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À la station moléculaire Bioinformatics, vous trouverez tous les programmes de bioinformatics que vous aurez besoin. Nous avons plus de 800 outils bioinformatic pour le bioinformatics d'ADN, le bioinformatics d'ARN, les outils bioinformatic de protéine Bioinformatics, et de Proteomic. Nous fournissons également des databses pour chacune de ces catégories afin de trouver facilement votre ordre d'intérêt de plusieurs bases de données d'ordre.

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L'analyse de Multimarker et l'imputation de la plateforme multiple mettre en commun-ont basé le génome... ont associé des articles

L'analyse de Multimarker et l'imputation de la plateforme multiple mettre en commun-ont basé des études génome-larges d'association.

Bioinformatics. 2008 juillet 10 ;

Auteurs : Homer N, Tembe WD, Szelinger S, Redman M, Stephan DA, Pearson JV, Nelson SF, Craig D

SOMMAIRE : Pour des beaucoup de l'association génome-large (GWA) étudie genotyping individuellement un million SNPs ou plus fournit une augmentation marginale d'assurance à un coût substantiel. Une grande partie de l'information obtenue est due redondant à la structure de corrélation inhérente au génome humain. Mettre des études basées de GWA a pu bénéficier de manière significative d'utiliser cette redondance pour réduire le bruit, pour améliorer l'exactitude des observations, et pour augmenter l'assurance genomic. Nous présentons une mesure de corrélation entre genotyping individuel et mettre, sous le même cadre que r(2) en commun fournit une mesure de déséquilibre de liaison entre les paires de SNPs. Nous enregistrons alors une nouvelle méthode de multi-lieux de multimarker de non-haplotype qui accroît la structure de corrélation entre SNPs dans le génome humain pour augmenter l'efficacité de mettre des études basées de GWA. Nous donnons d'abord un cadre et une dérivation théoriques de notre méthode de multimarker. Ensuite, nous évaluons des simulations en utilisant cette approche de multimarker par rapport à l'analyse simple de repère. En conclusion, nous évaluons expérimentalement notre méthode en utilisant différents groupes d'individus de HapMap sur le duo d'Illumina 450S, l'Illumina 550K, et l'Affymetrix 5.0 plateformes pour un total combiné de 1.333.631 SNPs. Nos résultats prouvent que l'utilisation de l'analyse de multimarker ramène le détail de bruit à mettre des études basées, tient compte de l'intégration efficace des plateformes microarray multiples, et fournit des mesures d'importance plus précises que l'analyse simple de repère. Supplémentaire, cette approche peut être étendue pour tenir compte d'imputer la signification d'association pour SNPs pas directement observé utiliser SNPs voisin dans le déséquilibre de liaison. Cette méthode de multimarker peut maintenant être employée de manière rentable pour achever des études mettre en commun-basées de GWA avec les plateformes multiples à travers plus d'un million en commun de SNPs et pour imputer SNPs voisin pesées pour la perte d'information due à mettre. L'INFORMATION SUPPLÉMENTAIRE : Les données supplémentaires sont disponibles chez Bioinformatics en ligne.

PMID : 18617537 [ PubMed - comme fourni par l'éditeur ]

En évaluant la ligne stabilité de cellules de CMT par le gel de polyacrylamide bidimensionnel élisez... a associé des articles

L'évaluation de la ligne stabilité de cellules de CMT par l'électrophorèse bidimensionnelle de gel de polyacrylamide et la spectrométrie de masse a basé l'analyse de proteome.

J Proteomics. 2008 juillet 21;71(2):160-167

Auteurs : Zhang K, Wrzesinski K, Fey SJ, Mose Larsen P, Zhang X, Roepstorff P

L'électrophorèse bidimensionnelle de gel de polyacrylamide (2-D PAGE) suivie de l'identification spectrométrique de masse des protéines dans les taches de protéine est devenue un outil central dans le proteomics. CMT167(H), CMT64(M) et CMT170(L) lignes de cellules, choisies parmi un adénocarcinome spontané de poumon de souris, avec la haute -, le potentiel moyen- ou bas-metastatic ont été caractérisés in vivo. Dans cette étude, les profils complets d'expression de protéine des lignes de cellules de CMT ont été analysés aux passages 5, 15 et 35 afin d'évaluer la ligne stabilité de cellules. Pendant les passages 5 à 15, les profils d'expression des cellules de CMT sont demeurés raisonnablement stables comme démontré par seulement la 0.7%, 3.9% et 1.1% protéine changée en CMT167(H), CMT64(M) et CMT170(L) respectivement. Cependant, le nombre de protéines différentiel exprimées ont été considérablement augmentés au passage 35 en CMT64(M) et CMT170(L) tandis que CMT167(H) restait stable. Basé sur nos critères de sélection, 22, 109 et 84 taches en CMT167(H), CMT64(M) et CMT170(L) ont été choisies pour l'identification de protéine par la MME. et 99 seules protéines ont été identifiées. L'analyse de Bioinformatics a indiqué que la plupart de ces protéines participent au métabolisme cellulaire. En conclusion, le proteomics s'est avéré un outil utile pour évaluer des différences dans la ligne stabilité de cellules. Cette approche a fourni un outil pour choisir la meilleure ligne de cellules et la période optimale de culture secondaire pour des études de cancer a associé des phénomènes et pour tester l'effet des drogues anticancéreuses potentielles.

PMID : 18617143 [ PubMed - comme fourni par l'éditeur ]

La marque de FLXtrade de compteur séquentiel de génome Système-Longue lit, plus d'applications, rue... a associé des articles

La marque de FLXtrade de compteur séquentiel de génome Système-Longue lit, plus d'applications, de bioinformatics franc et de Modem plus complets.

J Biotechnol. 2008 juin 21 ;

Auteurs : Droege M, Colline B

Le système du compteur séquentiel FLX de génome (GS FLX), actionné par 454 ordonnançant, est une ADN de la deuxième génération ordonnançant la technologie comportant un seul mélange de long lit, exactitude exceptionnelle, et débit ultra-haut. On s'est avéré qu'est le plus souple de toutes les technologies d'ordonnancement de la deuxième génération actuellement disponibles, supportant beaucoup d'études de profil haut dans plus de sept catégories d'applications. Les utilisateurs de GS FLX ont poursuivi la recherche innovatrice en de novo ordonnançant, re-ordonnançant des génomes entiers et des régions d'ADN de cible, metagenomics, et analyse d'ARN. 454 l'ordonnancement est un outil puissant pour la recherche humaine de la génétique, re-ayant récemment ordonnancé le génome d'un humain individuel, re-ordonnançant actuel l'exome humain complet et après avoir visé des régions genomic en utilisant le processus de saisie d'ordre de NimbleGen, et après avoir détecté des mutations somatiques de basse fréquence jointes au cancer.

PMID : 18616967 [ PubMed - comme fourni par l'éditeur ]

[ la prévision des protéines externes de membrane à l'aide de la machine de vecteur de support avec le peigne... a associé des articles

[ prévision des protéines externes de membrane à l'aide de la machine de vecteur de support avec les dispositifs combinés ]

Gong Cheng Xue Bao de Sheng Wu. 2008 Apr;24(4):651-8

Auteurs : Zou L, Wang Z, Wang Y

Des protéines externes de membrane (OMPs) sont encastrées dans la membrane externe des bactéries, des mitochondries, et des chloroplastes gramnégatifs. L'emplacement cellulaire et la diversité fonctionnelle d'OMPs leur fait une classe importante de protéine. Recherche sur la prévision d'OMPs par des méthodes de bioinformatics peut apporter des méthodologies utiles pour identifier OMPs des ordres genomic et pour la prévision réussie de leurs structures secondaires et tertiaires. En cet article, trois classes de dispositif ont été calculées à partir des ordres de protéine : compositions en acides aminés, compositions en dipeptide et coefficients de corrélation pesés d'incrément d'acide aminé. Puis, trois classes de dispositif ont été combinées et entré dans une machine de vecteur de support (SVM) a basé le prédiseur pour identifier OMPs d'autres types se pliants de protéines. Les résultats de la discrimination utilisant plusieurs dispositifs combinés comprenant quatre catégories d'incrément d'acide aminé ont été calculés, et l'influence sur l'exactitude de discrimination en utilisant différents coefficients de corrélation avec différents commandes et poids a été discutée. En essais croix-validés et essais indépendants pour identifier OMPs d'un ensemble de données de 1087 protéines appartenant à tous les différents types de protéines globulaires et de membrane, la méthode utilisant les dispositifs combinés obtient une exactitude globale de 96.96% et de 97.33% respectivement. Et ces résultats surpassent cela d'autres méthodes dans la littérature. En utilisant cette méthode, des spécificités élevées sont montrées des résultats d'identifier OMPs en cinq génomes bactériens, et plus de 99% OMPs avec les structures tridimensionnelles connues dans la base de données de PDB sont correctement distingués. Ces résultats indiquent que la méthode est un outil puissant pour la discrimination d'OMPs en génomes.

PMID : 18616178 [ PubMed - dans le processus ]

[ la détection rapide de l'aernginosa de pseudomonas par la fluorescence T quantitatif... a associé des articles

[ détection rapide d'aernginosa de pseudomonas par l'analyse quantitative de TaqMan PCR de fluorescence targetting le gène d'ETA ]

Gong Cheng Xue Bao de Sheng Wu. 2008 Apr;24(4):581-5

Auteurs : Xiao X, Zhang J, Gong J, Casserole Y, Yu Y, Yang X, Wu H

L'aernginosa de pseudomonas (PA) est l'un des microbes pathogènes les plus universels dans le diagnostic clinique, et analyse conventionnelle de détection a beaucoup d'inconvénients. Dans cette recherche, une paire d'amorces spécifiques et un TaqMan la sonde que fluorescente ont été conçues dans la région conservatrice du gène d'ETA par la méthode d'analyse de bioinformatics, la méthode de détection pour la PA ont été avec succès développés. Différentes concentrations en gradient de l'ADN de PA et de la diverse ADN de microbe pathogène ont été amplifiées par la fluorescence PCR quantitatif (FQ-PCR) pour confirmer la spécificité et la sensibilité de la méthode développée. Les résultats ont prouvé que l'analyse développée de détection est plus sensible et détail par comparaison à la méthode conventionnelle de FQ-PCR, et elle est valeur pour des perspectives de recherches et d'application.

PMID : 18616166 [ PubMed - dans le processus ]