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Molecole di bloccaggio di Microarray della proteina e le loro limitazioni

Circuiti integrati di Microarray dell'anticorpo e della proteina

Molecole di bloccaggio e le loro limitazioni - circuiti integrati della proteina

Molecole di bloccaggio e le loro limitazioni
            La forma più comune degli allineamenti analitici della proteina è microarrays dell'anticorpo in cui gli anticorpi (o mimi dell'anticorpo) antigeni specifici di quella legatura sono allineati su una lastra di vetro ad alta densità. Un lysate è passato sopra l'allineamento e l'antigene rilegato è rilevato dopo il lavaggio. La sfida più grande con questi metodi sta producendo i reagenti che identificano la proteina di interesse e con su abbastanza specificità ad un modo di alto-rendimento.  Anche se gli anticorpi sono il reagente tradizionale della scelta per la rilevazione delle proteine in miscele complesse, i sieri di polyclonal non sono spesso specifici e sono costosi produrre. Inoltre, il metodo convenzionale di hybridoma di produrre gli anticorpi monoclonal altamente specifici è (8) che richiede tempo, laborioso e costoso.
           
Parecchi studi che usando gli anticorpi recentemente sono stati intrapresi malgrado gli ostacoli nell'ottenere gli anticorpi specifici.  In uno di più grandi studi fin qui, Sreekumar ed altri hanno macchiato 146 anticorpi distinti su vetro per controllare le alternazioni della quantità della proteina in cellule di carcinoma dei due punti di LoVo. I loro risultati hanno rivelato la in su-regolazione indotta da radiazioni di molte proteine interessanti, compreso p53, i fattori 40 e 45, ligand fattore-relativo di frammentazione del DNA di necrosi del tumore, così come le proteine giù-regolate (58).

Fin qui, la maggior parte dei microarrays dell'anticorpo sono stati prodotti con parecchi dozzina o alcuni cento poli o anticorpi mono-clonal disponibili in commercio.  Anche se i dieci delle migliaia degli anticorpi sono disponibili in commercio, questo numero è insufficiente perché per la maggior parte delle proteine non ci sono anticorpi disponibili.  Il fatto che molti anticorpi sono glicosilati e contengono le grandi strutture portanti a base di proteine significa che traversa-reagiscono spesso con più di una proteina dell'obiettivo.  Ciò può contribuire a tantissimi positives falsi (9).  Così un altro problema sta ottenendo gli anticorpi di alto-specificità.    

            Uno del problema più grande con gli allineamenti dell'anticorpo è specificità. Le proteine sono spesso presenti in una gamma dinamica molto vasta (106); quindi, i reagenti che potrebbero avere alta affinità per una proteina, ma sono l'affinità bassa per un altro rilevazione tranquilla dell'esposizione della proteina più bassa di affinità se è (9) molto più prevalente. Un gruppo ha studiato la capacità di 115 accoppiamenti bene-caratterizzati–dell'antigene dell'anticorpo di reagire nei microarrays ad alta densità sulle lastre di vetro modificate. 30% degli accoppiamenti ha mostrato i rapporti lineari previsti, indicanti che una frazione degli anticorpi era adatta ad analisi quantitativa (33). Molti gruppi stanno usando le analisi del panino per evitare questo problema.  Un'analisi del panino è effettuata macchiando il primo anticorpo sull'allineamento ed allora rilevando usando un secondo anticorpo che riconosce una parte differente delle proteine. Questo metodo aumenta drammaticamente la specificità della rilevazione dell'antigene, ma ha richiesto che meno due anticorpi di alta qualità esistono affinchè ogni antigene siano rilevati (8).

Dopo: Anticorpo Microarrays: Problemi e soluzioni

Riferimenti per proteina e l'anticorpo Microarrays

Di nuovo a:

Introduzione e priorità bassa ai circuiti integrati della proteina ed ai circuiti integrati dell'anticorpo.

Tipi di circuiti integrati della proteina e dell'anticorpo