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Una molecola con una carica netta si muoverà in un campo elettrico. Questo fenomeno, chiamato l'elettroforesi offre i mezzi potenti di separazione le proteine e delle altre macromolecole quali DNA e RNA. La velocità di espansione di una proteina (o di qualsiasi molecola) in un campo elettrico dipende dalla resistenza del campo elettrico, dalla carica netta sulla proteina e dal coefficente frizionale.
La forza elettrica che guida la molecola caricata verso l'elettrodo in modo opposto caricato è opposta dalla resistenza viziosa in seguito all'attrito fra la molecola commovente ed il media. Il coefficente frizionale dipende sia dalla massa che dalla figura della molecola di migrazione e dalla viscosità del media.
La separazione di elettroforesi è effettuata quasi sempre in gel (o nei supporti solidi quale carta) piuttosto che nella soluzione libera per due motivi. I primi gel sopprimono le correnti connettive prodotte dalle piccole pendenze di temperatura, un requisito della separazione efficace. I secondi gel servono da setacci molecolari che aumentano la separazione. Molecole che sono piccolo rispetto prontamente ai pori nel movimento del gel attraverso il gel, mentre le molecole molto più grandi dei pori sono quasi immobili. le molecole di Intermedio-formato si muovono attraverso il gel con i vari gradi della funzione. I gel di poliacrilammide sono media di sostegno di scelta per il elelectrophoresis perché sono chimicamente inerti e prontamente sono costituiti dalla polimerizzazione dell'acrilamide. Inoltre, i loro formati del poro possono essere gestiti scegliendo le varie concentrazioni dell'acrilamide e del methylenebisacrylamide (un reagente di cross-linking) ai tempi di polimerizzazione.
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