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De grandes découvertes scientifiques ont été faites par les hommes recherchant à vérifier des théories tout à fait incorrectes au sujet de la nature des choses. Huxley ~Aldous, "Wordsworth dans les tropiques"
On estime que la teneur en protéines d'une
cellule se compose des milliers de différents types de protéines
avec un intervalle dynamique d'expression. La
technologie qui actuel est utilisée comporte la recherche des
éléments protéiques, fractionnement de ce mélange très complexe,
protéolyse enzymatique de chaque espèces
séparées et d'isolement, analyse spectrométrique de masse étendue
et apparier finalement les données structurales produites contre une
base de données des protéines connues ou des produits prévus
d'expression de génome.
Ce procédé comporte une mesure initiale en utilisant 1 ou
l'électrophorèse à deux dimensions (De). En utilisant 1-DE,
des protéines sont séparées sur la base de la masse moléculaire ;
la technique est reproductible et peut être utilisée pour des
protéines dans l'intervalle de masse du kDa–10 300, mais
a limité la résolution.
Pour la séparation des mélanges plus complexes de protéine,
2-DE est la méthode préférée. Ceci implique de séparer les
protéines first selon leur charge nette par une étape de mise
au point isoélectrique et puis, dans la deuxième dimension, selon
leur masse moléculaire utilisant l'électrophorèse dodécylique de
gel de sulfate-polyacrylamide de sodium (SDS-PAGE) qui donne une
séparation élevée efficiency.
La spectrométrie de masse (MME.) est la méthode de choix pour
l'identification
des protéines séparées, et de la spectrométrie de
2-DE et de masse
représentez maintenant une technologie par laquelle
plusieurs mille protéines peuvent être séparées, détecté et
identified d'une mode automatisée.
La méthodologie de Proteomics est au commencement faite par
séparation et emplacement de protéine par 2-DE suivi de l'excision
des protéines d'intérêt qui subissent alors la digestion
protéolytique pour rapporter un mélange des fragments de peptide.
Les peptides sont analysés par la spectrométrie de masse,
utilisant au commencement MALDI-MS pour la détermination et la
génération de masse moléculaires d'une masse fingerprint de
peptide. Si la base de données recherchant à ce stade donne
des résultats ambigus, une analyse spectrométrique de la deuxième
masse, ESI-MS/MS, est employée pour produire de l'information d'ordre
qui est utilisée pour une recherche plus rigoureuse de base de
données.
Du spectre de la masse obtenu sur l'analyse du mélange de
sommaire de protéine, la carte ou le peptide fingerprint de
masse de la masse de peptide c.-à-d. les masses moléculaires des
fragments de peptide, peut être assurée. Souvent, si l'ordre
d'acide aminé est sufficiently seul et la masse
l'exactitude sufficiently haute, la carte de masse
peut être employée pour rechercher des bases de données 12–15 pour identifier la protéine avec succès sans besoin
d'autres d'analyses. Si, cependant, la recherche de base de
données mène aux résultats ambigus, alors d'autres analyses de
MME., comportant l'utilisation de la spectrométrie de masse tandem
(MS/MS), sont entreprises séquentiellement sur chaque peptide dans le
mélange pour produire d'un ordre, ou ordre partiel, connu sous le nom
d'étiquette d'ordre, pour ces peptides. Ceci est fréquemment
réalisé par l'utilisation d'ESI-MS/MS19 et habituellement une étape
supplémentaire de purification doit être exécutée pour
séparer les peptides des sels et des détergents qui peuvent être
présent qui causent l'atténuation du signal de peptide.
Davantage de base de données recherchant avec tous les
deux la masse moléculaire du peptide
et l'information d'étiquette d'ordre devrait mener à
la protéine non ambiguë identification.
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