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Molécules de saisie de Microarray de protéine et leurs limitations

Puces de Microarray de protéine et d'anticorps

Molécules de saisie et leurs limitations - puces de protéine

Molécules de saisie et leurs limitations
            La forme la plus commune des alignements analytiques de protéine sont des microarrays d'anticorps dans lesquels des anticorps (ou les imitateurs d'anticorps) les antigènes spécifiques de ce grippage sont rangés sur une plaque en verre à une forte densité. Un lysate est passé au-dessus de l'alignement et l'antigène attaché est détecté après lavage. Le plus grand défi avec ces méthodes produit les réactifs qui identifient la protéine d'intérêt et avec haut assez de spécificité d'une mode de haut-débit.  Bien que les anticorps soient le réactif traditionnel du choix pour détecter des protéines dans les mélanges complexes, les sérums de polyclonal ne sont souvent pas spécifiques et sont chers de produire. En outre, la méthode conventionnelle de hybridoma de produire les anticorps monoclonaux fortement spécifiques est (8) long, laborieux et coûteux.
           
Plusieurs études utilisant des anticorps ont été récemment entreprises en dépit des obstacles en obtenant les anticorps spécifiques.  Dans une des plus grandes études jusqu'ici, Sreekumar et autres ont repèré 146 anticorps distincts sur le verre pour surveiller les alternances de la quantité de protéine en cellules de carcinome de deux points de LoVo. Leurs résultats ont indiqué le vers le haut-règlement induit par la radiation de beaucoup de protéines intéressantes, y compris p53, le facteur 40 et 45, ligand facteur-connexe de fragmentation d'ADN de nécrose de tumeur, aussi bien que les protéines vers le bas-réglées (58).

Jusqu'ici, la plupart des microarrays d'anticorps ont été produits avec des plusieurs douzaine ou quelques cent poly- ou monoclonaux anticorps disponibles dans le commerce.  Bien que les dizaines de milliers d'anticorps soient disponibles dans le commerce, ce nombre est insuffisant parce que pour la plupart des protéines il n'y a aucun anticorps disponible.  Le fait que beaucoup d'anticorps sont glycosylés et contiennent de grandes structures porteuses à base de protéines signifie qu'elles croix-réagissent souvent avec plus d'une protéine de cible.  Ceci peut contribuer à un grand nombre de positifs faux (9).  De ce fait un autre problème avait obtenu des anticorps de haut-spécificité.    

            Un du plus grand problème avec des alignements d'anticorps est spécificité. Les protéines sont souvent présentes dans un intervalle dynamique très étendu (106) ; ainsi, les réactifs qui pourraient avoir l'affinité élevée pour une protéine, mais sont basse affinité pour des autres détection immobile d'objet exposé de la protéine inférieure d'affinité si elle est (9) beaucoup plus répandu. Un groupe a étudié la capacité de 115 paires bien-caractérisées–d'antigène d'anticorps de réagir dans les microarrays à haute densité sur les plaques en verre modifiées. 30% des paires a montré les rapports linéaires prévus, indiquant qu'une fraction des anticorps convenaient à l'analyse quantitative (33). Beaucoup de groupes avaient employé des analyses de sandwich pour éviter ce problème.  Une analyse de sandwich est exécutée en repèrant le premier anticorps sur l'alignement et puis en détectant l'utilisation d'un deuxième anticorps qui identifie une partie différente des protéines. Cette approche augmente considérablement la spécificité de la détection d'antigène, mais a exigé que moindres deux anticorps de haute qualité existent pour que chaque antigène soit détecté (8).

Ensuite : Anticorps Microarrays : Problèmes et solutions

Références pour la protéine et l'anticorps Microarrays

De nouveau à :

Introduction et fond aux puces de protéine et aux puces d'anticorps.

Types de puces d'anticorps et de protéine