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Protein Identification Techniques प्रोटीन की पहचान तकनीकों

Proteins can be seperated by 2-D Gel Electrophoresis and Identified with Mass Spectrometry प्रोटीन द्वारा अलग किया जा सकता है 2 - D जैल वैद्युतकणसंचलन और पहचान मास स्पेक्ट्रोमेट्री

Protein content of a cell is estimated to consist of thousands of different types of proteins सामग्री के एक प्रोटीन का अनुमान है कोशिका में हजारों की संख्या में विभिन्न प्रकार के प्रोटीन
with a dynamic range of expression. अभिव्यक्ति की सीमा के साथ एक गतिशील है . The technology that is currently being used involves the retrieval of the protein components, fractionation of this very complex mixture, वर्तमान में इस तकनीक का इस्तेमाल किया जा रहा है कि इसमें प्रोटीन की पुनर्प्राप्ति के घटकों , fractionation इस बहुत ही जटिल मिश्रण है ,
enzymatic proteolysis of each separated and isolated species, extensive mass spectrometric analysis and finally matching the structural data generated against a database of known proteins or anticipated genome expression products. प्रत्येक एंजाइमी proteolysis और अलग अलग प्रजातियों , जन spectrometric व्यापक मिलान के संरचनात्मक विश्लेषण और अंत में डेटा उत्पन्न के खिलाफ एक डेटाबेस के प्रोटीन के नाम से जाना या प्रत्याशित जीनोम उत्पादों की अभिव्यक्ति है .
This procedure involves an initial step using 1- or 2-dimensional electrophoresis (DE). यह प्रक्रिया शामिल कदम का उपयोग करते हुए एक प्रारम्भिक 1 -- आयामी या 2 - वैद्युतकणसंचलन ( डी ) . Using 1-DE, proteins are separated on the basis of molecular mass; the technique is reproducible and can be used for proteins in the mass range of 10–300 kDa, but does have limited resolution. 1 - का उपयोग DE , प्रोटीन के आधार पर अलग हो रहे हैं आणविक जन ; इस तकनीक का इस्तेमाल किया जा सकता है और reproducible के लिए प्रोटीन में व्यापक श्रेणी के 10-300 केडीए , लेकिन सीमित संकल्प करता है .
For separation of more complex protein mixtures, 2-DE is the preferred method. अलग करने के लिए प्रोटीन के लिए अधिक जटिल मिश्रण , 2 - DE पसंदीदा तरीका है . This involves separating the proteins first according to their net charge by an isoelectric focusing step and then, in the second dimension, according to their molecular mass employing sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) which gives a high separation efficiency. इसमें अलग प्रोटीन के अनुसार पहले अपनी निवल प्रभारी द्वारा ध्यान केंद्रित isoelectric एक कदम है और फिर , दूसरे में आयाम के अनुसार , उनके द्रव्यमान आणविक रोजगार dodecyl सोडियम सल्फेट की जेल polyacrylamide वैद्युतकणसंचलन ( SDS पृष्ठ ) देता है जो एक उच्च दक्षता अलग है .
Mass spectrometry (MS) is the method of choice for the identification मास स्पेक्ट्रोमेट्री ( एमएस ) ऐसी पद्धति है पसंद की पहचान के लिए
of the separated proteins, and 2-DE and mass spectrometry प्रोटीन के अलग , और 2 - DE और मास स्पेक्ट्रोमेट्री
now represent a technology by which several thousand proteins can be separated, detected and identified in an automated fashion. अब एक तकनीक का प्रतिनिधित्व करते हैं जिसके द्वारा कई हजार प्रोटीन से अलग किया जा सकता है , का पता चला और एक स्वचालित में फैशन की पहचान की है .
Proteomics methodology is initially done by protein separation and location by 2-DE followed by excision of the proteins of interest which then undergo proteolytic digestion to yield a mixture of peptide fragments. प्रोटिओमिक्स पद्धति है प्रोटीन के द्वारा शुरू किया और स्थान के द्वारा अलग 2 - DE बाद अबुर्द के प्रोटीन के हित के proteolytic पाचन के लिए तो जो उपज का मिश्रण पेप्टाइड टुकड़ों . The peptides are analysed by mass spectrometry, initially using MALDI-MS for molecular mass determination and generation of a peptide mass fingerprint. इस मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा पेप्टाइड्स का विश्लेषण कर रहे हैं , शुरू में MS - MALDI का उपयोग कर निर्धारण के लिए बड़े पैमाने पर आण्विक पीढ़ी के एक और बड़े पैमाने पर पेप्टाइड फिंगरप्रिंट है . If database searching at this stage yields ambiguous results, a second mass spectrometric analysis, ESI-MS/MS, is used to generate sequence information which is used for more stringent database searching. यदि डेटाबेस की खोज परिणामों के इस स्तर पर पैदावार अस्पष्ट , एक दूसरे जन spectrometric विश्लेषण , ESI-MS/MS , उत्पन्न करने के लिए प्रयोग किया जाता है अनुक्रम जानकारी के लिए प्रयोग किया जाता है जो और अधिक कठोर डेटाबेस की खोज है .
From the mass spectrum obtained on analysis of the protein digest mixture, the peptide mass map or peptide mass fingerprint ie the molecular masses of the peptide fragments, can be ascertained. जन स्पेक्ट्रम पर से प्राप्त प्रोटीन डाइजेस्ट के विश्लेषण के मिश्रण , या पेप्टाइड मानचित्र पेप्टाइड जन जन के आणविक फिंगरप्रिंट यानी जनता के टुकड़ों पेप्टाइड , सुनिश्चित किया जा सकता है . Often, if the amino acid sequence is sufficiently unique and the mass अक्सर , यदि अमीनो एसिड अनुक्रम पर्याप्त अद्वितीय है और द्रव्यमान
accuracy sufficiently high, the mass map can be used to search databases 12–15 to identify the protein successfully without the need for further analyses. पर्याप्त उच्च सटीकता , जन मानचित्र खोज करने के लिए प्रयोग किया जा सकता है डेटाबेस 12-15 की पहचान के लिए प्रोटीन के लिए सफलतापूर्वक के बिना आगे के विश्लेषण की आवश्यकता है . If, however, database searching leads to ambiguous results, then further MS analyses, involving the use of tandem mass spectrometry (MS/MS), are undertaken sequentially on each peptide in the mixture to generate a sequence, or partial sequence, known as a sequence tag, for these peptides. यदि तथापि , डाटाबेस का नेतृत्व करने के लिए खोज परिणामों में अस्पष्ट है , तो आगे और एमएस विश्लेषण , के प्रयोग को शामिल अग्रानुक्रम मास स्पेक्ट्रोमेट्री ( एमएस / एमएस ) , sequentially किए हैं पर प्रत्येक पेप्टाइड मिश्रण में पैदा करने के लिए एक दृश्य , या आंशिक क्रम है , के नाम से जाना जाता है अनुक्रम टैग के लिए इन पेप्टाइड्स . This is frequently achieved by the use of ESI-MS/MS19 and usually an additional purification step must be performed to separate the peptides from the salts and detergents that may be present which cause attenuation of the peptide signal. इस बार के प्रयोग के द्वारा प्राप्त ESI-MS/MS19 और आमतौर पर एक अतिरिक्त कदम शुद्ध होना चाहिए प्रदर्शन से पृथक करने के लिए पेप्टाइड्स लवण और डिटर्जेंट है कि हो सकता है जिसके कारण वर्तमान क्षीणन पेप्टाइड का संकेत है .

Further database searching with both the molecular mass of the peptide इसके अलावा दोनों आणविक डाटाबेस के साथ खोज के द्रव्यमान का पेप्टाइड
and the sequence tag information should lead to unambiguous protein identification. और जानकारी चाहिए अनुक्रम टैग का नेतृत्व करने के लिए प्रोटीन की पहचान स्पष्ट है .