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遺伝子のOntologyは行く
改善された潜在的能力および特定性のhyperfunctionalのsiRNAsの選択。 関連の記事
改善された潜在的能力および特定性のhyperfunctionalのsiRNAsの選択。
核酸Res。 10月2009日21日;
著者: Wang X、Wang X、Varma RK、Beauchamp L、Magdaleno S、Sendera TJ
RNAの干渉(RNAi)の実験の1つのクリティカルステップは(siRNAs)を他の故意ではないターゲットのターゲットコピーの表現をことができる、ない非常に減らすである小さい干渉のRNAs設計すること。 さまざまで統計的な、計算のアプローチが試みられたが、これは挑戦表面仕上げのRNAiの研究者に残る。 ここでは、私達はsiRNAデザインのための新しい実験的に認可された方法を示す。 公共のsiRNAデータを分析し、hyperfunctionalのsiRNAsに焦点を合わせることによって、サポートベクトル機械とのsiRNAの設計アルゴリズムを構築するために私達は一組のシーケンス機能をように潜在的能力の選択基準識別した。 追加生物情報学フィルターはまたアルゴリズムに潜在的なシーケンス十字交配の減少によってまたは効果microRNAのようにRNAiの特定性を高めるために含まれていた。 示した独立した最近設計されていたsiRNAsはかなりパフォーマンスを改善した、行われ効果的に働いたことを確認の実験は低い集中で。 なお、私達の細胞に基づく調査はsiRNAsが30 nMと比較された3 nMの集中のセルに提供されたときにsiRNAターゲット効果がかなり減ったことを示した。 従って、非常に有効なsiRNAsをまた選ぶ私達の新しいデザインプログラムの機能はこれらのsiRNAsが大いにより低い集中で使用することができるのでRNAiの高められた特定性をする。 siRNAデザインWebサーバはhttp://www5.appliedbiosystems.com/tools/siDesign/で使用できる。
PMID: -出版業者によって供給される… 19846596 [PubMed]
SCIMMkitを使用して限定番号の変化の目標とされた質問。
生物情報学。 10月2009日21日;
著者: Zerr T、たる製造人GM、Eichler EE、ニッカーソンDA
概要: コピー番号変形(CNVs)はgenotyping CNVのための正確な、効果的な方法の人間のgenomic多様性および開発にである人間の遺伝子型表現型連合の探索の中心問題大幅に貢献する。 SCIMMkitはIllumina Infinium IIおよびGoldenGate SNPの試金を使用してCNVsの目標とされた質問に3つの前に認可されたアルゴリズムの強く、統合された実施を(SCIMMは、偵察者SCIMM検索する)提供する。 SCIMMkitは実験デザインの経済、効率および柔軟性を提供する標準化されたゲノム広いSNPのアレイおよびカスタマイズされた多重型にされたSNPのパネルに適当である。 アベイラビリティ: 原始コードおよびドキュメンテーションはhttp://droog.gs.washington.edu/scimmkitで非営利的な使用のために使用できる。 接触: troyz@u.washington.eduの補充情報: 補足データは生物情報学でオンラインで使用できる。
PMID: -出版業者によって供給される… 19846438 [PubMed]
免疫組織の反撃のための肝炎のウイルスNS5Aの自然な遺伝子工学。
アンN Y Acad Sci。 10月2009日; 1178年: 173-85
著者: El Hefnawi MM、El Behaidy WH、Youssif AA、Ghalwash AZのEl HousseinyのLA、Zada S
肝炎のウイルスnonstructural 5A (NS5A)蛋白質は多様な機能の親水性のリン蛋白質である。 NS5Aの領域のアサインメントはDOMACを使用してsilicoの生物情報学のアプローチの組織的を使用して精製された、蛋白質は3つの領域に分けられ、領域IIIはProDomおよびSSEPサーバーを使用して2つのsubdomainsに細分される。 領域のためのフォールドの構造はメタサーバー3D陪審を使用してIIおよびIII予測された。 スキャンのモチーフのデータベースは(スマートな、ブロックPROSITE)新しいモチーフを与えた。 interleukin 8の促進者の誘導のNS5A機能に関する2つの重要なモチーフ、interleukins 1および8の相互作用のモチーフは、ブロックスキャンから、検出された。 蛋白質蛋白質の相互作用のモチーフはds蛋白質のキナーゼR、ウイルスのポリメラーゼおよびSrcの相同を用いる結合領域に相当して熱いループおよび不調な領域として、モチーフを結合する3つの信号を送る蛋白質予測された。 他の熱いループはV3領域とsingle-stranded DNA結合蛋白質のモチーフで予測された。 NS5A蛋白質が免疫組織シグナリング機能障害の原因となる異なったメカニズムはこの蛋白質の自然な遺伝子工学を指す。
PMID: 19845637 [PubMed -プロセスの…]
人間ADFPの遺伝子は直接LXRターゲット遺伝子総合的なLXRのligandsによって特異的に調整されてであり。
Pharmacol Molの。 10月2009日20日;
著者: Kotokorpi P、Venteclef N、Ellis E、Gustafsson JAのモードA
肝臓の脂肪質の記憶に脂質のしぶきの表面に、相互的関係存在するadipocyteの微分関係した蛋白質(ADFP)の表現。 新陳代謝の無秩序の結果そして処置という点において、肝臓のsteatosisを含んで、人間ADFPの遺伝子の規則についての知識を得ることは命令的である。 核受容器のレバーX受容器(LXR)は肝臓の脂肪酸の生合成およびコレステロールホメオスタティスの主調整装置、および潜在的な薬剤ターゲットである。 ここでは、私達は2総合的なLXRのligandsが別様に人間ADFPの表現を調整することを報告する。 完全なagonist T0901317が一方部分的なLXRのagonist GW3965はかなり人間の一次hepatocytesのADFPの表現を誘導する。 生物情報学の分析は人間ADFPの遺伝子の複数の潜在的なLXREsの応答の要素(LXREs)を明らかにした。 chromatinのimmunoprecipitation (チップ)およびluciferaseレポーターの試金の使用によって、私達はGW3965の刺激にLXRが、3 (「) UTRおよび5ことをにあるLXREsに不良部分によって、直接人間ADFPのトランスクリプションを調整すること(」) -並ぶ領域を示す。 ligand刺激されたLXRの募集はRNAポリメラーゼIIの募集および識別されたLXREsが機能およびトランスクリプションを誘導できることを示す促進者領域へのcoactivators CBP/p300と関連付けられた。 さらに、私達の結果はDR4要素のhexamerの繰り返しのシーケンス識別が要素がLXRを結合するか、または結合しないかどうか定めて十分ではないことを示す。 部分的なagonist GW3965はとりわけADFPの遺伝子のトランスクリプションを調整し、実験研究で広く使われた2台の総合的なLXRのagonistsが特異的に遺伝子発現を調整できると私達のデータは証明する。 これはLXRの薬剤に目標とすることのための含意を有する。
PMID: -出版業者によって供給される… 19843633 [PubMed]
Pathema: 病原体の研究のためのclade特定の生物情報学のリソースの中心。
核酸Res。 10月2009日20日;
著者: Brinkac LM、Davidsen Tの小川E、Ganapathy A、Caler E、Dodson RJ、Durkinように、Harkins DM、Lorenzi H、Madupu R、セバスチャンY、Shrivastava S、Thiagarajan M、Orvis J、Sundaram JP、Crabtree J、Galens K、肇Y、Inman JM、モントゴメリーR、Schobel S、Galinsky K、Tanenbaum DM、Resnick A、Zafar N、白いO、Sutton G
Pathema (http://pathema.jcvi.org)は生物防衛および感染症リサーチのためのコアリソースとして役立つように設計されているアレルギーおよび感染症(NIAID)の各国用の協会が資金を供給する8つの生物情報学のリソースの中心(BRCs)の1つである。 Pathemaは基礎研究をサポートし、確立された一組の6匹のターゲットNIAIDカテゴリAC病原体を理解し、検出し、診断し、そして扱うための科学的な進歩を加速するように努力する: カテゴリA優先順位の病原体; バチルスanthracisおよびクロストリジウムボツリヌス菌の、およびカテゴリB優先順位の病原体; Burkholderiaのmallei、Burkholderiaのpseudomallei、クロストリジウムperfringensおよびEntamoebaのhistolytica。 各ターゲット病原体は各々の科学界の特定のデータおよび分析の必要性を目標とするために開発される4つの個別のclade特定のPathema網のリソースおよび根本的なデータベースの1つで表される。 比較分析に有機体の広範囲のコレクションを提供する系統発生に関連の有機体のすべての共用利用可能の完全なゲノムのプロジェクトはまた表される。 PathemaはWEBベースの分析ツールとの統合によって進行中の病原体の研究に関連した結果を得、表示し、計算するためにカスタマイズされるgenomicおよび関連データの科学的な調査を促進する。 Pathemaはデータを広めることによって生物防衛および感染症リサーチに役立ちプロジェクトを配列し、これらの有機体に内側genomicの比較の結果へのアクセスを提供する病原体のゲノムに起因する。
PMID: -出版業者によって供給される… 19843611 [PubMed]
2010年にユニバーサル蛋白質のリソース(UniProt)。
核酸Res。 10月2009日20日;
著者:
UniProtの主任務は十分に分類されて広範囲、豊富に安定したのの、維持によって生物的研究をサポートすること、であり、広範なクロスレファレンスおよび問い合わせることの正確に注釈された蛋白質シーケンス知識ベースは、科学界にとってのアクセス可能自由にインターフェイスさせる。 UniProtはヨーロッパの生物情報学の協会(EBI)、生物情報学(SIB)のスイスの協会および蛋白質の情報資源(PIR)からのグループから成っているUniProtの借款団によって作り出される。 UniProtは4つの主要コンポーネント、異なった使用のために最適化されるそれぞれで構成される: UniProtのアーカイブ、UniProtの知識ベース、UniProtの参照クラスタおよびUniProt Metagenomicおよび環境シーケンスデータベース。 UniProtは更新済、3週毎に配り、そしてhttp://www.uniprot.orgの検索かダウンロードのためにオンラインでアクセスすることができる。
PMID: -出版業者によって供給される… 19843607 [PubMed]
TriTrypDB: Trypanosomatidaeのための機能genomicリソース。
核酸Res。 10月2009日20日;
著者: Aslett M、Aurrecoechea C、Berriman M、Brestelli J、Brunk BP、Carrington M、Depledge DP、Fischer S、Gajria B、高X、Gardner MJ、Gingle A、グラントG、Harb OS、Heiges MのHertz野鳥捕獲者C、ヒューストンR、Innamorato F、Iodice J、キッシンジャーJC、Kraemer E、李W、ローガンFJ、ミラーJA、Mitra S、Myler PJ、Nayak V、Pennington C、ファンI、Pinney DF、Ramasamy G、ロジャースMB、Roos DS、ロスC、Sivam D、スミスDF、Srinivasamoorthy G、Stoeckert CJ、Subramanian S、Thibodeau R、 Tivey A、Treatman C、Velarde G、Wang H
TriTrypDB (http://tritrypdb.org)はアクセスをへの提供する統合データベースゲノム位取りするkinetoplastidの寄生虫のためのデータ・セットをであり、いろいろな複合体は研究開発によって運転される問い合わせをサポートする必要とする。 TriTrypDBはGeneDBからのそして他の所で統合するためにEukaryotic病原体の生物情報学のリソースの中心(EuPathDB.org)によって開発されるGUS/WDKの計算の下部組織を利用する共同のプロジェクトする全体的なリサーチのメンバーが使用できるようにいろいろ機能ゲノミクスのデータ・セットのゲノムの注釈そして分析を頻繁に前出版物である。 現在、TriTrypDBはLeishmaniaのbraziliensis、L.のinfantum、L.の専攻学生、L.のtarentolae、TrypanosomaのbruceiおよびT.のcruziからのデータ・セットを統合する。 ユーザーは他のkinetoplastidの有機体とのsyntenicアラインメントを含む彼らのgenomic文脈の個々の遺伝子か染色体のスパンを、検査するかもしれない。 TriTrypDB内のデータは質問することができユーザーが多重データタイプを結合する複雑な問い合わせを組み立てることを可能にする洗練された探索戦略システムを利用する。 すべての探索戦略は保存され、未来のアクセスおよび統合された検索を許可する。 「ユーザー注釈」は使用できる注釈を高めるあらゆる遺伝子のページに追加されるかもしれない; そのような注釈は適切なときテキストの検索によってすぐに捜せるようになり、結合のための管理人に参照の注釈に転送される。
PMID: -出版業者によって供給される… 19843604 [PubMed]
Arabidopsisのテール固定された蛋白質の細胞レベル下の分布。
トラフィック。 9月2009日17日;
著者: Kriechbaumer V、ショウR、Mukherjee J、Bowsher CG、ハリスンAM、Abell BM
概要は(TA)蛋白質を作用する、テール固定したトランスクリプションの小胞の売買、蛋白質の転置および規則のようなeukaryoticセルの主細胞プロセスで。 それらはa.c. -また目標とするシーケンスとして役立つターミナルtransmembraneの領域によって内部セル膜に固定する。 目標とすることはポスト翻訳TA蛋白質にポスト翻訳に蛋白質の目標とすることを調査するためのモデルシステムをする、前駆物質に特定であるパスによって、発生する。 生物情報学のアプローチが前にイーストおよび人間の潜在的なTA蛋白質を識別するのに使用されてしまったけれども少しはプラントのTA蛋白質について確認される。 プラントTA蛋白質の識別は、汎用proteomeの性格描写に加えて拡張すること、ポスト翻訳のモデルシステムをplastidsにおよび他の有機体で特徴付けられる機能相同物の識別のために重要である。 私達は可能性としてはArabidopsisのTA蛋白質を符号化する、新しいローカリゼーションを用いる結合された出版されたデータはplastidsと関連付けられる29を含む130の蛋白質にローカリゼーションを、割り当てるために実験する454の位置を識別し。 特徴付けられた蛋白質のテールアンカーシーケンスの分析によって、私達はローカリゼーションを予測するためのツールを発達させ、138のTA蛋白質がplastidsに集中することを推定する。
PMID: -出版業者によって供給される… 19843281 [PubMed]
