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Motivo della proteina e previsione di settore della proteina

Inoltre si veda la nostra base di dati di collegamento degli strumenti di Bioinformatic di motivo della proteina

I motivi ed i settori della proteina sono interazioni importanti poichè forniscono gli indizii quanto alle funzioni posible della proteina e possibili della proteina. Se la proteina per esempio ha un settore per il grippaggio del DNA, predireste quello che la proteina può comportarsi legandosi alle sequenze del DNA.

Una nota sul motivo della proteina e sulla base di dati di settore della proteina cerca: La maggior parte delle proteine sono modulari con parecchi settori.  Se la vostra proteina o proteni sconosciuto è più simile ad una chinasi di proteina, questa necessariamente non significa che è una chinasi - è possibile le due proteine ripartisce parecchi altri settori (IE parecchi settori SH3).

Si veda la nostra base di dati di collegamento degli strumenti di Bioinformatic di motivo della proteina

Basi di dati Di Motivo Della Proteina:

CDD La Base di dati Conservata Di Settore. Le proteine contengono spesso parecchi moduli o settori, ciascuno con un'origine evolutiva distinta e funzione. La base di dati di settore conservata NCBI's è una collezione di allineamenti multipli di sequenza per i settori antichi e le proteine integrali. Il servizio di CD-Search può essere usato per identificare i settori conservati presenti in una sequenza di domanda della proteina.

Ricerca di ricerca di parola chiave di CDD la base di dati conservata di settore di Keyword a Entrez Pubmed.

CDART: Strumento Conservato Di Ricupero Di Architettura Di Settore

InterPro InterPro è una base di dati delle famiglie della proteina, settori ed i luoghi funzionali in cui le caratteristiche identificabili hanno trovato in proteine conosciute possono essere applicati alle sequenze sconosciute della proteina.

PROSite PROSITE è una base di dati delle famiglie e dei settori della proteina. Consiste dei luoghi, dei modelli e dei profili biologicamente significativi che contribuiscono ad identificare attendibilmente a quale famiglia conosciuta della proteina (se c'è ne) una nuova sequenza appartiene.

Pfam Pfam è un'ampia raccolta degli allineamenti multipli di sequenza e dei modelli nascosti di Markov che riguardano molti settori comuni della proteina. La versione 7.7b (ottobre del 2002) di Pfam contiene gli allineamenti ed i modelli per 4832 famiglie della proteina, basati sugli Swissprot 40 e SP-TrEMBL

Base di dati Di Settore Della Proteina Di ProDom

PairsDB la procedura automatica di decomposizione di settore (ADDA) è usato per generare una base di dati delle famiglie di settore della proteina con riempimento completo di tutte le sequenze della proteina. Le sequenze sono divise in settori ed i settori sono raggruppati nelle famiglie di settore della proteina in un processo completamente automatizzato. La base di dati corrente contiene i settori per più di 1.5 milione sequenze in più di 40 000 famiglie di settore. In particolare, ci sono 3828 famiglie di settore del romanzo che non coincidono con curated le basi di dati Pfam, SCOP ed InterPro di settore. Dati isfreely disponibili per il trasferimento dal sistema centrale verso i satelliti e l'interrogazione via un'interfaccia di Web. Veda inoltre:
Ricerca Delle Famiglie Di Settore Di PairsDB
Le Famiglie Di Settore Di PairsDB Passano in rassegna

LE STAMPE delle STAMPE è un compendio di impronte digitali della proteina. Un'impronta digitale è un gruppo dei motivi conservati usati per caratterizzare una famiglia della proteina; la relativa potenza diagnostica è raffinata tramite l'esame iterativo di un composto di SWISS-PROT/TrEMBL. I motivi non coincidono solitamente, ma sono separati lungo una sequenza, benchè possano essere attigui in 3D-space. Le impronte digitali possono mettere i popolare e le funzionalità in codice della proteina più flessibilmente e potente che può scegliere i motivi, potenza diagnostica completa che deriva dal contesto reciproco fornito dai vicini di motivo.

I colpi di esplorazione di motivo di COLPI è una base di dati libera dedicata ai settori della proteina. È egualmente una collezione di strumenti per l'indagine sui rapporti fra le sequenze della proteina ed i motivi descritti su loro. Questi motivi sono definiti da una collezione eterogenea di preannunciatori, che attualmente include le espressioni normali, i profili generalizzati ed i modelli nascosti di Markov

Strumento Modulare Semplice ASTUTO Di Ricerca Di Architettura.  Obiettivo: per permettere identificazione ed annotazione automatiche dei settori nelle sequenze user-supplied della proteina.

PROClass la base di dati di ProClass è una base di dati non-ridondante della proteina organizzata secondo i rapporti della famiglia come definito collettivamente dai modelli del ProSite e dai superfamilies di PIR. La base di dati di ProClass può facilitare il reperimento delle informazioni della famiglia della proteina, rivelare i rapporti della famiglia e di settore e classificare multi-domained le proteine, dalla combinazione globale e dalle somiglianze di motivo in un singolo schema di organizzazione della famiglia.

Server molecolare di biologia di indice reperibile dello SVIZZERO PROT di ExPASY dell'università di Ginevra: contiene l'indice reperibile di SWISS-PROT.

ExPASY PROSITE PROSITE è una base di dati delle famiglie e dei settori della proteina. Consiste dei luoghi, dei modelli e dei profili biologicamente significativi che contribuiscono ad identificare attendibilmente a quale famiglia conosciuta della proteina (se c'è ne) una nuova sequenza appartiene.

Base di dati della famiglia della proteina di SYSTERS di Motifs

La base di dati di TIGRFAM è famiglie della proteina basate sui modelli nascosti o su HMMs di Markov.

la ricerca del eMotif i eMOTIFS è derivata dagli allineamenti multipli di sequenza nella base di dati di BLOCKS+.

MOTIVO: Può cercare le basi di dati multiple compreso: Modello di PROSITE, profilo di PROSITE, BLOCCHI, ProDom, STAMPE, Pfam, Pfam_fs per i frammenti e una libreria prestabilita dall'utente di profilo.

Ricerca di HMM - ricerca di motivo di una sequenza della proteina usando la base di dati di Pfam-A dei settori della proteina - centro di Sanger (Regno Unito).

Ricerca di HMM - ricerca di motivo di una sequenza della proteina usando la base di dati di Pfam-A dei settori della proteina - WUSTL (Stati Uniti).

ALBERO - strumento di allineamento e di ricerca di motivo - installazione di Pasteur (Francia).

MEME - EM multiplo per il motivo Elicitation - l'istituto di Pasteur (Francia).

Il MOTIVO - Servizio Di Ricerca Del Modello - Lo Iowa Dichiara La U (Stati Uniti).

PatternFind - ordini la ricerca in serie del modello di ricerca del modello di parecchie basi di dati compreso: Gli Svizzeri-Prot, TrEMBL, Svizzero-Prot impiombano le varianti, trEST, trGEN,
trome, peptidi correnti per tutte le specie, proteomes completi microbici, versione di RefSeq, aggiornamenti settimanali di RefSeq, PATTINPROT di ENSEMBL - interroghi la ricerca del modello di sequenza - Palo Bio--Informatique Lyonnaise (Francia), Pratt2.1 - modelli lo strumento di scoperta, Pratt - U Helsinki (Finlandia), installazione di Pasteur - di Pratt (Francia), Pratt - installazione Informatik-U Bergensis (Norvegia), Pratt - EBI (Regno Unito).

PROSITE - ricerche di motivi di profilo della base di dati di ProSite.

Ricerca di PROSITE - Genestream - IGH Montpellier (Francia).

ScanProsite - esplori una sequenza della proteina contro il DB di PROSITE - ExPASy (Svizzera).

Basi di dati Di Motivo Della Proteina vegetale:

PlantP 

PHYTOPROT la procedura generale dietro PHYTOPROT è costituito nel realizzare "un tutto-da-tutto" confronto delle sequenze (presunte) della proteina con il software di BIOFACET, costruente le serie di ingranaggi delle sequenze (Mohseni-Zadeh ed altri, Recomb 2003) basate sulla loro somiglianza ed infine visualizzando la La Prodom di à i settori si sono ripartiti dalle sequenze in ogni serie di ingranaggi

Integr8 Arabidopsis Thalania fornisce le informazioni su proteina usando la ricerca di parola chiave. Contiene le informazioni di settore all'interno della ricerca.

Famiglie Della Proteina Di Pfam Arabidopsis

Basi di dati Di Motivo Della Proteina Del Parassita:

Base di dati Di Motivo Del Parassita Di Ricerca Di Motivo Del Parassita. Basi di dati di: Tutto il Leishmania, Leishmania Friedlin principale, brucei di Trypanosoma, cruzi di Trypanosoma, tutto il Crithidia, tutti i kinetoplastids, falciparum del plasmodium, tutto il plasmodium, gondii del toxoplasma, tutto il Apicomplexa, tutto lo Schistosoma, tutto il Filarioidea.

Altre Basi di dati Di Motivo Della Proteina Di Specie:

L'altra specie a Integr8

Pfam l'altra specie