このAgaroseのゲルの電気泳動のサイトはagaroseのゲルの電気泳動の技術および分析と関連しているすべての事のためのポータルである。 私達は連続したagaroseのゲルにすべての基礎的な情報、プロトコル、分析のステップ、視覚化およびトラブルシューティングに関する情報をDNA、RNAまたは蛋白質がagaroseのゲルの電気泳動の最終的な専門家に似合うことができるように与える!
Agaroseのゲルの電気泳動はDNAを分けるのに生物化学および分子生物学で使用される方法であるまたはしかしサイズ蛋白質によるRNAの分子はまたagaroseのゲルで分けることができる。 分子の分離は電界のagaroseのマトリックスを通した負荷電の核酸の分子の移動によって達成される(電気泳動を見なさい)。 短い分子は速く移動し、物をよりより長く更に移行する。
Agaroseのゲルの電気泳動はDNAおよびRNAの分子の分析か分離で主に分離がまた制限の酵素の消化力の後でDNAsの特定のサイズの浄化を可能にするどんなに、(蛋白質がまたagaroseのゲルで分けることができるが)使用される。 これは通常agaroseのゲルの電気泳動が切られていない物から切口のベクトルを分ける切口のプラスミッドを得るクローンとして作ることで使用される。
従ってagaroseのゲルは割り当てる:
利点は、変化させないサンプルをゲルが容易に注がれることである。 サンプルはまた回復できる。
不利な点はバッファ排出されるようになることができるゲルが電気泳動の間に溶けることができることであり遺伝物質の異なった形式は予測不可能な形式で動作するかもしれない。
重要な要因はDNAの分子の長さ、より小さい分子ずっと移動するである。 しかしDNAの分子の構造はまた要因である。 この問題の線形分子を避けるためには通常分けられたり、通常制限のダイジェストからのDNAのフラグメント、線形DNA PCRの製品、またはRNAs。
ゲルのagaroseの集中を高めることは移行の速度を減らし、より小さいDNAの分子の分離を可能にする。 より高い電圧、より速くDNAは移行する。 しかし電圧はゲルを熱し、最終的に溶けさせるという事実によって限定される。 高い電圧はまた解像度を減らす(約5から8 V/cmの上で)。[必要とされる参照]
制限の酵素と切られなかったDNAのプラスミッドの構造は異なった速度と移動する(最も速くに最も遅い): 刻みを付けられるまたは円の、一直線に並べられたか、またはsupercoiledプラスミッドを開きなさい。
Agaroseのゲルは50の基礎ペアから複数のmegabases (何百万のベース)まで及ぶDNAのフラグメントの分離に電気泳動によって使用することができる。 しかし一般には、agaroseのゲルの電気泳動がPCRおよびクローニングから約分けるのに15kbに100bpの範囲でDNAを使用されている。 実行時間は約30分- 1時間長さである。
大いにより大きい核酸から50bpフラグメントを分けるために2-3%のagaroseのゲルが十分かもしれないどんなに、小さいDNAs (100bpより小さい)ポリアクリルアミドゲルでよりよく分かれている。
最近しかし1つまでの基礎ペアのサイズの相違が1つのmMののような極端に低い伝導性媒体の3%のagaroseのゲルで解決するリチウムホウ酸塩(Brodyジュニア、Calhoun ES、Gallmeier E、Creavalle TD、カーンSE (2004年)ことができることが、示されていた。 低いmolarity伝導性媒体を使用してDNAそしてRNAの超高速の高解像のagaroseの電気泳動。 Biotechniques。 37:598 - 602。)。
低いパーセントのagaroseのゲルは大きいDNAの分子の分離のために最もよいことを見ることができるように、高い一方パーセントのゲルはより小さいDNAsのために最もよい。
前述のように、agaroseのゲルの電気泳動はクローニングのためのDNAの分離そしてこうして浄化を可能にする。 ただし、これは通常DNAがゲルから得られるべきなら高い純度の低い溶解のagaroseを必要とする。
DNAのサイズによってelectrophoresed、アプリケーションはagaroseの電気泳動に、異なったバッファ使用することができる。 TAEバッファ(かTrisのアセテートのEDTA)共通の使用されたagaroseのゲルの電気泳動バッファである。 TAEがより大きいDNAのための最もよい解像度を提供するどんなに、TAEにバッファの最も低いバッファキャパシティがある。 ただし、TAEは低電圧およびより多くの時間を必要とする。
ただしTBEバッファは(TrisかBorate/EDTA)より小さいDNAのフラグメント(ie 500bpよりより少し)のために頻繁に使用される。
解決のフラグメントの大きいより5 kbのために非効果的であるどんなに、ホウ酸ナトリウムかSBバッファは新しいバッファである。 ただしSBに低い伝導性で利点があり、より高い電圧(35までV/cm)を許可する。 これは定期的な電気泳動のためのより短い分析時間を認めることができる。
RNAのAgaroseのゲルの電気泳動
RNAの電気泳動
RNAの視覚化
DNAによっては電気泳動がゼリー状になる
Ethidium臭化物
TBEバッファ
ゲルの抽出
ゲルの抽出のプロトコル
DNAのAgaroseのゲルの抽出の浄化
北のしみ
南しみ
RNAの隔離
修理はDNAバンドAgaroseのゲルの気絶しない
塗りつけられたDNAはAgaroseのゲルにバンドを付ける
Agaroseのゲルのローディングのサンプル
ゲルの電気泳動Sideview
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