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Comparative Genomics - Bioinformatics तुलनात्मक जीनोमिक्स -- Bioinformatics

Comparative Genomics Introduction तुलनात्मक जीनोमिक्स परिचय

Comparative genomics is the study of relationships between the genomes of different species or strains. तुलनात्मक अध्ययन है जीनोमिक्स के बीच संबंधों के विभिन्न प्रजातियों के जीनोम या दबाव है . Comparative genomics is an attempt to take advantage of the information provided by the signatures of selection to understand the function and evolutionary processes that act on genomes. जीनोमिक्स की एक कोशिश है तुलनात्मक लाभ उठाने के द्वारा प्रदान की गई जानकारी के हस्ताक्षर समारोह के चयन को समझने और उस पर कार्रवाई जीनोम विकासवादी प्रक्रिया है . While it is still a young field, it holds great promise to yield insights into many aspects of the evolution of modern species. हालांकि यह अभी भी एक युवा क्षेत्र है , यह मानती है महान वादे को उपज में अंतर्दृष्टि के विकास के कई पहलुओं के बारे में आधुनिक प्रजाति है . The sheer amount of information contained in modern genomes (several gigabytes in the case of humans) necessitates that the methods of comparative genomics are mostly computational in nature. यह सरासर मात्रा में सूचना में आधुनिक जीनोम ( गीगाबाइट के मामले में कई मनुष्यों ) जरूरी है कि तुलनात्मक तरीके ज्यादातर गणनात्मक जीनोमिक्स प्रकृति में है . Gene finding is an important application of comparative genomics, as is discovery of new, non-coding functional elements of the genome. जीन का पता लगाने का एक महत्वपूर्ण अनुप्रयोग तुलनात्मक जीनोमिक्स , नई खोज के रूप में है , गैर कोडन कार्यात्मक तत्वों के जीनोम .

Comparative genomics exploits both similarities and differences in the proteins, RNA, and regulatory regions of different organisms to infer how selection has acted upon these elements. तुलनात्मक जीनोमिक्स समानताएँ और दोनों वीरों में मतभेद प्रोटीन , शाही सेना , और विनियामक जीवधारी के विभिन्न क्षेत्रों के चयन के लिए अनुमान है कि कैसे इन तत्वों पर कार्य किया . Those elements that are responsible for similarities between different species should be conserved through time (stabilizing selection), while those elements responsible for differences among species should be divergent (positive selection). उन तत्वों के बीच समानताएँ के लिए जिम्मेदार हैं कि विभिन्न प्रजातियों के माध्यम से संरक्षित किया जाना चाहिए समय ( स्थिरीकरण के चयन ) , जबकि उन तत्वों के बीच मतभेदों के लिए उत्तरदायी होना चाहिए भिन्न प्रजातियों ( सकारात्मक चयन ) . Finally, those elements that are unimportant to the evolutionary success of the organism will be unconserved (selection is neutral). अंत में , जो कि उन तत्वों को महत्वहीन विकासवादी सफलता के जीव जाएगा unconserved ( चयन तटस्थ है ) .

Identifying the mechanisms of eukaryotic genome evolution by comparative genomics is one of the important goals of the field. तंत्र की पहचान के जीनोम के विकास द्वारा तुलनात्मक eukaryotic जीनोमिक्स है एक महत्वपूर्ण लक्ष्यों के क्षेत्र में . It is however often complicated by the multiplicity of events that have taken place throughout the history of individual lineages, leaving only distorted and superimposed traces in the genome of each living organism. लेकिन अक्सर यह द्वारा अधिक जटिल है कि घटनाएँ घटित भर के इतिहास व्यक्तिगत चिम्पैंजी छोड़ केवल विकृत superimposed और जोधपुर के जीनोम में रहने वाले हर जीव है . For this reason comparative genomics studies of small model organisms (for example yeast) are of great importance to advance our understanding of general mechanisms of evolution. इस कारण से तुलनात्मक अध्ययन जीनोमिक्स छोटे मॉडल जीवधारी ( उदाहरण के लिए खमीर ) के होते हैं बहुत महत्व को समझने के लिए अग्रिम हमारे तंत्र के विकास के सामान्य है .

Having come a long way from its initial use of finding functional proteins, comparative genomics is now concentrating on finding regulatory regions and siRNA molecules. एक लंबा रास्ता तय होने से अपनी आरंभिक उपयोग के प्रोटीन ढूँढने कार्यात्मक , तुलनात्मक जीनोमिक्स पर ध्यान केंद्रित कर रहा है ढूँढने क्षेत्रों और विनियामक अणुओं siRNA . Recently, it has been discovered that distantly related species often share long conserved stretches of DNA that do not appear to code for any protein. हाल ही में पता चला कि उसे दूर कर दिया गया है प्रजातियों से संबंधित अक्सर लंबे समय तक संरक्षित खंडों के डीएनए का हिस्सा नहीं होते हैं कि किसी भी प्रोटीन के लिए कोड है . It is unknown at this time what function such ultra-conserved regions serve. यह इस समय अज्ञात क्या इस तरह के समारोह अति संरक्षित क्षेत्रों की सेवा .

Computational approaches to genome comparison have recently become a common research topic in computer science. गणनात्मक दृष्टिकोणों से जीनोम की तुलना ने हाल ही में एक आम हो कंप्यूटर विज्ञान अनुसंधान के विषय में है . The development of computer-assisted mathematics (using products such as Mathematica or Matlab) has helped engineers, mathematicians and computer scientists to start operating in this domain, and a public collection of case studies and demonstrations is growing, ranging from whole genome comparisons to gene expression analysis. इस विकास के कंप्यूटर की मदद से गणित ( जैसे उत्पादों का उपयोग कर Mathematica या Matlab ) में मदद मिली है इंजीनियर , गणितज्ञों और कंप्यूटर वैज्ञानिकों के संचालन में इस डोमेन शुरू करने के लिए , और एक सार्वजनिक संग्रह का अध्ययन और प्रदर्शनों के मामले बढ़ रही है , से लेकर पूरा करने के लिए जीन तुलना जीनोम अभिव्यक्ति का विश्लेषण है . This has increased the introduction of different ideas, including concepts from systems and control, information theory, strings analysis and data mining. यह बढ़ा है की शुरुआत के विभिन्न विचारों का , जिनमें से अवधारणाओं और नियंत्रण प्रणाली , सूचना सिद्धांत , खनन और डाटा विश्लेषण के तार . It is anticipated that computational approaches will become and remain a standard topic for research and teaching, while students fluent in both topics start being formed in the multiple courses created in the past few years. यह प्रत्याशित है कि कम्प्यूटेशनल दृष्टिकोण हो जाएगा और बने रहने के विषय के लिए एक मानक अनुसंधान और शिक्षण , जबकि दोनों में धाराप्रवाह छात्रों से शुरू किया जा रहा विषय में अनेक पाठ्यक्रमों का गठन पिछले कुछ वर्षों में बनाया है .

Evolutionary Conserved Region Bioinformatics विकासवादी संरक्षित क्षेत्र Bioinformatics

Evolutionary Conserved Regions also called ECRs for short are regions of sequence (usually DNA) that have been mapped to align with other genomes and are conserved. विकासवादी संरक्षित क्षेत्र के लिए भी कहा जाता है ECRs क्षेत्रों के छोटे हैं अनुक्रम ( आमतौर डीएनए ) प्रतिचित्रित करने के लिए किया गया है कि गठबंधन के साथ अन्य जीनोम और संरक्षित हैं .

ECRs within alignments of the genomes are presented in this graphical browser, which depicts and color-codes ECRs in relation to known genes that have been annotated in the base genome. ECRs के जीनोम के भीतर alignments इस ग्राफिकल ब्राउज़र में पेश कर रहे हैं , जो रंग के कोड को दर्शाता है और ECRs के संबंध में जाना जाता है कि जीन की गई है एनोटेट में जीनोम का आधार है . 'Grab ECR' feature allows users to rapidly extract sequences that correspond to any ECR, to visualize underlying sequence alignments and/or identify conserved transcription factor binding sites. ' हड़पना ECR ' की सुविधा देता है कि प्रयोक्ताओं को तेजी से निकालने के दृश्य से संबंधित किसी भी ECR , visualize करने के लिए नीचे के अनुक्रम alignments और / या साइटों को पहचानने में संरक्षित प्रतिलेखन बंधन कारक है .

ECR Browser is a new dynamic whole-genome navigation tool for the visualization and study of evolutionary relationships between vertebrates and non-vertebrate genomes. ECR ब्राउज़र का एक नया गतिशील संपूर्ण जीनोम नेविगेशन उपकरण के लिए होगा और अध्ययन के संबंधों के बीच विकासवादी कशेरूकीय को खाते और गैर कशेरुकीय जीनोम . ECR Browser is constantly being updated to include the most recently available sequenced genomes (currently: human, dog, mouse, rat, chicken, frog two pufferfish (Fugu and Tetraodon), zebrafish, and 6 fruitflies). लगातार अद्यतन किया जा रहा है ECR ब्राउज़र को शामिल करने के लिए हाल ही में उपलब्ध सबसे जीनोम अनुक्रम निर्धारण ( वर्तमान में : मानव , कुत्ता , माउस , चूहा , चिकन , दो दादुर pufferfish ( Fugu और Tetraodon ) , zebrafish , और 6 fruitflies ) . Ovcharenko, MA Nobrega, GG Loots, and L. Stubbs ECR Browser: a tool for visualizing and accessing data from comparisons of multiple vertebrate genomes Nucleic Acids Research, 32, W280-W286 (2004) Ovcharenko , MA Nobrega , GG Loots , और एल Stubbs ECR ब्राउज़र : visualizing के लिए एक उपकरण और डेटा तक पहुँचने में से कई की तुलना कशेरुकीय जीनोम रिसर्च Nucleic एसिड , 32 , W280 - W286 ( 2004 )

ECRbase is the Database of Evolutionary Conserved Regions (ECRs), Promoters, and Transcription Factor Binding Sites in Vertebrate Genomes created using ECR Browser alignments ECRbase है डाटाबेस के संरक्षित क्षेत्र के विकासवादी ( ECRs ) , प्रमोटर्स हैं , और प्रतिलेखन फैक्टर बंधन में साइटें कशेरुकीय जीनोम ECR ब्राउज़र का उपयोग करके बनाया alignments

Bioinformatics Forum Bioinformatics फोरम

Discuss and post questions about protein expression in the Bioinformatics Forum . प्रश्नों के बारे में चर्चा और बाद में प्रोटीन की अभिव्यक्ति में Bioinformatics फोरम है .