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Alla stazione molecolare Bioinformatics, troverete tutti i programmi che di bioinformatics avrete bisogno di. Abbiamo oltre 800 strumenti bioinformatic per il bioinformatics del DNA, il bioinformatics del RNA, gli strumenti bioinformatic della proteina Bioinformatics e di Proteomic. Egualmente forniamo i databses per ciascuna di queste categorie per trovare facilmente la vostra sequenza di interesse da parecchie basi di dati di sequenza.

La nostra base di dati degli strumenti di Bioinformatic ha tutti gli strumenti che bioinformatic avrete bisogno di mai ed include i programmi in linea e gli strumenti sopra:

 

 

 

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L'analisi di Multimarker e l'imputazione della piattaforma multipla riun-hanno basato il genome... hanno collegato gli articoli

L'analisi di Multimarker e l'imputazione della piattaforma multipla riun-hanno basato gli studi genome-larghi di associazione.

Bioinformatics. 2008 luglio 10;

Autori: Homer N, Tembe WD, Szelinger S, Redman M., Stephan DA, Pearson JV, Nelson SF, Craig D

SOMMARIO: Per i molti associazione genome-larga (GWA) studia individualmente genotyping un milione di o più SNPs fornisce un aumento marginale nel riempimento ad un costo notevole. Gran parte delle informazioni ottenute è ridondante dovuto la struttura di correlazione inerente al genome umano. La riunione degli studi basati di GWA ha potuto avvantaggiarsi significativamente utilizzando questa sovrabbondanza per ridurre il disturbo, migliorare l'esattezza delle osservazioni e per aumentare il riempimento genomic. Introduciamo una misura di correlazione fra genotyping specifico e la riunione, sotto la stessa struttura che r(2) fornisce una misura di squilibrio del collegamento fra gli accoppiamenti di SNPs. Allora segnaliamo un nuovo metodo di multi-luoghi del multimarker del non-haplotype che leverages la struttura di correlazione fra SNPs nel genome umano per aumentare l'efficacia di riunione degli studi basati di GWA. In primo luogo diamo una struttura e una derivazione teoriche del nostro metodo del multimarker. Dopo, valutiamo le simulazioni usando questo metodo del multimarker rispetto alla singola analisi dell'indicatore. Per concludere, valutiamo sperimentalmente il nostro metodo usando i gruppi differenti di individui di HapMap sul duo di Illumina 450S, sul Illumina 550K e sul Affymetrix 5.0 piattaforme per un totale unito di 1.333.631 SNPs. I nostri risultati indicano che l'uso di analisi del multimarker riduce il disturbo specifico a riunire gli studi basati, tiene conto integrazione efficiente delle piattaforme microarray multiple e fornisce le misure di importanza più esatte che la singola analisi dell'indicatore. Ulteriormente, questo metodo può estendersi per tenere conto l'imputazione dell'importanza di associazione per SNPs non direttamente osservato usando SNPs vicino nello squilibrio del collegamento. Questo metodo del multimarker può ora essere usato in modo redditizio per terminare gli studi riun-basati di GWA con le piattaforme multiple attraverso oltre un milione di SNPs e per imputare SNPs vicino appesantiti per la perdita delle informazioni dovuto riunirsi. LE INFORMAZIONI SUPPLEMENTARI: I dati supplementari sono disponibili a Bioinformatics in linea.

PMID: 18617537 [ PubMed - come fornito a cura dell'editore ]

Valutando la riga stabilità delle cellule di CMT dal gel di poliacrilammide bidimensionale scelga... ha collegato gli articoli

Valutare la riga stabilità delle cellule di CMT tramite l'elettroforesi bidimensionale del gel di poliacrilammide e la spettrometria totale ha basato l'analisi del proteome.

J Proteomics. 2008 luglio 21;71(2):160-167

Autori: Zhang K, Wrzesinski K, Fey SJ, Mose Larsen P, Zhang X, Roepstorff P

L'elettroforesi bidimensionale del gel di poliacrilammide (2-D PAGINA) è seguito da identificazione spettrometria totale delle proteine nei punti della proteina si è transformata in in uno strumento centrale in proteomics. CMT167(H), CMT64(M) e CMT170(L) righe delle cellule, scelte da un adenocarcinoma spontaneo del polmone del mouse, con il high -, il potenziale centrale o basso-metastatic è stato caratterizzato in vivo. In questo studio, i profili completi di espressione della proteina delle righe delle cellule di CMT sono stati analizzati ai passaggi 5, 15 e 35 per valutare la riga stabilità delle cellule. Durante i passaggi 5 - 15, i profili di espressione delle cellule di CMT sono rimasto ragionevolmente stabili come provato dalla soltanto 0.7%, 3.9% e 1.1% proteina cambiata rispettivamente da CMT167(H), da CMT64(M) e da CMT170(L). Tuttavia, il numero di proteine differenziale espresse è stato aumentato considerevolmente al passaggio 35 da CMT64(M) e da CMT170(L) mentre CMT167(H) è rimasto stabile. Sulla base dei nostri criteri di selezione, 22, 109 e 84 punti da CMT167(H), da CMT64(M) e da CMT170(L) sono stati selezionati per l'identificazione della proteina dalla MS e 99 proteine uniche sono state identificate. L'analisi di Bioinformatics ha indicato che la maggior parte di queste proteine partecipano al metabolismo cellulare. In conclusione, il proteomics è stato trovato per essere uno strumento utile per valutare le differenze nella riga stabilità delle cellule. Questo metodo ha fornito uno strumento per selezionare la riga migliore delle cellule ed il periodo ottimale della subcoltura per gli studi di cancro ha collegato i fenomeni e per verificare l'effetto delle droghe anticancro potenziali.

PMID: 18617143 [ PubMed - come fornito a cura dell'editore ]

Il contrassegno di FLXtrade del continuatore del genome Sistema-Più lungo legge, più applicazioni, st... ha collegato gli articoli

Il contrassegno di FLXtrade del continuatore del genome Sistema-Più lungo legge, più applicazioni, bioinformatics diretto ed insiemi di dati più completi.

J Biotechnol. 2008 giugno 21;

Autori: Droege M., Collina B

Il sistema del continuatore FLX del genome (GS FLX), alimentato da 454 che ordinano, è un DNA next-generation che ordina la tecnologia in serie che caratterizza una miscela unica di lungo legge, esattezza eccezionale e rendimento ultraelevato. Si è rivelato essere il più versatile di tutte le tecnologie ordinanti next-generation attualmente disponibili, sostenendo molti studi di alto-profilo dentro oltre sette categorie di applicazioni. Gli utenti di GS FLX hanno perseguito la ricerca innovatrice in de novo che ordina, re-ordinante dei genomes interi e delle regioni del DNA dell'obiettivo, metagenomics ed analisi del RNA. 454 ordinare è uno strumento potente per ricerca umana della genetica, recentemente re-ordinante il genome in serie di un essere umano specifico, attualmente re-ordinante il exome in serie umano completo e designando le regioni come bersaglio genomic usando il processo di bloccaggio di sequenza di NimbleGen e rilevando le mutazioni somatiche a bassa frequenza collegate a cancro.

PMID: 18616967 [ PubMed - come fornito a cura dell'editore ]

[ previsione delle proteine esterne della membrana che per mezzo della macchina di vettore di sostegno con il pettine... ha collegato gli articoli

[ previsione delle proteine esterne della membrana per mezzo della macchina di vettore di sostegno con le caratteristiche unite ]

Gong Cheng Xue Bao Di Sheng Wu. 2008 Apr;24(4):651-8

Autori: Zou L, Wang Z, Wang Y

Le proteine esterne della membrana (OMPs) sono incastonate nella membrana esterna dei batteri, dei mitocondri e dei cloroplasti gram-negativi. La posizione cellulare e la diversità funzionale di OMPs rende loro un codice categoria importante della proteina. Ricerca sulla previsione di OMPs con i metodi di bioinformatics può portare le metodologie utili per identificare OMPs dalle sequenze genomic e per la previsione riuscita delle loro strutture secondarie e terziarie. In questa carta, tre codici categoria della caratteristica sono stati calcolati dalle sequenze della proteina: composizioni in amminoacidi, composizioni nel dipeptide e coefficenti di correlazione appesantiti di indice dell'amminoacido. Allora, tre codici categoria della caratteristica sono stati uniti ed immesso in una macchina di vettore di sostegno (SVM) ha basato il preannunciatore per identificare OMPs da altri tipi piegantesi di proteine. I risultati di distinzione che usando parecchie caratteristiche unite compreso quattro categorie di indice dell'amminoacido sono stati calcolati e l'influenza su esattezza di distinzione usando i coefficenti di correlazione differenti con differenti ordini e pesi è stata discussa. in prove traversa-convalidate ed in prove indipendenti per identificare OMPs da un gruppo di dati di 1087 proteine che appartengono a tutti i tipi differenti di proteine della membrana e globulari, il metodo che usando le caratteristiche unite ottiene rispettivamente un'esattezza generale di 96.96% e di 97.33%. E questi risultati sorpassano quello di altri metodi nella letteratura. Usando questo metodo, le alte specificità sono indicate dai risultati di identificare OMPs in cinque genomes batterici e più di 99% OMPs con le strutture tridimensionali conosciute nella base di dati di PDB è discriminato correttamente. Questi risultati indicano che il metodo è uno strumento potente per distinzione di OMPs in genomes.

PMID: 18616178 [ PubMed - in lavorazione ]

[ la tempestiva rilevazione del aernginosa delle pseduomonas dalla fluorescenza T quantitativa... ha collegato gli articoli

[ tempestiva rilevazione del aernginosa delle pseduomonas dall'analisi quantitativa di TaqMan PCR di fluorescenza che targetting il gene di ETA ]

Gong Cheng Xue Bao Di Sheng Wu. 2008 Apr;24(4):581-5

Autori: Xiao X, Zhang J, Gong J, Vaschetta Y, Yu Y, Yang X, Wu H

Il aernginosa delle pseduomonas (PA) è uno degli agenti patogeni più universali nella diagnosi clinica ed analisi convenzionale di rilevazione presenta molti svantaggi. In questa ricerca, un accoppiamento degli iniettori specifici e un TaqMan che la sonda fluorescente è stata progettata nella regione conservatrice del gene di ETA con il metodo di analisi di bioinformatics, il metodo di rilevazione per PA sono stati sviluppati con successo. Le concentrazioni differenti in pendenza del DNA di PA e di vario DNA dell'agente patogeno sono state amplificate dalla fluorescenza PCR quantitativo (FQ-PCR) per confermare la specificità e la sensibilità del metodo messo a punto. I risultati hanno indicato che l'analisi sviluppata di rilevazione è più ragionevole e specifica in confronto il metodo convenzionale di FQ-PCR ed è utile per i prospetti di applicazione e di ricerca.

PMID: 18616166 [ PubMed - in lavorazione ]