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系統発生の復元のBioinformatics のツール及びソフトウェアオンラインで。
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CIPRes - http://www.phylo.org/ 系統発生の研究(CIPRes) のプロジェクトのためのCyberinfrastructure は系統学のための計算の下部組織を開発することを向ける。プロジェクトの他の目的は中央リソースを提供することを含んでいて計算の系統学および教育およびtraini 可能にする- [より多くの CIPRes 読まれる] |
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Codon の使用法のデータベース - http://www.kazusa.or.jp/codon/ GenBank でシーケンスがある有機体のためのcodon の使用法の発見のGC の内容そして頻度。- [より多くの Codon の 使用法のデータベース読まれる] |
| Joes のサイト- 系統発生プログラム - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html ジョーFelsenstein のPhylip の創作者がコンパイルする系統発生のパッケージの広範囲のリスト。- [Joes の より多くの サイト- 系統発生プログラム読まれる] |
| メガ - http://www.megasoftware.net/ メガ(分子発展の遺伝学の分析) グラフィカルユーザーインタフェースとの系統発生の分析のためのソフトウエアパッケージはである。それは一直線に並べられた入力シーケンスデータの見、編集することを割り当て、系統発生及び統計的なアナのための多くのツールを提供する- [読まれた メガ] |
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Mesquite - http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html Mesquite は有機体及び発展の分析についての比較データを取扱うように設計されているオープンソースソフトウエアプロジェクトである。Mesquite は系統発生の分析、人口遺伝学、および非系統発生の多変量解析のためのモジュールを含んでいる。- [より多くの Mesquite 読まれる] |
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NCBI の分類学のデータベース - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy GenBank のシーケンスのすべての有機体のTaxonomic 分類。- [より多くの NCBI の 分類学のデータベース読まれる] |
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NJplot - http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html NJplot はPHYLIP プログラムから出力される系統発生の木のような2 進樹を視覚化する為のツールである。Windows 、MacOS 、Linux およびソラリスを含む複数のプラットホームのためのAvailiable 。- [より多くの NJplot 読まれる] |
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Orthologue の調査業務 - http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2.e/ 蛋白質シーケンスをそれからorthologous シーケンスを検出するために行う自動化された系統発生の分析を発破を掛けなさい。- [より多くの Orthologue の 調査業務読まれる] |
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PHYLIP - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html 系統発生の分析のためのプログラムの総合セット; パソコン及びMac のために使用できる; UNIX で容易なコンパイルのために使用できる原始コード。- [より多くの PHYLIP 読まれる] |
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PhyloBLAST - http://www.pathogenomics.bc.ca/phyloBLAST/ 蛋白質シーケンスを発破を掛け、そして衝突またはアップロードされたシーケンスの自動化された系統発生の分析を行いなさい; PHYLIP 基づかせていた分析。- [より多くの PhyloBLAST 読まれる] |
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PHYML - http://atgc.lirmm.fr/phyml/ Phyml は最大尤度方法を使用してシーケンスアラインメントからの系統発生の木を組み立てるプログラムである。- [より多くの PHYML 読まれる] |
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Puzzleboot - http://hades.biochem.dal.ca/Rogerlab/Software/software.html#puzzleboot Puzzleboot はTREE-PUZZLE 及びPHYLIP を使用してブートストラップの分析を促進するUNIX のシェル・スクリプトである。それは1 つが多重データ・セットを分析するようにすることによってTREE-PUZZLE を高め蛋白質及びDNA の間隔の両方ブートストラップの分析に使用することができる。- [より多くの Puzzleboot 読まれる] |
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Ribosomal のデータベースのプロジェクト - http://rdp.cme.msu.edu/ 非常に系統発生に伴うことを用いる一直線に並べられ、注釈されたrRNA シーケンスのデータベースをcurated; ダウンロードのために使用できるデータ。- [より多くの Ribosomal の データベースのプロジェクト読まれる] |
| 生命- http://phylogeny.arizona.edu/ の木 地球の生命の全体の系統発生をオンラインで表すように試みるマルチ書かれたプロジェクト。- [生命 の より多くの木読まれる] |
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TREE-PUZZLE - http://www.tree-puzzle.de/ 木困惑は最大尤度方法を使用してシーケンスアラインメントからの系統発生の木を組み立てるプログラム帰宅している。- [より多くの TREE-PUZZLE 読まれる] |
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TreeJuxtaposer - http://olduvai.sourceforge.net/ TreeJuxtaposer はNewick のフォーマット(系統発生、taxonomies 、遺伝子の木、等) の2 本の木の視覚比較を可能にするフリーソフトのツールである。それは500,000 までのノードを持っている木を使うことができ、自動的に相違を計算し、そして示す。- [より多くの TreeJuxtaposer 読まれる] |
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TreeView - http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html 木の素晴らしい図形を生成する; 多重木ファイル形式を読む; Mac かパソコンにダウンロードのために使用できる。- [より多くの TreeView 読まれる] |
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UCMP の系統発生の翼 - http://www.ucmp.berkeley.edu/exhibit/phylogeny.html "時間による生命の系統発生多様性" は古生物学のウェブサイトの博物館カリフォルニア大学にオンライン展示物である。phylogenetics 及びcladistics へ導入があり、非常に報知的な系統発生の木r を通ってナビゲートできる- [より多くの UCMP の 系統発生の翼読まれる] |
| 理解の進化 - http://evolution.berkeley.edu/evosite/evohome.html teaching/understanding の進化のための素晴らしいサイト- [より多くの 理解の 進化読まれる] |
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Weighbor - http://www.t10.lanl.gov/billb/weighbor/index.html Weighbor は距離行列からの系統発生の木を構築する為のツールである。それはマトリックスのより長い間隔がより少ない重量を与えられる隣人結合方法の重くされたバージョンを用いる。- [より多くの Weighbor 読まれる] |
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