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Outils de cadrage et de visualisation d'ordre
| BoxShade - http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html Impression et ombrage des fichiers multiples de cadrage. - [Lu plus de BoxShade] |
| Serveur de CHAOS/DIALIGN WWW - http://dialign.gobics.de/chaos-dialign-submission Le serveur de CHAOS/DIALIGN WWW est un site multiple de cadrage d'ordre qui passe des ordres d'entrée par le CHAOS pour créer une liste de similarites locaux. Ces similitudes servent de points d'attache, permettant à DIALIGN de conduire des cadrages globaux plus rapidement. L'ABC peut - [indiqué plus de serveur de CHAOS/DIALIGN WWW] |
| GRAVEZ - http://cbrmain.cbr.nrc.ca/EMBOSS/ en refief Suite diverse des outils pour l'analyse d'ordre ; beaucoup de programmes analogues à GCG ; aide sensible au contexte pour chaque outil. - [Lu plus GRAVEZ EN REFIEF] |
| GeneDoc - http://www.psc.edu/biomed/genedoc/ Éditeur de cadrage d'ordre, analyseur et utilitaire multiples d'ombrage pour Windows. - [Lu plus de GeneDoc] |
| GraphAlign - http://darwin.nmsu.edu/cgi-bin/graph_align.cgi Fournit les représentations graphiques des cadrages globaux de ClustalW par paires pour la requête et des ordres soumis de type recherches de SOUFFLE. La représentation graphique fournit des informations sur des sections de qualité du cadrage global. - [Lu plus de GraphAlign] |
| JOIE - http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~joy/ Programme pour afficher l'information 3D structurale en cadrage multiple d'ordre. - [Lu plus de JOIE] |
| Mauve - http://gel.ahabs.wisc.edu/mauve/documentation.php Le mauve est un outil logiciel autonome pour construire des cadrages multiples de génome. - [Plus mauve lus] |
| Seaview - http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html SeaView est un éditeur multiple graphique de cadrage d'ordre qui peut lire et écrire de divers formats de cadrage (CONNEXION, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE). Il laisse éditer manuellement le cadrage, et lancer également des programmes de DOT-PLOT ou de CLUSTALW aux gens du pays - [lu plus de Seaview] |
| SequenceJuxtaposer - http://www.cs.ubc.ca/~tmm/papers/sj/ SequenceJuxtaposer est un outil pour visualiser et comparer des ordres biomoléculaires. Utilise une technique de visualisation appelée le schéma d'accordéon qui permet à des utilisateurs de changer de plan dans des régions d'intérêt pour les cadrages. - [Lu plus de SequenceJuxtaposer] |
| SeqVISTA - http://zlab.bu.edu/SeqVISTA/ Outil pour la visualisation et la comparaison de dispositif d'ordre ; intègre avec Internet Explorer ; reçoit les fichiers plats de GenBank, HTML de GenBank, fichiers de FASTA ; les connexions existent pour la visualisation de la sortie de RepeatMasker, de PsiPred, et de Cister. - [Lu plus de SeqVISTA] |
| COURROIE - http://www.charite.de/bioinf/strap/ Le programme structural de cadrage pour des protéines (COURROIE) est un programme Java-basé qui peut être lancé au-dessus du Web utilisant un navigateur permis par début de Web de Java ou être téléchargé et passage comme application autonome. Des cadrages peuvent être faits utilisant une de plusieurs méthodes, inc. - [lu plus de COURROIE] |
| WAViS - http://wavis.img.cas.cz/ Le serveur de visualisation de cadrage de Web (WAViS) fournit de divers outils de Web pour améliorer la présentation des cadrages multiples d'ordre d'acide aminé ou de nucléotide. - [Lu plus de WAViS] |
| WebLogo - http://weblogo.berkeley.edu/ WebLogo permet à on de créer les représentations graphiques (logos d'ordre) des cadrages multiples d'ordre. Ceci peut être fait du site Web et le code source pour WebLogo est également disponible pour le téléchargement. - [Lu plus de WebLogo] |
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