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À la bio-informatique moléculaire de station, vous trouverez tous les programmes de bio-informatique que vous aurez besoin. Nous avons plus de 800 outils bioinformatic les outils bioinformatic pour d'ADN bio-informatique, de bio-informatique d'ARN, de bio-informatique de protéine, et de Proteomic. Nous fournissons également des databses pour chacune de ces catégories afin de trouver facilement votre ordre d'intérêt de plusieurs bases de données d'ordre.
Notre base de données d'outils de Bioinformatic a tous les outils bioinformatic que vous aurez besoin jamais et inclut des programmes temps réel et des outils en fonction :
Sélection des siRNAs de hyperfunctional avec le pouvoir et la spécificité améliorés.
Recherche d'acides nucléiques. 21 octobre 2009 ;
Auteurs : Wang X, Wang X, Varma RK, Beauchamp L, Magdaleno S, Sendera TJ
Une étape critique dans des expériences d'interférence d'ARN (RNAi) est de concevoir petit RNAs de intervention (siRNAs) qui peut considérablement réduire l'expression des transcriptions de cible, mais pas d'autres cibles fortuites. Bien que de diverses approches statistiques et de calcul aient été essayées, ceci reste des chercheurs d'un RNAi de revêtement de défi. Ici, nous présentons une nouvelle méthode expérimentalement validée pour la conception de siRNA. En analysant des données publiques de siRNA et en se concentrant sur des siRNAs de hyperfunctional, nous avons identifié un ensemble de dispositifs d'ordre comme des critères de sélection de pouvoir pour établir un algorithme de conception de siRNA avec des machines de vecteur de support. Des filtres supplémentaires de bio-informatique ont été également inclus dans l'algorithme pour augmenter la spécificité de RNAi en réduisant la croix-hybridation potentielle d'ordre ou microRNA-comme des effets. Des expériences indépendantes de validation ont été exécutées, qui ont indiqué que les siRNAs nouvellement conçus ont sensiblement amélioré l'exécution, et effectivement fonctionnées même à de basses concentrations. En outre, nos études cellulaires ont expliqué que les effets de hors fonction-cible de siRNA ont été sensiblement réduits quand les siRNAs ont été fournis dans des cellules à la concentration de 3 nanomètre comparée à 30 nanomètre. Ainsi, la capacité de notre nouveau programme de conception pour choisir les siRNAs fortement efficaces rend également la spécificité accrue de RNAi parce que ces siRNAs peuvent être utilisés à une concentration beaucoup inférieure. Le web server de conception de siRNA est disponible chez http://www5.appliedbiosystems.com/tools/siDesign/.
PMID : 19846596 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
Interrogation visée de variation de nombre de copie utilisant SCIMMkit.
Bio-informatique. 21 octobre 2009 ;
Auteurs : Zerr T, GM de tonnelier, Eichler EE, Nickerson DA
RÉSUMÉ : les variantes de Copie-nombre (CNVs) contribuent sensiblement à la diversité genomic humaine, et à l'élaboration des méthodes précises et efficaces pour CNV genotyping est un problème central en explorant des associations humaines de génotype-phénotype. SCIMMkit fournit une mise en place robuste et intégrée de trois algorithmes précédemment validés (SCIMM, SCIMM-Recherchent, et SCOUT) pour l'interrogation visée de CNVs utilisant des analyses d'Illumina Infinium II et de GoldenGate SNP. SCIMMkit s'applique aux alignements génome-larges normalisés de SNP et aux panneaux multiplexés personnalisés de SNP, fournissant l'économie, l'efficacité, et la flexibilité dans le plan d'expérience. DISPONIBILITÉ : Le code source et la documentation sont disponibles pour l'usage non commercial chez http://droog.gs.washington.edu/scimmkit. CONTACT : INFORMATIONS SUPPLÉMENTAIRES de troyz@u.washington.edu : Les données supplémentaires sont disponibles à la bio-informatique en ligne.
PMID : 19846438 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
Génie génétique normal du virus NS5A de l'hépatite C pour l'contre - attaque de système immunitaire.
Ann N Y Acad Sci. 2009 oct. ; 1178 : 173-85
Auteurs : EL Hefnawi millimètre, EL Behaidy WH, Youssif aa, Ghalwash AZ, LA d'EL Housseiny, Zada S
La protéine 5A (NS5A) nonstructural de virus de l'hépatite C est une phosphoprotéine hydrophile avec des fonctions diverses. L'attribution de domaine de NS5A avait été raffinée utilisant un systématique dans l'approche de bio-informatique de silico utilisant DOMAC, la protéine est divisée en trois domaines et le domaine III est subdivisé en deux subdomains utilisant des serveurs de ProDom et de SSEP. La structure de pli pour des domaines II et III ont été prévues utilisant le méta-serveur 3D-Jury. Les bases de données de motif de lecture (INTELLIGENTES, des BLOCS, et PROSITE) ont donné de nouveaux motifs. Deux motifs importants, les motifs d'interaction des interleukins 1 et 8, concernant la fonction de NS5A en incitant l'instigateur de l'interleukin 8, ont été découverts du balayage de BLOCS. des motifs d'interaction de Protéine-protéine ont été prévus en tant que les boucles chaudes et régions désordonnées, correspondant aux régions obligatoires à la kinase R de ds-protéine, à la polymérase virale, et à l'homologie de Src 3 protéines de signalisation liant le motif. D'autres boucles chaudes ont été prévues dans la région V3 et dans le motif ADN-contraignant monocatenaire de protéine. Les différents mécanismes par lesquels la protéine de NS5A mène au dysfonctionnement de signalisation de système immunitaire indique le génie génétique normal de cette protéine.
PMID : 19845637 [PubMed - dans le processus]
Le gène humain d'ADFP est un gène direct de cible de LXR et différentiel réglé par les ligands synthétiques de LXR.
Mole de Pharmacol. 20 octobre 2009 ;
Auteurs : Kotokorpi P, Venteclef N, Ellis E, Gustafsson JA, mode A
Expression de la protéine différentiation-connexe d'adipocyte (ADFP), résidant sur la surface des gouttelettes de lipide, corrélations à la grosse mémoire hépatique. Dans le cadre des conséquences et du traitement des désordres métaboliques, y compris le steatosis hépatique, il est impératif d'acquérir des connaissances au sujet du règlement du gène humain d'ADFP. Le foie-X-récepteur nucléaire de récepteur (LXR) est un régulateur principal de biosynthèse d'acide gras et d'homéostasie hépatiques de cholestérol, et une cible potentielle de drogue. Ici, nous enregistrons que deux ligands synthétiques de LXR règlent différemment l'expression humaine d'ADFP. L'agoniste partiel GW3965 de LXR induit de manière significative l'expression d'ADFP dans les hepatocytes primaires humains tandis que le plein agoniste T0901317 ne fait pas. L'analyse de bio-informatique a indiqué plusieurs éléments potentiels de réponse de LXREs (LXREs) dans le gène humain d'ADFP. En utilisant des analyses de journaliste d'immunoprécipitation (puce) et de luciferase de chromatine, nous affichons que LXR, sur la stimulation avec GW3965, règle directement la transcription humaine d'ADFP en liant à LXREs situé dans les 3 (« ) UTR et les 5 ( ») - des régions de flanquement. Le recrutement ligand-stimulé de LXR a été associé au recrutement de l'ARN polymérase II et aux coactivators CBP/p300 à la région d'instigateur expliquant que le LXREs identifié peuvent fonctionnel et induire la transcription. D'ailleurs, nos résultats prouvent que l'identité d'ordre des répétitions de hexamer dans les éléments DR4 n'est pas suffisante pour déterminer si l'élément lie ou pas lie LXR. L'agoniste partiel GW3965 règle spécifiquement la transcription de gène d'ADFP et nos données montrent que les deux agonistes synthétiques de LXR, utilisés généralement dans la recherche expérimentale, peuvent différentiel régler l'expression de gène. Ceci a des implications pour l'optimisation pharmaceutique de LXR.
PMID : 19843633 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
Pathema : un centre clade-spécifique de ressource de bio-informatique pour la recherche de microbe pathogène.
Recherche d'acides nucléiques. 20 octobre 2009 ;
Auteurs : Brinkac LM, Davidsen T, bac de teinture E, Ganapathy A, Caler E, Dodson RJ, Durkin COMME, Harkins DM, Lorenzi H, Madupu R, Sebastian Y, Shrivastava S, Thiagarajan M, Orvis J, Sundaram JP, Crabtree J, Galens K, Zhao Y, Inman JM, Montgomery R, Schobel S, Galinsky K, Tanenbaum DM, Resnick A, Zafar N, O blanc, Sutton G
Pathema (http://pathema.jcvi.org) est l'un des huit centres de ressource de bio-informatique (BRCs) financés par l'institut national de l'allergie et de la maladie infectieuse (NIAID) conçues pour servir de ressource de noyau à la communauté de la recherche de la bio-défense et de maladie infectieuse. Pathema tâche de supporter la recherche fondamentale et d'accélérer le progrès scientifique pour l'arrangement, détectant, diagnostiquant et traitant un ensemble établi de six microbes pathogènes à C.A. de catégorie de la cible NIAID : Microbes pathogènes prioritaires de la catégorie A ; Microbes pathogènes botulinum de bacillus anthracis et de clostridium, et de la catégorie B prioritaires ; Mallei de Burkholderia, pseudomallei de Burkholderia, histolytica de Clostridium perfringens et d'Entamoeba. Chaque microbe pathogène de cible est représenté dans une de quatre ressources clade-spécifiques distinctes de Web de Pathema et de bases de données fondamentales élaborées pour viser les besoins spécifiques de données et d'analyse de la chaque communauté scientifique. Tous publiquement - des projets complets disponibles de génome des organizations phylogénétique relatives sont également représentés, fournissant une collection complète d'organizations pour des analyses comparatives. Pathema facilite l'exploration scientifique des données genomic et relatives par son intégration avec les outils d'analyse basés sur le WEB, personnalisée pour obtenir, afficher, et calculer des résultats concernant la recherche continue de microbe pathogène. Pathema sert la communauté de la recherche de la bio-défense et de maladie infectieuse en diffusant des données résultant du génome de microbe pathogène ordonnançant des projets et permettant d'accéder aux résultats des comparaisons inter-genomic pour ces organizations.
PMID : 19843611 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
La ressource universelle de protéine (UniProt) en 2010.
Recherche d'acides nucléiques. 20 octobre 2009 ;
Auteurs :
La mission primaire d'UniProt est de supporter la recherche biologique en mettant à jour un stable, complet, entièrement classifié, richement et la base de connaissances exactement annotée d'ordre de protéine, avec des correspondances étendues et la question relie librement accessible en communauté scientifique. UniProt est produit par le consortium d'UniProt qui se compose des groupes de l'institut européen de bio-informatique (EBI), de l'institut suisse de la bio-informatique (SIB) et de la ressource en information de protéine (PIR). UniProt est composé de quatre composants importants, chacun optimalisé pour différents usages : les archives d'UniProt, la base de connaissances d'UniProt, les batteries et l'UniProt Metagenomic et base de données environnementale de référence d'UniProt d'ordre. UniProt est mis à jour et a distribué toutes les 3 semaines et peut être consulté en ligne pour des recherches ou le téléchargement chez http://www.uniprot.org.
PMID : 19843607 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
TriTrypDB : une ressource genomic fonctionnelle pour le Trypanosomatidae.
Recherche d'acides nucléiques. 20 octobre 2009 ;
Auteurs : Aslett M, Aurrecoechea C, Berriman M, Brestelli J, Brunk BP, Carrington M, DP de Depledge, Fischer S, Gajria B, Gao X, Gardner MJ, Gingle A, Grant G, OS de Harb, Heiges M, Hertz-Fowler C, Houston R, Innamorato F, Iodice J, Kissinger JC, Kraemer E, Li W, Logan FJ, Miller JA, Mitra S, Myler PJ, Nayak V, Pennington C, Phan I, Pinney DF, Ramasamy G, mb de Rogers, Roos DS, Ross C, Sivam D, Smith DF, Srinivasamoorthy G, Stoeckert CJ, Subramanian S, Thibodeau R, Tivey A, Treatman C, Velarde G, Wang H
TriTrypDB (http://tritrypdb.org) est une base de données intégrée permettant d'accéder à génome-mesurent des ensembles de données pour des parasites de kinetoplastid, et supporter une série de requêtes de complexe pilotées par les besoins de recherche et développement. TriTrypDB est un projet de collaboration, utilisant l'infrastructure de calcul de GUS/WDK développée par le centre eucaryotique de ressource de bio-informatique de microbe pathogène (EuPathDB.org) pour intégrer l'annotation et les analyses de génome de GeneDB et ailleurs avec une large variété d'ensembles de données fonctionnels de génomique rendus disponibles par des membres de la communauté de la recherche globale, souvent pré-publication. Actuel, TriTrypDB intègre des ensembles de données de braziliensis de Leishmania, d'infantum de L., de commandant de L., de tarentolae de L., de brucei de Trypanosoma et de cruzi de T. Les utilisateurs peuvent examiner différents gènes ou envergures chromosomiques dans leur contexte genomic, y compris des cadrages syntenic avec d'autres organizations de kinetoplastid. Des données dans TriTrypDB peuvent être interrogées utilisant un système sophistiqué de stratégie de recherche qui permet à un utilisateur de construire des requêtes complexes combinant les types de données multiples. Toutes les stratégies de recherche sont enregistrées, permettant le futur accès et les recherches intégrées. Des « commentaires d'utilisateur » peuvent être ajoutés à n'importe quelle page de gène, améliorant l'annotation disponible ; de tels commentaires deviennent immédiatement rechercheables par l'intermédiaire de la recherche des textes, et sont expédiés aux conservateurs pour l'incorporation dans l'annotation de référence si appropriés.
PMID : 19843604 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
Distribution sous-cellulaire des protéines Queue-Ancrées dans Arabidopsis.
Le trafic. 17 septembre 2009 ;
Auteurs : Kriechbaumer V, Shaw R, Mukherjee J, Bowsher CG., Harrison AM, nomenclature d'Abell
Fonction des protéines (TA) Queue-ancrée par abstrait dans les processus cellulaires principaux en cellules eucaryotiques, telles que le trafic de vésicule, la translocation de protéine et le règlement de la transcription. Ils ancrent aux membranes internes de cellules par courant alternatif - le domaine terminal de transmembrane, qui sert également d'ordre de optimisation. L'optimisation se produit poteau-de translation, par l'intermédiaire des voies qui sont spécifiques au précurseur, qui fait à des protéines de TA un système modèle pour étudier l'optimisation poteau-de translation de protéine. Des approches de bio-informatique ont été précédemment employées pour identifier les protéines potentielles de TA dans la levure et des humains, pourtant peu est connu au sujet des protéines de TA aux usines. L'identification des protéines de TA d'usine est importante pour étendre le système modèle poteau-de translation aux plastids, en plus de la caractérisation générale de proteome, et l'identification des homologues fonctionnels caractérisés dans d'autres organizations. Nous avons identifié 454 lieux qui encodent potentiellement des protéines de TA dans Arabidopsis, et les données éditées combinées avec la nouvelle localisation expérimentent pour assigner des localisations à 130 protéines, y compris 29 liés aux plastids. En analysant les ordres de point d'attache de queue des protéines caractérisées, nous avons développé un outil pour prévoir la localisation et estimons que 138 protéines de TA sont localisées aux plastids.
PMID : 19843281 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
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