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多重プラットホームのMultimarker の分析そしてimputation はゲノムを... 関連付けた 記事を分かち合基づかせていた

多重プラットホームのMultimarker の分析そしてimputation はゲノム広い連合の調査を分かち合基づかせていた。

Bioinformatics 。10 7 月2008 日;

著者: ホーマーN 、Tembe WD 、Szelinger S 、Redman M 、Stephan DA 、Pearson JV 、ネルソンSF 、Craig D

概要: 多くののためにゲノム広い連合(GWA) は相当な費用でそれぞれ1,000,000 またはより多くのSNPs をgenotyping を提供する適用範囲の最底限の増加を調査する。得られる情報の多くは人間のゲノムで固有相関関係の構造のために冗長である。基づかせていたGWA の調査を分かち合うことはこの冗長性の利用によって騒音を減らし、観察の正確さを増進し、genomic 適用範囲を高めるのにかなり寄与できる。私達は同じフレームワークの下でr(2) がSNPs のペア間の連結不安定の測定を提供すること個々にgenotyping 、共同利用間の相関関係の測定を、もたらす。私達はそれから基づかせていたGWA の調査の共同利用の効力を高めるために人間のゲノムのSNPs 間の相関関係の構造にてこ入れする新しいnon-haplotype のmultimarker のマルチ位置方法を報告する。私達は最初に私達のmultimarker 方法の理論的なフレームワークそして派生を与える。次に、私達は単一のマーカーの分析と比較してこのmultimarker のアプローチを使用してシミュレーションを評価する。最終的に、私達は実験的にIllumina 450S のデュオ、Illumina 550K 、およびAffymetrix のHapMap の個人の異なったプールを使用して私達の方法を1,333,631 SNPs の結合された合計のための5.0 のプラットホーム評価する。私達の結果はmultimarker の分析の使用が基づかせていた調査の共同利用に騒音の細目を減らし、多重microarray プラットホームの有効な統合を可能にし、そして単一のマーカーの分析より重大さの正確な手段を提供することを示す。その上に、このアプローチは直接連結不安定の近隣のSNPs を使用して観察されないSNPs のための連合の重大さを帰するを可能にするために拡張することができる。このmultimarker 方法が今効率よく共同利用のために情報の損失のために重くされる1,000,000 SNPs 上の多重プラットホームとの分かち合基づかせていたGWA の調査を完了し、近隣のSNPs を帰するのに使用することができる。補充情報: 補足データはBioinformatics で使用できるオンラインで。

PMID: - 出版業者によって供給される…18617537 [ PubMed ]

CMT のセルライン安定性を二次元の�&リアクリルアミドゲルによって査定して... 関連付けた 記事を選びなさい

二次元の�&リアクリルアミドゲルの電気泳動および多く分光測定によるCMT のセルライン安定性を査定することはproteome の分析を基づかせていた。

J Proteomics 。21;71(2):160-167 7 月2008 日

著者: Zhang K 、Wrzesinski K 、Fey SJ 、Mose ラーセンP 、Zhang X 、Roepstorff P

二次元の�&リアクリルアミドゲルの電気泳動(第2 ページ) は蛋白質の点の蛋白質の多くの分光識別によってなったproteomics の中央ツールに続いた。CMT167(H) 、CMT64(M) 及びCMT170(L) 最高の自発マウス肺腺癌から、選ばれるセルライン- 、中間か低low-metastatic 潜在性は生体内で特徴付けられた。この調査では、セルライン安定性を査定するためにCMT のセルラインの広範囲蛋白質の表現のプロフィールは道5 、15 および35 で分析された。道5 から15 の間に、CMT のセルの表現のプロフィールはCMT167(H) 、CMT64(M) およびCMT170(L) にそれぞれ変更された0.7% 、3.9% そして1.1% 蛋白質ただによって立証されるように適度に安定している残った。但し、特異的に表現された蛋白質の番号はCMT64(M) 及びCMT170(L) の道35 でかなりCMT167(H) が安定している間、高められた。、CMT167(H) 、CMT64(M) およびCMT170(L) の22 私達の選択基準に基づいて、109 そして84 の点は氏によって蛋白質の識別に選ばれ、99 の一義的な蛋白質は識別された。Bioinformatics の分析はこれらの蛋白質のほとんどが細胞新陳代謝に加わることを示した。結論では、proteomics はセルライン安定性の相違を査定する為の有用なツールであると見つけられた。最もよいセルラインを選ぶためにこのアプローチはツールを提供し、癌の調査のための最適の二次�&養のピリオドは潜在的な抗癌性の薬剤の効果をテストする為の現象を関連付け。

PMID: - 出版業者によって供給される…18617143 [ PubMed ]

よりシステム長いゲノムの順序子のFLXtrade のマークは、より多くのアプリケーション、st... 関連付けた 記事を読む

よりシステム長いゲノムの順序子のFLXtrade のマークは、より多くのアプリケーション、簡単なbioinformatics およびより完全なデータセット読む。

J Biotechnol 。21 6 月2008 日;

著者: Droege M の丘B

配列する454 によって動力を与えられるゲノムの順序子FLX システム(GS FLX) は長くの一義的な組合せを特色にする技術を配列する次世代のDNA 読む、例外的な正確さおよび超高度スループットである。すべての現在利用できる次世代の配列の技術の最も多目的であることを証明し7 つのアプリケーションカテゴリ上の多くの高プロファイルの調査をサ�&ートする。GS FLX のユーザーは配列し、全ゲノムおよびターゲットDNA 領域の再配列し、metagenomics 、そしてRNA の分析de novo の革新的な研究を追求した。454 配列は最近現在NimbleGen シーケンスを使用して完全な人間のexome そして目標とされたgenomic 領域を再配列する個々の人間のゲノムを再配列する人間遺伝学の研究のための強力なツール、であるプロセスおよび癌にリンクされる検出された低周波の体性突然変異を捕獲しなさい。

PMID: - 出版業者によって供給される…18616967 [ PubMed ]

[ 櫛が付いているサ�&ートベクトル機械を使用して外の膜蛋白質の予言は... 記事を関連付けた

[ 結合された機能が付いているサ�&ートベクトル機械を使用して外の膜蛋白質の予言]

シェングウーのどらチェンXue バオ。2008 Apr;24(4):651-8

著者: Zou L 、Wang Z 、Wang Y

外の膜蛋白質(OMPs) はグラム陰性の細菌、mitochondria 、および葉緑体の外の膜で埋め込まれる。OMPs の細胞位置そして機能多様性はそれらに重要な蛋白質のクラスをする。bioinformatics 方法によってOMPs の予言でgenomic シーケンスからのOMPs を識別すると二次および第三構造の正常な予言有用な方法を持って来るできる研究する。このペーパーでは、3 つの機能クラスは蛋白質シーケンスから計算された: アミノ酸構成、ジペプチドの構成および重くされたアミノ酸指標相関係数。そして、3 つの機能クラスは結合され、サ�&ートベクトル機械(SVM) に入れられてプレディクタを他の折るタイプの蛋白質からのOMPs を識別するために基づかせていた。4 つのアミノ酸指標カテゴリを含む複数の結合された機能を使用してディスクリミネーションの結果は計算され、異なった順序および重量との異なった相関係数を使用してディスクリミネーションの正確さの影響は論議された。すべての異なったタイプの球状および膜蛋白質に属する1087 の蛋白質のデータ・セットからのOMPs を識別する為の十字認可されたテストそして独立したテストでは結合された機能を使用して方法は96.96% 及び97.33% の全面的な正確さをそれぞれ得る。そしてこれらの結果は文献の他の方法のそれに優っている。この方法を使用して、高い特定性は5 つの細菌のゲノムでOMPs を識別した結果から示され、99% にPDB のデータベースの知られていた三次元構造とのOMPs は正しく区別される。これらの結果は方法がゲノムのOMPs のディスクリミネーションのための強力なツールであることを示す。

PMID: 18616178 [ PubMed - プロセスの…]

[ 蛍光性量的なT によるシュードモナスのaernginosa の急速な検出は... 記事を関連付けた

[ ETA の遺伝子をtargetting 蛍光性の量的なTaqMan PCR の試金によるシュードモナスのaernginosa の急速な検出]

シェングウーのどらチェンXue バオ。2008 Apr;24(4):581-5

著者: Xiao X 、Zhang J のどらJ の鍋Y 、于Y 、Yang X 、ウーH

シュードモナスのaernginosa (PA) は臨床診断の最も普遍的な病原体の1 つ、及び慣習的な検出の試金持っている多くの不利な点をである。この研究では、蛍光プローブがbioinformatics の分析の方法、PA のための検出方法によってETA の遺伝子の保守的な領域で設計されていたTaqMan および特定のプライマーのペアは首尾よく発達した。開発された方法の特定性そして感度を確認するためにPA のDNA 及び様々な病原体のDNA の異なった勾配の集中は蛍光性量的なPCR (FQ-PCR) によって増幅された。結果は開発された検出の試金が慣習的なFQ-PCR 方法への比較するとより良識があり、細目である、研究及びアプリケーション見通しのために貴重であることを示し。

PMID: 18616166 [ PubMed - プロセスの…]