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I gel del RNA sono stati usati affinchè le decadi separino fuori e per valutare qualitativamente la qualità di RNA isolata dai campioni. Se non siete sicuro che RNA è verifica:
L'AUDIO
ascolta una spiegazione dettagliata del RNA! e vedi il nostro articolo dell'enciclopedia del RNA.
Dopo isolamento dei campioni del RNA, la qualità del preparato di isolato il RNA è valutata solitamente tramite l'elettroforesi su un gel denaturante dell'agarosi. Anche se i risultati sono pricipalmente qualitativi, potete ottenere alcune informazioni sul rendimento del RNA pure.
Denaturando i gel sono usati perché il RNA tende a piegare su se ed a formare la vasta e struttura secondaria stabile via l'accoppiamento basso intramolecolare. Questa struttura secondaria di RNA lo impedice la migrazione pricipalmente secondo il relativo formato.
Assicuri che comprendiate un controllo positivo del RNA sul gel, nel caso in cui otteniate i risultati insoliti potete allora determinare se il problema era con il gel o era un problema con il RNA che state analizzando. Potete anche usare gli indicatori del peso molecolare del RNA, un campione del RNA conosciuto per essere intatto, o entrambi, possono essere usati a questo fine.
I gel del RNA sono visualizzati con il bromuro di etidio che macchia mentre il bromuro di etidio intercala fra la struttura secondaria delle molecole del RNA e che permette che il RNA sia veduto nell'ambito di luce UV.
Il RNA è separato fuori tramite l'elettroforesi del gel (solitamente elettroforesi del gel dell'agarosi). Dopo l'esecuzione del gel del RNA potete condurre una macchia nordica con il trasferimento successivo nella membrana, nell'ibridazione con la sonda ed infine nella rilevazione. O semplicemente (e molto più rapido), macchia per RNA usando il bromuro di etidio o SYBR (o simile tintura - migliore come esso è non tossico e più sicuro).
Poichè le macchie nordiche sono molto più noiose da completare che i gel del RNA e la PCR in tempo reale, non sono usate tanto quanto i gel del RNA.
L'elettroforesi del gel del RNA e le relative variazioni sono utilizzate nella ricerca di biologia molecolare:
Gli svantaggi di usando l'elettroforesi del gel del RNA include:
I vantaggi dei gel del RNA includono:
Per verificare l'integrità del vostro RNA dovreste fare “un'analisi della macchia nordica„. Per compire questo dovete eseguire un gel denaturante.
Per i Mini-gel ai Midi-gel di uso del RNA: Faccia 50 mL-100mL
Per i Mega-gel faccia 400 ml.
Per il gel 100mL (funzionato il più comunemente) dovete aggiungere 1g dell'agarosi per fare la soluzione dell'agarosi di 1%.
| Per per preparare: | 500mls | 750 mls | 1.5 litri |
buffer di 1X E (50X) - sotto |
10 ml | 15 ml | 30 ml |
| formaldeide di 0.66M (1/19 del volume) | 26.3 ml | 39.5 ml | 79 ml |
Aggiunga quanto segue:
Aggiunga:
Esegua sempre un gel dell'agarosi del vostro RNA per valutare la qualità. Non solo contano soltanto i risultati UV di spettrofotometria.
* Usi l'acqua trattata DEPC e la cristalleria cotta per tutti i punti. I buffer devono essere RNAsi liberamente o usare l'acqua purificata Milipore se siete in uno sbalzo. La RNAsi è dappertutto! Porti i guanti, la cristalleria cotta di uso soltanto, o la plastica vergine. Ossequio di DePC la vostra acqua, buffer (tranne Tris). Stia molto attento.
Se corrente avete un metodo preferito per l'esecuzione del RNA, continui ad usarlo.
Discuta e problemi o domande dell'alberino circa i gel del RNA nella tribuna di protocolli del RNA.
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