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遺伝子表現の分析- Bioinformatics

遺伝子表現は上位概念語蛋白質の表現に含んでいる複数の方法およびmRNA の表現によって定めることができる。

mRNA の表現の分析

mRNA のレベルのmRNA の表現の分析か表現はこれらが下記のものを含んでいる大規模なレベルの多重技術によって試金することができる:

• DNA のmicroarray 分析
• 米国東部標準時刻か表現されたDNA シーケンスは付く
• 賢人(遺伝子表現の連続分析)
• 大きく平行署名の配列(MPSS)
• 多重型にされたin-situ 交配

小規模でまたはの結果を確認するために1 つを次のmRNA の表現の技術を使用するできる大き位取りしなさい:

• RT-PCR
• 実時間PCR
• リボヌクレアーゼの保護試金(RPA)

但し、bioinformatic 分析は使用することができる。Bioinformatic の分析は生物的測定バイアスのバイパスするか、及び特定の技術の騒音を可能にし、大規模なまたは高スループット遺伝子表現の調査で騒音から遺伝子表現の重要な変更を分けるのに統計的なツールを使用する。

無秩序で関係する遺伝子を定めるためにそのような調査は用いることができる: 癌細胞の特定の人口で調整され、調整されるコピーを定めるために1 つは癌性上皮性セルからのnon-cancerous セルからのデータとmicroarray データを比較するかもしれない。

Affymetrix GeneChip の技術の分析

Affymetrix GeneChip の技術がmicroarray アプローチを使用してmRNA の表現パターンを分析するのに頻繁に使用されている。

GeneChip のプローブのアレイから生成される生データはAffymetrix を使用して分析することができる(MAS)4.0 及びMAS5.0 (Microarray の分析の組) ソフトウェア。

Microarray の分析の組のソフトウェアは交配の強度を使用して多くの測定がプローブのアレイからのスキャンナーによって測定した変化を計算できる。

あるAffymetrix の分析のアルゴリズム

生データの分析

全体のプローブのアレイからの強度は生データの分析で背景及び騒音の計算のために使用される。

コピーが現在(p) 、最底限の(m) 、または不在の(a) であるかどうか定めるために他の測定基準は各プローブセットのための制御不適当な組み合わせ(ミリメートル) のプローブのセルとシーケンス特定の完全なマッチ(PM) のプローブのセルの強度を比較する。次に、陽性の番号および否定的なプローブのペアはあらゆるプローブセットのために断固としたである。各プローブセット、肯定的な一部分およびPos/Neg の比率のパフォーマンスを記述する測定基準を得るのに陽性及び否定的なプローブセットの番号がそれから使用されている。生データの分析はまた不在及び存在呼出し、平均相違、および表現のレベルで起因する。

比較の分析

比較の分析は標準化およびスケーリング、フォールドの変更の計算および相関係数与える。

機能的関係

機能的関係は複数の方法のを含む使用によって試金することができる:

• 遺伝子はを含む表現の変更によってリストして折増加するか、または減る
• 系統発生の木
• 自己編成マップ
• 検索能力ネットワーク

蛋白質の表現の分析

この トピックのより多くの 情報については蛋白質の表現の分析を見なさい。

遺伝子表現のBioinformatics のフォーラム

Bioinformatics のフォーラムの遺伝子表現についての質問を論議し、 掲示しなさい。