GSTP1 promotor - prodotto non specifico

[rob86]

Ciao,

Ho un problema con l'interpretazione della lunghezza dei prodotti di PCR. La lunghezza di una sequenza del DNA della mascherina (promotor umano GSTP1) è circa 1650bp e la lunghezza di un prodotto principale di PCR è fra 700-800bp. Nell'esposizione di silico PCRs che il prodotto dovrebbe essere specifico. Gli stati ionici (magnesio), le temperature ed il tempo delle fasi di PCR sono stati cambiati nella vasta gamma relativamente. Il risultato era sempre lo stesso.

Tuttavia, quando l'iniettore (d'inversione) di destra è scelto per dare un prodotto più corto, circa 1500, che il risultato è corretto.

Egualmente abbiamo usato il mfold per simulare se la sequenza della mascherina può creare alcune strutture molto stabili. Per il magnesio di stati 1.5mM di media ed il Na di 50mM all'più alta temperatura di 95°C là può esistere un gambo-ciclo forte nella regione di 1570-1590bp ma ancora non spiega la lunghezza del prodotto nella portata 700-800bp.

Avete alcune opinioni, suggerimenti utili risolvere questo problema?

Ringraziamenti per c'è ne aiuto!