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遺伝子の規則
遺伝子の規則: 促進者およびトランスクリプション因子分析法のようなtranscriptional規則のためのbioinformaticツールにリンクを含んでいる。
リンクは下記によってソートする: 衝突 & アルファベット| 絶頂- http://acmes.rnet.missouri.edu/ 絶頂(シーケンスのための高度の満足な一致エンジン)は多重種を渡る短い繰り返しを(3つそして10の000のベース間で)捜すのに使用することができるサーバーである。 ユーザーはキーワード探索によって検索の結果を限定できる。 - [より多くの絶頂読まれて] |
| BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/~vega/BEARR1.0/ 抽出を区分すればシス形規定する領域(BEARR)の分析は入力およびリターンとして遺伝子識別名(RefSeqおよびUnigeneのIDのような)、一致パターンおよび(任意選択で)位置の重量のマトリックスのリストをbotsのパターンのためのマッチのリスト取る- [より多くのBEARR読まれる] |
| BioProspector - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/BioProspector/ Gibbsのサンプリング作戦を使用して規定するシーケンスモチーフのために同じ遺伝子発現クラスタの遺伝子の上流でスキャンするサーバー。 Markov背景モデルは非モチーフベースのために使用され、予測されたモチーフの位置の特定性を改善する。 - [より多くのBioProspector読まれて] |
| CARRIE - http://zlab.bu.edu/CARRIE-web マイクロアレイおよび促進者シーケンスデータを分析するサーバーは特定の刺激への応答と関連付けた。 分析の後で潜在的なtranscriptional規定するネットワークは作成される。 CARRIEはまた本当らしいinvolはどのトランスクリプション要因だったか定める- [より多くのCARRIE読まれて] |
| CONFAC - http://morenolab.whitehead.emory.edu/cgi-bin/confac/login.pl 節約されたトランスクリプション要因結合サイトのファインダー(CONFAC)は入力として人間の遺伝子名前および識別名のリストを取り、マウスorthologuesと節約されたトランスクリプション要因結合サイトを識別するためにそれらを比較する。 tからのより詳しい情報- [より多くのCONFAC読まれて] |
| Consite - http://www.phylofoot.org/consite/ 系統発生のfootprintingおよび実験確認された結合のプロフィールを使用してgenomicシーケンスのトランスクリプション要因結合サイトを検出しなさい。 - [より多くのConsite読まれて] |
| クリーム- http://creme.dcode.org/ クリーム(人間のゲノムのためのシス形規定するモジュールの探検家)は可能性としてはco表現されるか、またはco調整されるある特定の一組の遺伝子のためのシス形規定するモジュールを識別し、視覚化するためのツールである。 それは入力として受入番号のリストを、再取り[より多くのクリーム読まれて] |
| DEQOR - http://cluster-1.mpi-cbg.de/Deqor/deqor.html 用具を使いなさいRNAの干渉(RNAi)および遺伝子の沈黙のための小さい干渉のRNAs (siRNAs)のデザインそして品質管理を援助する。 それは高いsilがある遺伝子領域の識別と同様、潜在的なsiRNAシーケンスの抑制的な潜在的能力を評価する- [より多くのDEQOR読まれて] |
| Eponine - http://www.sanger.ac.uk/Users/td2/eponine/ Eponineはよい特定性および優秀な定位置正確さの哺乳類のgenomicシーケンスのトランスクリプション開始のサイト(TSS)を、検出するための確率的な方法である。 - [より多くのEponine読まれて] |
| FirstEF - http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/ 最初Exonのファインダー(FirstEF)は5 'ターミナルexonおよび促進者の予言プログラムである。 それは決定ツリーとして構成される異なった識別関数から成っている。 - [より多くのFirstEF読まれて] |
| JASPAR - http://jaspar.cgb.ki.se/cgi-bin/jaspar_db.pl JASPARはトランスクリプション要因結合のプロフィールの非冗長な、curatedコレクションである。 各プロフィールは出版された、実験的に定義されたeukaryoticトランスクリプション要因結合サイトから生成される。 - [より多くのJASPAR読まれて] |
| MatInspector - http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#matinspector TRANSFACのマトリックスを使用してあなた自身のシーケンスの潜在的なトランスクリプション要因結合サイトの検索; 非営利的な使用のために放しなさい。 - [より多くのMatInspector読まれて] |
| MDscan - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/MDscan/ サーバーは水平な基礎ペアで蛋白質DNA相互作用のサイトを正確に示すように設計した。 使用はこれらの相互作用のサイトを表すモチーフを捜すためにアップデートするデータ、ワード等置および位置特定の重量のマトリックスをチップ配列する。 - [より多くのMDscan読まれて] |
| MSCAN - http://mscan.cgb.ki.se/cgi-bin/MSCAN MSCANは入力がトランスクリプションの1つ以上のDNAシーケンスそして一組結合サイトのプロフィールを考慮すると同時に取る。 それはそれからシーケンスの結合サイトのクラスタを検出する。 - [より多くのMSCAN読まれて] |
| POBO - http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi:9801/pobo 検出のためのサーバー、トランスクリプションの比較および確認は促進者で結合サイトのモチーフを考慮する。 co調整された遺伝子の1-2のクラスタに適用されるPOBOのブートストラップの分析は表示の極度なレベルの下でモチーフを検出する。 - [より多くのPOBO読まれて] |
| PROSITE - http://us.expasy.org/prosite/ SwissProtのデータベースから定義される蛋白質のグループおよび領域のデータベース; またPhosphoBaseのような特定のモチーフのデータベースを点検することを考慮しなさい。 - [より多くのPROSITE読まれて] |
| PubGene - http://www.pubgene.com/public.htm 遺伝子発現の分析のためのツールが付いている人間の遺伝子の捜せる文献ネットワーク。 自由な公共事業から選択するか、または商業パッケージを購入しなさい。 - [より多くのPubGene読まれて] |
| Riboswitchのファインダー- http://riboswitch.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/server.html RNAのモチーフを識別するRNAのモチーフの検索プログラムは遺伝子発現を調整するmRNAの新陳代謝の結合の領域であるriboswitchesを呼出した。 プログラムはBACILLUS SUBTILISで見つけられた一組のriboswitchesのまわりで最初に設計されていた。 - [Riboswitchのより多くのファインダー読まれて] |
| RiceTFDB - http://ricetfdb.bio.uni-potsdam.de/ RiceTFDB (米のトランスクリプション要因データベース)は米のトランスクリプション要因のためのシーケンスそしてアラインメントのデータベースである。 - [より多くのRiceTFDB読まれて] |
| rVISTA - http://rvista.dcode.org/ TFBSの予言の結合によってトランスクリプション要因結合サイト(TFBS)を、シーケンス比較およびクラスタ分析検出するサーバー。 - [より多くのrVISTA読まれる] |
| Sfold - http://sfold.wadsworth.org 小さい干渉のRNAs (Sirna)、antisenseオリゴヌクレオチド(Soligo)、およびribozymes (Sribo)をTRANS裂くことの理性的なデザインのための3つのツールが付いているサーバー。 第4ツール、Srnaは、汎用折る機能を含む出力を戻す。 - [より多くのSfold読まれて] |
| siRNAdb - http://sirna.cgb.ki.se/ このリソースはsiRNA (小さい干渉のRNAs)にsiSearch、AOSearchをおよびsiRNAのデータベースを採鉱するためにプラットホームを提供する、および無指定のマッチを捜すことを含んでいるsiRNAdb。 - [より多くのsiRNAdb読まれて] |
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