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Protocolli Di Allineamento Della Proteina

Allineamento Bioinformatics Della Proteina

Impari circa gli allineamenti della proteina

Kit e prodotti di allineamento della proteina

Tribuna Di Allineamento Della Proteina

Notizie Di Proteomic

Collegamento della proteina ai circuiti integrati di Microarray

Proteina ed anticorpo Microarrays

Creazione e fabbricazione di circuiti integrati di Microarray dell'anticorpo e della proteina

Collegamento
            Per fissare le proteine ad una superficie solida, la superficie del substrato deve essere modificata per realizzare la capienza obbligatoria massima (8.27). Le proteine sono fissate al circuito integrato su uno strato del collegamento della proteina (si veda figura 3). Questo strato è tipicamente una pellicola organica che varia con la natura dell'applicazione. Una varietà di materiali è stata studiata compreso l'agarosi (39), l'idrogelo dextrano-basato (40), i polimeri dell'idrogelo poroso del poliacrilammide e gli acidi idrofili di polyamino (41).
            Un metodo conveniente del collegamento ha utilizzato la nitrocellulosa-membrana o la poli-L-Lisina ha ricoperto il vetro tali che le proteine potrebbero essere assorbite passivamente sulla superficie con le interazioni di non-specifico (34.42.43). Le proteine fissate si legano sulla superficie negli orientamenti casuali e possono essere lavate fuori nelle circostanze di lavaggio rigorose. Tuttavia, il livello acustico è solitamente più alto a causa del non-specifico absorption/adsorption.
            Un collegamento più specifico e più forte è realizzato creando le superfici reattive su vetro che può in covalenza legame incrociato alle proteine (31.36.26). Un cross-linker del silano di bifunctional è usato per formare uno strato monomolecolare auto-montato (SAM), che ha un gruppo funzionale che reagisce con i gruppi dell'idrossile su vetro la superficie di vetro e un altro gruppo che è libero reagire con i gruppi primari dell'ammina delle proteine o può essere ulteriore chimicamente modificato alla specificità massima di estensione (44.45). Un'altra variazione è vetro oro-rivestito (46.47). Il vantaggio dei circuiti integrati oro-rivestiti è che SPR e la spettrometria totale possono essere integrati come metodi di rilevazione per controllare il dynamics della reazione ed identificare le molecole bloccate.
            I metodi covalenti suddetti di cross-linking tuttavia presentano uno svantaggio. Dato che i ligands reattivi egualmente esistono nelle catene laterali delle proteine è possibile che il loro collegamento casuale può alterare la conferma natale delle proteine, ridurre l'attività delle proteine, o renderlo inaccessibili alle sonde (8.27).
            Per orientare le proteine uniformily via dalla superficie del circuito integrato, le proteine possono essere fuse con una modifica di alto-affinità ai loro termini di carboxy o amminici. Con questo metodo, proteins/antibodies immobilizzati sono più probabili rimanere nella loro conformazione natale, così concedendo ai analytes l'accesso efficiente ai luoghi attivi delle proteine. Questo metodo era primo dimostrato con successo con il collegamento di 5800 proteine di fusione che contengono la sua modifica su una lastra di vetro nichel-rivestita (26). Altri metodi di affinità quale glutathione/GST egualmente sono stati usati (48).
I metodi di immobilizzazione basati Streptavidin egualmente ampiamente sono stati impiegati per fissare c'è ne biotinylated l'elemento biologico alla superficie di allineamento (49).
            Il materiale di sostegno del circuito integrato è importante perché le proteine sono altamente sensibili alle proprietà fisiochimiche. Per esempio, gli allineamenti polari chimicamente sono trattati per legarsi alle proteine idrofile tuttavia che tali superfici sono inadatte per le proteine della membrana delle cellule (per esempio ricevitori coppia G-proteina) come possiedono i settori idrofobi (9).
            Le proteine non si comportano come gli acidi nucleici e le proteine differenti si comporteranno nei modi differenti una volta esposte alla stessa chimica di superficie. I tipi differenti chimiche di superficie promuoveranno così il ritegno di alcune proteine e causeranno la denaturazione o la perdita di attività di altre. Di conseguenza, la scelta adeguata di chimica di superficie è l'attività importante poichè questa che permetterà le proteine immobilizzate dei tipi vari mantengano le loro strutture secondarie e terziarie e così loro biologica. Questo problema è ingrandito quando il numero di punti differenti sugli aumenti del circuito integrato, come là può essere 100 modi differenti immobilizzare 100 proteine differenti per ottenere la piegatura e la funzione adeguate di tutte le proteine. Egualmente un problema significativo è perché le funzioni della maggior parte delle proteine sono attualmente sconosciuto, così là è metodo realmente da esaminare se sono ancora funzionali sul circuito integrato (7).

Dopo: Metodi Di Consegna Del Circuito integrato Della Proteina

Riferimenti per proteina e l'anticorpo Microarrays

Di nuovo a:

Introduzione e priorità bassa ai circuiti integrati della proteina ed ai circuiti integrati dell'anticorpo.

Tipi di circuiti integrati della proteina e dell'anticorpo

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