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Proteomics

Le informazioni su come il proteome o l'insieme delle proteine in una cellula è studiato.

Metodi Di Proteomoics

Il contenuto proteico di una cellula è valutato per consistere delle migliaia dei tipi differenti di proteine con una gamma dinamica di espressione. La tecnologia che attualmente sta usanda coinvolge il ricupero delle componenti proteiche, il frazionamento di questa miscela molto complessa, la proteolisi enzimatica di ogni specie separata ed isolata, la vasta analisi spettrometria totale ed infine abbinare i dati strutturali generati contro una base di dati delle proteine conosciute o dei prodotti anticipati di espressione del genome.

Questa procedura coinvolge un passo iniziale usando 1 o l'elettroforesi 2-dimensional (DE). Usando 1-DE, le proteine sono separate in base a massa molecolare; la tecnica è riproducibile e può essere usata per le proteine nella gamma totale di kDa–10 300, ma ha limitato la risoluzione. Per la separazione delle miscele più complesse della proteina, 2-DE è il metodo preferito. Ciò coinvolge separare le proteine in primo luogo secondo la loro carica netta da un punto di messa a fuoco isoelettrica ed allora, nella seconda dimensione, secondo la loro massa molecolare che impiega l'elettroforesi dodecilica del gel del solfato-poliacrilammide del sodio (SDS-PAGE) che dà un alto eciency di separazione.

 La spettrometria totale (MS) è il metodo della scelta per l'identificazione delle proteine separate e spettrometria totale e di 2-DE ora rappresenta una tecnologia da cui parecchio mille proteine possono essere separate, rilevate ed identificate ad un modo automatizzato.

La metodologia di Proteomics inizialmente è fatta dalla separazione e dalla posizione della proteina da 2-DE seguito dall'asportazione delle proteine di interesse che allora subiscono la digestione proteolitica per rendere una miscela dei frammenti del peptide. I peptidi sono analizzati tramite spettrometria totale, inizialmente usando MALDI-MS per la determinazione e la generazione totali molecolari di un'impronta digitale della massa del peptide. Se la base di dati che cerca in questa fase dà i risultati ambigui, un'analisi spettrometria della seconda massa, ESI-MS/MS, è usata per generare le informazioni di sequenza che sono usate per la ricerca più rigorosa della base di dati.

Dallo spettro della massa ottenuto su analisi della miscela della raccolta della proteina, il programma della massa del peptide o l'impronta digitale totale del peptide cioè le masse molecolari dei frammenti del peptide, può essere accertata di. Spesso, se la sequenza dell'amminoacido è sufficiente unica e l'esattezza totale sufficiente su, il programma totale può essere usato per cercare le basi di dati 12–15 per identificare con successo la proteina senza l'esigenza di ulteriori analisi. Se, tuttavia, la ricerca della base di dati conduce ai risultati ambigui, quindi ulteriori analisi della MS, coinvolgenti l'uso di spettrometria totale in tandem (MS/MS), sono decise in sequenza su ogni peptide nella miscela per generare una sequenza, o sulla sequenza parziale, conosciuta come una modifica di sequenza, per questi peptidi. Ciò è realizzata frequentemente tramite l'uso di ESI-MS/MS19 e un'operazione supplementare di purificazione deve essere effettuata solitamente per separare i peptidi dai sali e dai detersivi che possono essere presente che causano l'attenuazione del segnale del peptide.

Ulteriore base di dati che cerca con sia la massa molecolare del peptide che le informazioni della modifica di sequenza dovrebbe condurre all'identificazione inequivocabile della proteina.

Le Informazioni Relative Di Proteomics:

Proteomics

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