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Il modo fare la ricerca deve attacare i fatti sul punto di astonishment più grande. verde di ~Celia, il declino e caduta della Science, 1972
Il contenuto proteico di una cellula è valutato
per consistere delle migliaia dei tipi differenti di proteine
con una gamma dinamica di espressione. La
tecnologia che attualmente sta usanda coinvolge il ricupero delle
componenti proteiche, frazionamento di questa miscela molto
complessa,
proteolisi enzimatica di ogni specie separata ed
isolata, vasta analisi spettrometria totale ed infine abbinare i dati
strutturali generati contro una base di dati delle proteine conosciute
o dei prodotti anticipati di espressione del genome.
Questa procedura coinvolge un passo iniziale usando 1 o
l'elettroforesi 2-dimensional (DE). Usando 1-DE, le proteine
sono separate in base a massa molecolare; la tecnica è
riproducibile e può essere usata per le proteine nella gamma totale
di kDa–10 300, ma ha limitato la risoluzione.
Per la separazione delle miscele più complesse della proteina,
2-DE è il metodo preferito. Ciò coinvolge separare le proteine
first secondo la loro carica netta da un punto di messa a fuoco
isoelettrica ed allora, nella seconda dimensione, secondo la loro
massa molecolare che impiega l'elettroforesi dodecilica del gel del
solfato-poliacrilammide del sodio (SDS-PAGE) che dà un'alta
separazione efficiency.
La spettrometria totale (MS) è il metodo della scelta per il
identification
delle proteine separate e della spettrometria totale e
di 2-DE
ora rappresenti una tecnologia da cui parecchio mille
proteine possono essere separate, rilevato ed identified ad un
modo automatizzato.
La metodologia di Proteomics inizialmente è fatta dalla
separazione e dalla posizione della proteina da 2-DE seguito
dall'asportazione delle proteine di interesse che allora subiscono la
digestione proteolitica per rendere una miscela dei frammenti del
peptide. I peptidi sono analizzati tramite spettrometria totale,
inizialmente usando MALDI-MS per la determinazione e la generazione
totali molecolari di una massa fingerprint del peptide. Se
la base di dati che cerca in questa fase dà i risultati ambigui,
un'analisi spettrometria della seconda massa, ESI-MS/MS, è usata per
generare le informazioni di sequenza che sono usate per la ricerca
più rigorosa della base di dati.
Dallo spettro della massa ottenuto su analisi della miscela
della raccolta della proteina, il programma della massa del peptide o
il peptide fingerprint totale cioè le masse molecolari dei
frammenti del peptide, può essere accertato di. Spesso, se la
sequenza dell'amminoacido è sufficiently unico e la massa
l'esattezza sufficiently alta, il programma totale
può essere usata per cercare le basi di dati 12–15 per
identificare con successo la proteina senza l'esigenza di ulteriori
analisi. Se, tuttavia, la ricerca della base di dati conduce ai
risultati ambigui, quindi ulteriori analisi della MS, coinvolgenti
l'uso di spettrometria totale in tandem (MS/MS), sono decise in
sequenza su ogni peptide nella miscela per generare una sequenza, o
sulla sequenza parziale, conosciuta come una modifica di sequenza, per
questi peptidi. Ciò è realizzata frequentemente tramite l'uso
di ESI-MS/MS19 e un'operazione supplementare di purification
deve essere effettuata solitamente per separare i peptidi dai sali e
dai detersivi che possono essere presente che causano l'attenuazione
del segnale del peptide.
Ulteriore base di dati che cerca con entrambi la massa
molecolare del peptide
e le informazioni della modifica di sequenza dovrebbero
condurre a proteina inequivocabile identification.
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