Bioinformatics, Protocoles, Protéine Proteomics d'ARN d'ADN
à la maison > protéine > bioinformatics > protéine-motifs > index.php
à la maison > protéine > bioinformatics > protéine-motifs > index.php
 |
|---|
Voir également la notre base de données de lien des outils de Bioinformatic de motif de protéine
Les motifs et les domaines de protéine sont des interactions importantes car ils fournissent des indices quant aux fonctions posible de la protéine, et possibles de la protéine. Si la protéine a par exemple un domaine pour l'attache d'ADN, vous prévoiriez cela que la protéine peut agir en liant aux ordres d'ADN.
Une note sur le motif de protéine et la base de données de domaine de protéine recherche : La plupart des protéines sont modulaires avec plusieurs domaines. Si votre protéine ou proteni inconnu est le plus semblable à une protéine kinase, ceci ne signifie pas nécessairement que c'est une kinase - il est possible les deux protéines partagent plusieurs autres domaines (IE plusieurs domaines SH3).
Voir la notre base de données de lien des outils de Bioinformatic de motif de protéine
CDD La Base de données Économisée De Domaine. Les protéines contiennent souvent plusieurs modules ou domaines, chacun avec une origine évolutionnaire distincte et fonction. La base de données de domaine économisée par NCBI's est une collection de cadrages multiples d'ordre pour des domaines antiques et des protéines intégrales. Le service de CD-Search peut être employé pour identifier les domaines économisés actuels dans un ordre de requête de protéine.
Recherche de recherche par mot-clé de CDD la base de données économisée de domaine de Keyword chez Entrez Pubmed.
CDART : Outil Économisé de Recherche d'Architecture de Domaine
InterPro InterPro est une base de données des familles de protéine, des domaines et des sites fonctionnels dans lesquels des dispositifs identifiables trouvés en protéines connues peuvent être appliqués aux ordres inconnus de protéine.
PROSite PROSITE est une base de données des familles et des domaines de protéine. Il se compose des sites, des configurations et des profils biologiquement significatifs qui aident à identifier sûrement à quelle famille connue de protéine (si quel) un nouvel ordre appartient.
Pfam Pfam est une grande collection de cadrages multiples d'ordre et de modèles cachés de Markov couvrant beaucoup de domaines communs de protéine. La version 7.7b (octobre 2002) de Pfam contient des cadrages et des modèles pour 4832 familles de protéine, basés sur le Swissprot 40 et SP-TrEMBL
Base de données De Domaine de Protéine De ProDom
PairsDB l'algorithme
automatique de décomposition de domaine (ADDA) est employé pour
produire d'une base de données des familles de domaine de protéine
avec l'assurance complète de tous les ordres de protéine. Des
ordres sont coupés en domaines et des domaines sont groupés dans des
familles de domaine de protéine dans un processus complètement
automatisé. La base de données actuelle contient des domaines
pour plus de 1.5 million d'ordres dans plus de 40 000 familles de
domaine. En particulier, il y a 3828 familles de domaine de
roman qui ne superposent pas avec curated des bases de données de
domaine Pfam, SCOP et InterPro. Données isfreely disponibles
pour télécharger et questionner par l'intermédiaire d'une interface
de Web. Voyez également :
Recherche de Familles de Domaine de PairsDB
Les Familles de Domaine de PairsDB Parcourent
Les COPIES d'IMPRESSION est un abrégé des empreintes digitales de protéine. Une empreinte digitale est un groupe de motifs économisés employés pour caractériser une famille de protéine ; sa puissance diagnostique est raffinée par la lecture itérative d'un composé de SWISS-PROT/TrEMBL. Habituellement les motifs ne superposent pas, mais sont séparés le long d'un ordre, bien qu'ils puissent être contigus dans 3D-space. Les empreintes digitales peuvent encoder des plis et des fonctionnalités de protéine plus avec souplesse et puissant que peut choisir des motifs, plein pouvoir diagnostique dérivant du contexte mutuel fourni par des voisins de motif.
Les coups de balayage de motif de COUPS est une base de données libre consacrée aux domaines de protéine. C'est également une collection d'outils pour la recherche sur les rapports entre les ordres de protéine et les motifs décrits sur eux. Ces motifs sont définis par une collection hétérogène de prédiseurs, qui inclut actuel des expressions régulières, des profils généralisés et des modèles cachés de Markov
Outil Modulaire Simple INTELLIGENT De Recherches d'Architecture. But : pour permettre l'identification et l'annotation automatiques des domaines dans des ordres écrits par l'utilisateur de protéine.
PROClass la base de données de ProClass est une base de données non-redondante de protéine organisée selon des rapports de famille comme défini collectivement par des configurations de ProSite et des superfamilies de PIR. La base de données de ProClass peut faciliter la recherche documentaire de famille de protéine, dévoiler des rapports de domaine et de famille, et classifier multi-domained des protéines, par la combinaison globale et les similitudes de motif dans un arrangement simple d'organisation de famille.
Serveur moléculaire de biologie d'incrément rechercheable du SUISSE PROT d'ExPASY de l'université de Genève : contient l'incrément rechercheable de SWISS-PROT.
ExPASY PROSITE PROSITE est une base de données des familles et des domaines de protéine. Il se compose des sites, des configurations et des profils biologiquement significatifs qui aident à identifier sûrement à quelle famille connue de protéine (si quel) un nouvel ordre appartient.
Base de données de famille de protéine de SYSTERS de Motifs
La base de données de TIGRFAM sont des familles de protéine basées sur les modèles cachés ou le HMMs de Markov.
la recherche d'eMotif les eMOTIFS sont dérivées des cadrages multiples d'ordre dans la base de données de BLOCKS+.
MOTIF: Peut rechercher les bases de données multiples comprenant : Configuration de PROSITE, profil de PROSITE, BLOCS, ProDom, COPIES, Pfam, Pfam_fs pour des fragments, et une bibliothèque définie pour l'utilisateur de profil.
Recherche de HMM - recherche de motif d'un ordre de protéine en utilisant la base de données de Pfam-A des domaines de protéine - centre de Sanger (R-U).
Recherche de HMM - recherche de motif
d'un ordre de protéine en utilisant la base de données de Pfam-A des
domaines de protéine - WUSTL (USA).
MÂT - outil de cadrage et de recherche de motif - installation de Pasteur (France).
MEME - Fin de support multiple pour le motif Elicitation - l'institut de Pasteur (France).
MOTIF - Service de Recherche de Configuration - État U (USA) De l'Iowa.
PatternFind - recherche de
configuration de recherche de configuration d'ordre de plusieurs bases
de données comprenant : Suisse-Prot, TrEMBL, variantes
d'épissure de Suisse-Prot, trEST, trGEN,
trome, peptides actuels d'ENSEMBL pour toutes les
espèces, proteomes complets microbiens, version de RefSeq, mises
à jour hebdomadaires de RefSeq, PATTINPROT - recherche de
configuration d'ordre de requête - Polonais Bio-Informatique
Lyonnaise (France), Pratt2.1 - outil de découverte de configuration,
Pratt - U Helsinki (Finlande), installation de Pratt - de Pasteur
(France), Pratt - installation Informatik-U Bergensis (Norvège),
Pratt - EBI (R-U).
PROSITE - Recherches de motifs de profil de base de
données de ProSite.
Recherche de PROSITE - Genestream - IGH Montpellier (France).
ScanProsite - balayez un ordre de
protéine contre le DB de PROSITE - ExPASy (Suisse).
PHYTOPROT le procédé général derrière PHYTOPROT consiste en exécutant une "tout-par-toute" comparaison des ordres (putatifs) de protéine avec le logiciel de BIOFACET, les batteries de construction des ordres (Mohseni-Zadeh et autres, Recomb 2003) ont basé sur leur similitude et afficher finalement la La Prodom de à que les domaines ont partagé par les ordres dans chaque batterie
Integr8 Arabidopsis Thalania fournit des informations au sujet de protéine en utilisant la recherche par mot-clé. Contient l'information de domaine dans la recherche.
Familles de Protéine de Pfam Arabidopsis
Base de données de Motif de Parasite De Recherche de Motif de Parasite. Bases de données de : Tout le Leishmania, Leishmania Friedlin principal, brucei de Trypanosoma, cruzi de Trypanosoma, tout le Crithidia, tous les kinetoplastids, falciparum de plasmodium, tout le plasmodium, gondii de toxoplasme, tout l'apicomplexa, tout le Schistosoma, tout le Filarioidea.
Déni/limites de service &
Politique d'Intimité& ©2005-2007 Station.com moléculaire, tous droits
réservés.
![[أربيك]](http://www.molecularstation.com/translate/images/flag_ar.gif){kind=small}
Envoyez cette page à un ami
