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Strumenti e software di Bioinformatics di ricostruzione di phylogeny in linea.
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CIPRes - http://www.phylo.org/ Il Cyberinfrastructure affinchè obiettivi filogenetici di progetto di ricerca (CIPRes) sviluppino un'infrastruttura di calcolo per sistematica. Altri obiettivi del progetto includono fornire una risorsa centrale permettendo la sistematica e formazione e traini di calcolo - [colto più CIPRes] |
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Base di dati di uso di Codon -
http://www.kazusa.or.jp/codon/ Contenuto in GASCROMATOGRAFIA del ritrovamento e frequenza di uso del codon per qualsiasi organismo che ha una sequenza in GenBank. - [colto più base di dati di uso di Codon] |
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Luogo di Joes - programmi di phylogeny -
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html Lista completa dei pacchetti di phylogeny, compilata da Joe Felsenstein, creatore di Phylip. - [colto più luogo di Joes - programmi di phylogeny] |
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MEGA -
http://www.megasoftware.net/ MEGA (analisi evolutiva molecolare della genetica) è un pacchetto di programmi per analisi filogenetica con un'interfaccia di utente grafica. Concede osservare e stampare dei dati stati allineati di sequenza di entrata e fornisce molti strumenti per il ana filogenetico e statistico - [ PIÙ MEGA colto] |
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Mesquite -
http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html Il mesquite è un progetto aperto del software di sorgente destinato per occuparsi dei dati comparativi circa gli organismi e le analisi evolutive. Il mesquite contiene i moduli per analisi filogenetica, la genetica della popolazione e l'analisi a più variabili non-filogenetica. - [colto più mesquite] |
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Base di dati di tassonomia di NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy Classificazione tassonomica di tutti gli organismi con le sequenze in GenBank. - [colto più base di dati di tassonomia di NCBI] |
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NJplot -
http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html NJplot è uno strumento per la visualizzazione degli alberi binari quali gli alberi filogenetici prodotti dai programmi di PHYLIP. Availiable per parecchie piattaforme compreso Windows, MacOS, Linux e Solaris. - [colto più NJplot] |
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Servizio Di Ricerca Di Orthologue - http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2e/ FACCIA SALTARE una sequenza della proteina allora effettuano l'analisi filogenetica automatizzata per rilevare le sequenze orthologous. - [colto più servizio di ricerca di Orthologue] |
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PHYLIP -
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html Insieme completo dei programmi per le analisi filogenetiche; disponibile per il pc ed il mac; codice sorgente disponibile per la compilazione facile in UNIX. - [colto più PHYLIP] |
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PhyloBLAST -
http://www.pathogenomics.bc.ca/phyloBLAST/ FACCIA SALTARE una sequenza della proteina, quindi effettui l'analisi filogenetica automatizzata sui colpi o sulle sequenze uploaded; analisi PHYLIP-basate. - [colto più PhyloBLAST] |
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PHYML -
http://atgc.lirmm.fr/phyml/ Phyml è un programma che costruisce gli alberi filogenetici dagli allineamenti di sequenza usando il metodo di probabilità massima. - [colto più PHYML] |
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Puzzleboot -
http://hades.biochem.dal.ca/Rogerlab/Software/software.html#puzzleboot Puzzleboot è uno scritto di coperture di UNIX che facilita l'analisi della linguetta per calzare gli stivali usando TREE-PUZZLE e PHYLIP. Aumenta TREE-PUZZLE permettendo che si analizzi i gruppi di dati multipli e che può essere usato per sia analisi della linguetta per calzare gli stivali di distanza del DNA che della proteina. - [colto più Puzzleboot] |
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Progetto della base di dati di Ribosomal - http://rdp.cme.msu.edu/ Altamente curated la base di dati delle sequenze state allineate ed annotate di rRNA con accompagnare i phylogenies; dati disponibili per il trasferimento dal sistema centrale verso i satelliti. - [colto più progetto della base di dati di Ribosomal] |
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Albero di vita -
http://phylogeny.arizona.edu/ progetto Multi-creato che tenta di rappresentare in linea l'intero phylogeny di vita su terra. - [colto più albero di vita] |
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TREE-PUZZLE -
http://www.tree-puzzle.de/ il Albero-puzzle è un programma che costruisce gli alberi filogenetici dagli allineamenti di sequenza usando il metodo di probabilità massima. - [colto più TREE-PUZZLE] |
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TreeJuxtaposer -
http://olduvai.sourceforge.net/ TreeJuxtaposer è uno strumento libero del software che permette un confronto visivo di due alberi nel formato di Newick (phylogenies, taxonomies, alberi del gene, ecc.). Può funzionare con gli alberi che hanno fino a 500.000 vertici ed automaticamente calcola e contrassegna le differenze. - [colto più TreeJuxtaposer] |
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TreeView -
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html Genera i grafici piacevoli degli alberi; legge i formati multipli dell'archivio dell'albero; disponibile per il trasferimento dal sistema centrale verso i satelliti al mac o al pc. - [colto più TreeView] |
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Ala di phylogeny di UCMP -
http://www.ucmp.berkeley.edu/exhibit/phylogeny.html "la Phylogeny-Diversità di vita con tempo" è un'esposizione in linea all'università di museo della California del Web site di paleontologia. Ci è un'introduzione al phylogenetics ed al cladistics e potete traversare attraverso un albero filogenetico molto informativo r - [colto più ala di phylogeny di UCMP] |
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Sviluppo capente -
http://evolution.berkeley.edu/evosite/evohome.html luogo fantastico per sviluppo di teaching/understanding - [colto più sviluppo capente] |
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Weighbor -
http://www.t10.lanl.gov/billb/weighbor/index.html Weighbor è uno strumento per la costruzione degli alberi filogenetici dalle tabelle di distanza. Impiega una versione appesantita del metodo di vicino-joining in cui le distanze più lunghe nella tabella sono date meno peso. - [colto più Weighbor] |
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