Protéine Bioinformatics

Le règlement de protéine, localisation de protéine, motifs de protéine, expression de protéine, la structure de protéine, modifications poteau-de translation de protéine, d'interactions de protéine, et de fonction de protéine sont important parce que les protéines constituent la plus grande entité de fonctionnement à l'intérieur de la cellule. Proteomic Bioinformatics est thecollection, organisation et analyse de grandes quantités de données proteomic, en utilisant des réseaux des ordinateurs et des bases de données.

Obtenir commencé par la protéine Bioinformatics

Vous devez commencer par votre ordre de protéine. Pour obtenir l'ordre de votre protéine faites le suivant. Visitez les liens et la recherche suivants de la protéine que vous étudiez.

Des bases de données d'ordre de protéine sont classées par catégorie comme primaires, composées ou secondaire. Les bases de données primaires contiennent des ordres et la fonction de protéine comme dépôt pour des données brutes.

Recherche pour des protéines et l'usage d'ordres de protéine :

Ordre Primaire d'Acide aminé de Protéine
Propriétés physiques ou chimiques
Ordres de Nucléotide
Ordres de Peptide
Chaînes de caractères des Textes

Recherche des protéines en utilisant l'ordre primaire d'acide aminé de protéine

PepSea - identification de protéine en recherchant un ordre

Recherche des protéines en utilisant les propriétés physiques ou chimiques

MassSearch: - recherche SwissProt ou bases de données d'EMBL par la masse de protéine après digestion à ETH-Zurich
TagIdent: - recherchez les protéines de SwissProt données pi et le Mw chez ExPASy
AACompIdent - est un outil qui permet l'identification d'une protéine de sa composition en acides aminés. Il recherche les bases de données de Suisse-Prot et/ou de TrEMBL les protéines, dont les compositions en acides aminés sont les plus proches de la composition en acides aminés donnée.

Recherche des protéines en utilisant des ordres de nucléotide

SOUFFLE (SOUFFLE : Outil Local de base de Recherches de Cadrage) (NCBI)
BEAUTÉ (Utilitaire de Cadrage Mis en valeur par SOUFFLE)

Recherche des protéines en utilisant des ordres de peptide

SOUFFLE (SOUFFLE : Outil Local de base de Recherches de Cadrage) (NCBI)
Aldente identifient des protéines avec des données d'empreinte digitale de la masse de peptide. Un nouveau, rapide et puissant outil qui tire profit de la transformation de Hough pour le recalibrage de spectres et l'exclusion d'annexe
PepSea - identification de protéine par le peptide traçant ou le peptide ordonnançant de Protana, Danemark.
Outil de MultiIdent - identifiez les protéines avec pi , le Mw , la composition en acides aminés, l'étiquette d'ordre et les données de masse d'empreinte digitale de peptide

Recherchez les protéines en utilisant des chaînes de caractères des textes

Integr8

Requête de Protéine d'Entrez-Pubmed

Ordre de protéine - ordre primaire des protéines (primaires)

SWISS-PROT
PIR-International
Requête de Protéine d'Entrez-Pubmed

Ordre de protéine (secondaire)

Les bases de données secondaires contiennent l'information dérivée des ordres de protéine et aident l'utilisateur à déterminer si un nouvel ordre appartient à une famille connue de protéine.

PROSITE
IMPRIME
Pfam

Ordre de protéine (composé)

Les bases de données composées telles que le HIBOU et le NRDB compilent et filtrent des données d'ordre de différentes bases de données primaires pour produire les positionnements non-redondants combinés qui sont plus complets que les différentes bases de données et inclure également des données d'ordre de protéine des régions de codage traduites en ADN ordonnancez les bases de données.

HIBOU
NRDB

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Bioinformatics, Protocoles, Protéine Proteomics d'ARN d'ADN

Stations Intracellulaires