に続く25年にわたる研究の進歩を図表にする。 遺伝子クローニング技術の前進はavrおよびhrpの両方遺伝子の識別を、防御的な過敏症の反作用(HR)のアクティブ化に必要となる後者および病原支えた。 hrpの遺伝子クラスタによって符号化されたタイプIIIの分泌の機械装置を通したAvr蛋白質の配達はHRのelicitorsが確認されたと同時に、プラントセルの中の蛋白質の作業示され。 病原性のある適性に於いてのavrの遺伝子のための重要な役割は今確立されてしまった。 作動体、HRを抑制し、セルが防衛を壁基づかせていた蛋白質としてAvr蛋白質のrebrandingはターゲットの進行中の検索の、原因となり、プラント抵抗の調整に多様な微生物に対して新しい洞察力を生成している。 ゲノムの作動体の遺伝子の分布の生物情報学導かれた分析は攻撃および防衛の軍備競争が微生物病原の改革を運転するので、作動体およびまた機能領域の交換の驚くべき概観を提供した。 病害対策の作戦の開発のための私達の生じた知識のアプリケーションは考慮される。
PMID: 19849780 [PubMed -プロセスの…]
捺印された遺伝子の特別な強調のブタの胎児か胎盤がある開発の調査のための機能genomicアプローチ。
Soc Reprod Fertil Suppl。 2009年; 66: 245-64
著者: BischoffのSR、Tsai S、Hardison N、Motsinger-Reif AAのFrekingのBA、Piedrahita JA
この章はブタで捺印された遺伝子の調査に機能genomicアプローチのアプリケーションを記述する。 「機能ゲノミクス」の変えられた定義の間、一般に彼らはRNA (siRNA)およびウイルスおよび非ウイルスのtransfectionの沈黙のような遺伝子の修正の下流方法とのDNAのマイクロアレイのアプリケーションに、単一のヌクレオチドの多形(SNP)のアレイおよび他の高い適用範囲のgenomic分析および組合せ焦点を合わせる。 システム生物情報学はの最初のデータ収集および実際の遺伝の処理間で有意義な情報を得るためにデータの莫大な量が分析されるある。 この領域は簡単な影響を受けた遺伝子のリストの生成よりもむしろ影響を受けたパスおよびプロセスの検出の高められた重点の一定した変化にある。 私達はこれらのポイントのそれぞれで拡大し、私達がブタで捺印された遺伝子の調査のためにこれらの技術をどのように使用したか記述する。 最初に私達は情報の機能genomicアプローチそして彼らが生成する種類の議論に文脈を提供するために生物的質問をもたらす。
PMID: 19848292 [PubMed -プロセスの…]
