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比較Genomics - Bioinformatics

比較Genomics の紹介

比較genomics は異なった種類のゲノムまたは緊張間の関係の調査である。比較genomics は機能を理解するために選択の署名によって提供される情報を利用するゲノムで機能する発展プロセスおよび試みである。それは若いフィールドのまだ間、現代種の進化の多くの面に洞察力をもたらす大きい約束を保持する。現代ゲノム(人間の場合には複数のギガバイト) に含まれている薄い情報量は比較genomics の方法が性質で大抵計算であること要する。遺伝子の見つけることはゲノムの非コーディングの機能要素新しいの発見があるように、比較genomics の重要なアプリケーションである。

選択がこれらの要素にどのように機能したか推論するのに比較genomics は異なった有機体の蛋白質、RNA 、および規定する領域の類似そして相違を両方開発する。異なる種類の間の類似に責任があるそれらの要素は時間(安定の選択) によって種間の相違に責任があるそれらの要素は広がるべきであるが節約されるべきである(肯定的な選択) 。最終的に、有機体の発展の成功に重要でないそれらの要素はunconserved ある(選択は中立である) 。

比較genomics によるeukaryotic ゲノムの進化のメカニズムを識別することはフィールドの重要な目的の1 つである。しかしそれは頻繁に各々の生きている有機体のゲノムで歪められ、重ねられたトレースただ去る個々の血統の歴史中起こったイベントの多様性によって複雑になる。この理由の小さいモデルの比較genomics の調査のために有機体(例えばイースト) は進化の汎用メカニズムの私達の理解を進める大きい重要性をもつ。

機能蛋白質を見つける最初の使用から遠く離れて来て、比較genomics は規定する領域およびsiRNA の分子を見つけることに今集中している。遠くに関連種の頻繁に分け前が長くあらゆる蛋白質のためにコードしないようなDNA の伸張を節約したことが最近、検出された。それはどんな機能をそのような超節約された領域が果たすかこの時に未知である。

ゲノムの比較への計算のアプローチは最近計算機科学の共通の研究のトピックになってしまった。コンピュータ援用数学の開発は(Mathematica のようなプロダクトを使用してかMatlab) エンジニアが、数学者およびコンピューター科学者およびケーススタディ及びデモンストレーションの公共のコレクションである全ゲノムの比較から遺伝子表現の分析まで及ぶ成長この領域で作動し始めるのを助けた。これはシステムから概念を含む異なった考えの導入を、および制御、情報理論、ストリング分析およびデータ鉱山高めた。両方のトピックで流暢な学生は過去数年間に作成される多重コースで形作られ始めるが計算のアプローチが研究及び教授のための標準トピックになり、残ることが予想される。

発展の節約された領域Bioinformatics

不足分のための発展の節約された領域また呼出されたECRs は(通常DNA) シーケンス他のゲノムの領域と一直線に並ぶためにマップされた、節約される。

ゲノムのアラインメント内のECRs は基礎ゲノムで注釈された知られていた遺伝子に関連してカラーコードECRs 描写するこの写実的なブラウザで示され。' ECR ' 機能急速にあらゆるECR に対応するシーケンスを根本的なシーケンスアラインメントを視覚化するためにおよび/または節約されたトランスクリプション要因結合サイトを識別するために得ることを許可するユーザーを、つかみなさい。

ECR のブラウザは vertebrates と非non-vertebrate のゲノム間の発展関係の視覚化そして調査のための新しくダイナミックな全ゲノムの運行ツールである。最近使用できる配列されたゲノムを含むためにECR のブラウザは絶えずアップデートされている(現在: 人間、犬、マウス、ラット、鶏、カエル2 のpufferfish (Fugu 及びTetraodon) 、zebrafish 、および6 つのfruitflies) 。Ovcharenko 、M.A. Nobrega 、G.G. Loots 、およびL. Stubbs ECR Browser: 多重vertebrate ゲノムの核酸の研究の比較、32 、W280-W286 (2004 年) からのデータを視覚化するおよびアクセスするツール

ECRbase は 発展の節約された領域(ECRs) 、ECR のブラウザのアラインメントを使用して作成されるVertebrate ゲノムの促進者、およびトランスクリプション要因結合サイトのデータベースである

Bioinformatics のフォーラム

Bioinformatics のフォーラムの蛋白質の表現についての質問を論議し、 掲示しなさい。