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Proteomics

L'information sur la façon dont le proteome ou l'ensemble de protéines dans une cellule est étudié.

Méthodes de Proteomoics

On estime que la teneur en protéines d'une cellule se compose des milliers de différents types de protéines avec un intervalle dynamique d'expression. La technologie qui actuel est utilisée comporte la recherche des éléments protéiques, le fractionnement de ce mélange très complexe, la protéolyse enzymatique de chaque espèces séparées et d'isolement, l'analyse spectrométrique de masse étendue et apparier finalement les données structurales produites contre une base de données des protéines connues ou des produits prévus d'expression de génome.

Ce procédé comporte une mesure initiale en utilisant 1 ou l'électrophorèse à deux dimensions (De). En utilisant 1-DE, des protéines sont séparées sur la base de la masse moléculaire ; la technique est reproductible et peut être utilisée pour des protéines dans l'intervalle de masse du kDa–10 300, mais a limité la résolution. Pour la séparation des mélanges plus complexes de protéine, 2-DE est la méthode préférée. Ceci implique de séparer les protéines d'abord selon leur charge nette par une étape de mise au point isoélectrique et puis, dans la deuxième dimension, selon leur masse moléculaire utilisant l'électrophorèse dodécylique de gel de sulfate-polyacrylamide de sodium (SDS-PAGE) qui donne un haut eciency de séparation.

 La spectrométrie de masse (MME.) est la méthode de choix pour l'identification des protéines séparées, et la spectrométrie de 2-DE et de masse représente maintenant une technologie par laquelle plusieurs mille protéines peuvent être séparées, détectées et identifiées d'une mode automatisée.

La méthodologie de Proteomics est au commencement faite par séparation et emplacement de protéine par 2-DE suivi de l'excision des protéines d'intérêt qui subissent alors la digestion protéolytique pour rapporter un mélange des fragments de peptide. Les peptides sont analysés par la spectrométrie de masse, utilisant au commencement MALDI-MS pour la détermination et la génération de masse moléculaires d'une empreinte digitale de la masse de peptide. Si la base de données recherchant à ce stade donne des résultats ambigus, une analyse spectrométrique de la deuxième masse, ESI-MS/MS, est employée pour produire de l'information d'ordre qui est utilisée pour une recherche plus rigoureuse de base de données.

Du spectre de la masse obtenu sur l'analyse du mélange de sommaire de protéine, la carte de la masse de peptide ou l'empreinte digitale de masse de peptide c.-à-d. les masses moléculaires des fragments de peptide, peut être assurée. Souvent, si l'ordre d'acide aminé est suffisamment seul et l'exactitude de masse suffisamment haut, la carte de masse peut être employée pour rechercher des bases de données 12–15 pour identifier la protéine avec succès sans besoin d'autres d'analyses. Si, cependant, la recherche de base de données mène aux résultats ambigus, alors d'autres analyses de MME., comportant l'utilisation de la spectrométrie de masse tandem (MS/MS), sont entreprises séquentiellement sur chaque peptide dans le mélange pour produire d'un ordre, ou ordre partiel, connu sous le nom d'étiquette d'ordre, pour ces peptides. Ceci est fréquemment réalisé par l'utilisation d'ESI-MS/MS19 et habituellement une étape supplémentaire de purification doit être exécutée pour séparer les peptides des sels et des détergents qui peuvent être présent qui causent l'atténuation du signal de peptide.

Davantage de base de données recherchant avec la masse moléculaire du peptide et l'information d'étiquette d'ordre devrait mener à l'identification non ambiguë de protéine.

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