Welcome to Molecular Station! Dobrodošli na molekularnu kolodvor!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Morate se registrirati prije nego možete poslati na naš forum ili koristiti naše napredne funkcije. Register Now! Register Now! Its Free and Fast! Slobodnih i Fast!

Already registered? Već ste registrirani? Login now below. Login sada ispod.

User Name: User Name:

Password: Lozinka:

Remember Me? Zapamti me?

Already registered and Forgot your password? Već ste registrirani i Zaboravili ste lozinku? Click below to recover it. Kliknite ispod za oporavak.

Recover Lost Password Spasi Zaboravili ste šifru

Join now - it's fast and free! Pridruži se sada - to je brzo i besplatno!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molekularna kolodvor je najveća mreža istraživača, znanstvenika i znanosti ljubitelje bilo gdje!

Recent Forum Posts Recent forum posts

RNA Protocols RNA Protocols

RNA Encyclopedia RNA Encyclopedia

RNA Bioinformatics RNA bioinformatiku

RNA Forum RNA Forum

RNA Blog RNA Blog

RNA News RNA Novosti

RNA Gels RNA gelovi

Copyright 2007 - Molecular Station Copyright 2007 - Molekularna kolodvor

History of RNA Gel Electrophoresis Povijest RNA Gel elektroforeza

RNA Gels have been used for decades to separate out and qualitatively assess the quality of RNA isolated from samples. RNA gelovi su već desetljećima koristi za odvajanje i kvalitetno procijeniti kvalitete RNA izolirane iz uzoraka. If you are not sure what RNA is checkout: Ako niste sigurni što je RNA provjera:

AUDIO AUDIO Listen to a detailed RNA Explanation ! Poslušajte detaljan RNA Objašnjenje! and see our RNA encyclopedia article. i pogledajte naš RNA enciklopedije članak.

RNA Gel Electrophoresis - Background Information RNA Gel elektroforeza - Background Information

After isolation of RNA samples, the quality of the isolated RNA preparation is usually assessed by electrophoresis on a denaturing agarose gel. Nakon izolaciju RNA iz uzoraka, kvalitete izolirane RNA u pripremi je obično ocenio by elektroforeza na denaturiranje agarose gel. Although the results are mainly qualitative, you can get some information about the yield of the RNA as well. Iako se rezultati su uglavnom kvalitativne, možete dobiti neke informacije o prirodi, kao i RNA.

Denaturing gels are used because RNA tends to fold upon itself and form extensive and stable secondary structure via intramolecular base pairing. Denaturiranje gelovi se koriste jer RNA sklon fold na sebe i obrazac opsežnog i stabilna sekundarna struktura via intramolecular base pairing. This secondary structure of RNA prevents it from migrating mainly according to its size. Ova sekundarne strukture RNA sprečava migraciju iz njega uglavnom po veličini.

Make sure that you include an RNA positive control on the gel, in the case that you get unusual results you can then determine whether the problem was with the gel or was a problem with the RNA you are analyzing. Pobrinite se da uključite jedan RNA pozitivne kontrole na gel, u slučaju da ste dobili neobične rezultate možete zatim utvrditi da li je problem bio s gel ili je problem s RNA ste analizu. You can also use RNA molecular weight markers, an RNA sample known to be intact, or both, can be used for this purpose. Možete koristiti i RNA molecular weight marker, RNA uzorak zna da netaknutim, ili oboje, može se koristiti za tu svrhu.

RNA gels are visualized with ethidium bromide staining as ethidium bromide intercalates between the secondary structure of the RNA molecules and allows RNA to be seen under UV light. RNA gelovi se vidi s ethidium bromid staining kao ethidium bromid intercalates između sekundarne strukture RNA molekula je i RNA omogućuje da se vidi pod UV svjetlo.

RNA is separated out by gel electrophoresis (usually agarose gel electrophoresis). RNA je odvojen od strane gel elektroforeze (obično agarose gel elektroforeza). After running an RNA gel you can conduct a northern blot with subsequent transfer to membrane, hybridization with probe, and finally detection. Nakon što prikazuju jedan RNA gel možete provesti sjevernom izbrisat s kasniji prijenos na membranu, hibridizacija s probe, i konačno otkrivanje. Or simply (and much quicker), stain for RNA using ethidium bromide or SYBR (or similar dye - better as it is non-toxic and safer). Ili, jednostavno (i mnogo brže), boja za RNA pomoću ethidium bromid ili SYBR (ili slično dye - bolje kao što je netoksični i sigurniji).

Applications of RNA Gels Applications of RNA gelovi

As northern blots are much more tedious to complete than RNA gels and real-time PCR, they are not used as much as RNA gels. Kao sjevernom blots su mnogo više zamoran da biste dovršili nego RNA gelovi i real-time PCR, oni se ne koriste onoliko koliko RNA gelova.

The RNA gel electrophoresis and its variations are used in molecular biology research to: The RNA gel elektroforeze i njegove varijacije se koriste u molekularnoj biologiji istraživanja:

• detect RNA detektirati RNA
• assay for quality of RNA isolated esej za kvalitete RNA izolirane
• allow for general determination of RNA quantity or yield dopustiti za opće određivanje količine RNA ili yield
• assay for RNA degradation esej za RNA degradacija

Disadvantages of RNA Gels Nedostaci RNA gelovi

The disadvantages of using RNA gel electrophoresis includes: The nedostaci koristeći RNA gel-elektroforeza uključuje:

• RNA gels are not very quantitative. RNA gelovi nisu vrlo kvantitativna. You cannot determine precisely the RNA yield or amount even with standards. Ne možete odrediti upravo RNA prinosa ili iznos čak i sa standardima. Radioactive methods such as northern blotting or dot blots are much more accurate. Radioaktivne metode kao što su sjeverne upijajući ili dot blots su mnogo točniji.
• Often ethidium bromide is used to detect the RNA. Ethidium bromid često se koristi za detekciju i RNA. Ethidium bromide is a biohazard as it is mutagenic and toxic. Ethidium bromid je biohazard kao što je mutagenic i otrovne.
• RNA gels allow for a quick determination of RNA yield however are not as fast as UV spectrophotometry or other methods. RNA gelovi dopustiti za brzo određivanje RNA prinosa ipak nisu jednako brzo kao UV spektrofotometrija ili drugim metodama.

Advantages of RNA Gels Prednosti RNA gelovi

The advantages of RNA Gels include: Prednosti RNA gelovi uključuju:

• It is a widely accepted method To je široko prihvaćena metoda
• RNA gels are very quick and easy to perform RNA gelovi su vrlo brzo i jednostavno obavljati
• You can assay for RNA quality within 1-2 hours Možete esej RNA za kvalitetu u roku od 1-2 sati
• If you use SYBR or another non-toxic stain (ie you do not use Ethidium Bromide), RNA Gels are quite safe. Ako koristite SYBR ili drugi ne-toksičan mrlja (tj. da ne koristite Ethidium bromid), RNA gelovi su prilično sigurno.

RNA Gel Protocol RNA Gel Protocol

To verify the integrity of your RNA you should do a " Northern blot " analysis. Da biste provjerili integritet vaših RNA koju biste trebali učiniti "Sjeverna izbrisat" analiza. In order to accomplish this you must run a denaturing gel. Da bi ostvarili ovaj morate pokrenuti denaturiranje gel.

For Mini-gels to Midi-gels of RNA use: Make 50 mL-100mL Za Mini-gelova za Midi-gelova, RNA korištenje: Napravite 50 mL-100ml

For Mega-gels Make 400 mL. Za Mega-gelova Make 400 mL.

For 100mL Gel (most commonly run) you need to add 1g of agarose to make 1% agarose solution. Za 100ml Gel (najčešće prikazivati) trebate dodati 1G of agarose da 1% agarose rješenje.

Running Buffer Recipe for RNA Gels Running Buffer Recept za RNA gelovi

RNA Denaturing Reagents RNA denaturiranje Reagensi

To prepare 400ul of RNA denaturing reagent: Pripremiti 400ul od RNA denaturiranje reagens:

Add the following: Dodajte sljedeće:

• 80% Foramide-deionized 300ul 80% Foramide-300ul deionizirana
• 3.7 % formaldehyde 40 ul 3,7% formaldehid ul. 40
• 1X 50X E buffer 8 ul 1X 50X E tampon ul. 8
• dH2O = 400ul 52ul dH2O = 400ul 52ul

50 XE buffer per liter 50 XE tampon po litar

Add: Dodaj:

• 0.9 M Na2 HPO4 Dibasic 127.8 g 0,9 M Na2 HPO4 Dibasic 127,8 g
• 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13.8 g 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13,8 g

Protocol: Steps in Preparing an RNA Gel Protokol: Koraci u pripremi jedan RNA Gel

1. put agarose in solutions. stavi u agarose rješenja.
2. Heat prepared solution in tissue-plugged flask Heat pripremili rješenje u tkiva-priključen boca
3. Let cool to 60°C Neka cool do 60 ° C
4. Add Formaldehyde to equal 0.66M 2.7 ml 4.0 5.3 21.2 Dodaj formaldehid na jednaku 0.66M 2,7 ml 4,0 5,3 21,2
5. (Add Ethidium Bromide if you are using it to flask) (Dodaj Ethidium bromid ako koristite ga boca)
6. Pour gel (in hood if possible). Pour gel (u kabinet, ako je moguće).
7. Heat 2 ug of RNA at 75°C for 10 min., then quick cool. Heat 2 ug od RNA na 75 ° C za 10 min., A zatim brzo kul. (this will allow RNA to denature and stay single-stranded). (Ovo će omogućiti da denaturirati RNA i boravak s jednim nasukan).
8. Add: 2.5 vol of RNA denaturing reagent Dodaj: 2,5 vol od RNA denaturiranje reagens
9. Add 1/10 vol. Dodaj 1 / 10 vol. of loading dye to samples. od utovara na obojeni uzorci.
10. Load samples onto agarose gel wells. Učitaj uzoraka na agarose gel bunara.
11. Run Gel (usually 100V volts) for 30minutes-2 hours. Pokreni Gel (obično 100V volts) za 30minutes-2 sata. (Check RNA running using dye markers) (Check RNA prikazuju pomoću dye biljezi)

Tips for RNA Gels Savjeti za RNA gelovi

Always run an agarose gel of your RNA to assess the quality. Uvijek pokrene agarose gel Vaše RNA procijeniti kvalitetu. Do not only rely only UV spectrophotometry results. Ne samo oslanjati samo UV spektrofotometrija rezultate.

* Use DEPC treated water and baked glassware for all the steps. * Koristite DEPC obrađena voda i pečene glassware za sve korake. The buffers must be Rnase free or use Milipore purified water if you are in a rush. The buffers mora biti Rnase besplatno ili koristiti Milipore pročišćena voda ako su u rogoz. Rnase is everywhere! Rnase je posvuda! Wear gloves, use only baked glassware, or virgin plastic. Nosite rukavice, koristiti samo pečene glassware, djevica ili plastike. DePC treat your water, buffers (except Tris). DePC tretirati vaše vode, buffers (osim Tris). Be very careful. Biti vrlo oprezni.

Troubleshooting RNA Gels UPOZORENJA RNA gelovi

If you currently have a preferred method for running RNA, continue to use it. Ako trenutno imate željenu metodu za prikazivanje RNA, i dalje ga koristiti.

Discuss and post problems or questions about RNA Gels in the RNA Protocols Forum . Diskusiji i postavljati pitanja o problemima ili RNA gelova u RNA Protocols Forum.

RNA Gel References RNA Gel Reference