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Outils d'analyse de cadrage d'ordre
| POINTS CULMINANTS - http://acmes.rnet.missouri.edu/ Les POINTS CULMINANTS (engine assortie contente avancée pour des ordres) est un serveur qui peut être utilisé pour rechercher des répétitions courtes (entre 3 et 10 000 bases) à travers des espèces multiples. Les utilisateurs peuvent limiter des résultats d'une recherche par des recherches par mot-clé. - [Lu plus de POINTS CULMINANTS] |
| Ordre du jour - http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/agenda/ L'ordre du jour est un outil de Web qui compare les ordres genomic des organizations evolutionarily relatives afin de faire des prévisions de gène. Il prend des paires d'ordres genomic comme entrée, aligne les ordres, et fait des prévisions basées sur des signaux d'épissure, début et - [lu plus d'ordre du jour] |
| ASmodeler - http://genome.ewha.ac.kr/ECgene/ASmodeler/ Gène modelant le serveur qui se concentre sur la modélisation de l'épissure alternative. Il est basé sur le cadrage de l'ADN messagère, de l'est et des ordres de protéine et combine l'assemblage génome-basé de groupement et de transcription. Supporte des génomes d'humain, de souris et de rat. - [Lu plus d'ASmodeler] |
| ConSurf - http://consurf.tau.ac.il/ Le serveur de ConSurf permet à on de tracer des niveaux de protéine connue d'économie d'acide aminé structure des zones d'étude d'importance fonctionnelle potentielle sur la surface de la protéine. Un fichier d'APB est exigé comme entrée, et un ordre multiple alignmen - [lu plus de ConSurf] |
| CRASP - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/crasp/ L'analyse de corrélation des substitutions d'acide aminé dans les ordres de protéine (CRASP) prend des cadrages multiples des ordres d'acide aminé comme entrée, et détecte les substitutions coordonnées de résidu. Ces substitutions peuvent suggérer l'évolution dépendante de fonctionnel - [lu plus de CRASP] |
| Navigateur de caisse enregistreuse électronique - http://ecrbrowser.dcode.org/ Le navigateur de caisse enregistreuse électronique (régions économisées évolutionnaires) est un outil basé sur le WEB pour visualiser et diriger par des cadrages entiers de génome de plusieurs espèces vertébrées. Les utilisateurs peuvent également soumettre des ordres pour le cadrage avec un des génomes représentés. - [Lu plus de navigateur de caisse enregistreuse électronique] |
| eShadow - http://eshadow.dcode.org/ Un outil pour la filature phylogénétique des ordres multiples des espèces étroitement liées. Ceci des analyses des cadrages multiples d'ordre peut être employé pour prévoir les éléments fonctionnels putatifs. - [Lu plus d'eShadow] |
| Gobelet - http://goblet.molgen.mpg.de/ Le gobelet permet à l'utilisateur DE SOUFFLER un ou plusieurs des ordres de protéine ou de nucléotide contre les bases de données qui ont des ordres tracés aux limites d'Ontology de gène (ALLEZ). Des résultats peuvent être visualisés pour différents ordres, ou comme statistiques d'étude pour le groupe si plus d'un s - [indiqué plus de gobelet] |
| Godzilla - http://pipeline.lbl.gov/ La canalisation a.k.a. Godzilla de génome de Berkeley, fournit les traçages precomputed de VISTA de l'économie d'ordre entre les paires de l'humain, la souris ou les génomes de rat. - [Lu plus de Godzilla] |
| LowComplexity - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/low_complexity/ LowComplexity est un outil qui recherche de basses régions de complexité des ordres d'ADN ou de protéine. Utilisant LowComplexity vous pouvez rechercher de longs ordres (chromosomes, génomes) ou un ensemble d'ordres alignés. Cette ressource contient également des liens à d'autres algorithmes f - [lu plus de LowComplexity] |
| MAVL/StickWRLD - http://www.microbial-pathogenesis.org/stickwrld/ L'éditeur de liens multiple de variation de cadrage (MAVL) examine un ensemble pré-aligné d'ordres de nucléotide ou de protéine et détecte des corrélations positives et négatives d'interpositional. Les résultats peuvent alors être visualisés comme représentation de StickWRLD. - [Lu plus de MAVL/StickWRLD] |
| PDA - http://pda.uab.es/ PDA (analyse de diversité de canalisation) est un serveur qui recherche des ordres polymorphes dans de grandes bases de données, et estime leur diversité génétique. Les résultats contiennent des cadrages d'ordre (produits par ClustalW) et incluent des statistiques sur le polymorphisme, synonymo - [lu plus de PDA] |
| PipMaker - http://bio.cse.psu.edu/ PipMaker calcule des cadrages des régions semblables dans deux ordres d'ADN. MultiPipMaker permet à l'utilisateur de voir des rapports parmi plus de deux ordres. - [Lu plus de PipMaker] |
| Visqueux - http://viscose.ifg.uni-muenster.de/ La viscose (visualisation et comparaison des séquences consensus) est un outil basé sur le WEB qui prend un ensemble d'ordres (alignés ou unaligned) et calcule une séquence consensus et les cadences d'économie pour le cadrage d'ordre, produisant un facile à l'interpre - [plus visqueux lus] |
| VISTA - http://www-gsd.lbl.gov/vista/ Ensemble d'outils pour la génomique comparative ; permet la visualisation de longs cadrages d'ordre d'ADN de 2 espèces ou plus avec l'information d'annotation ; capable de combiner la recherche de base de données d'accepteur de facteur de transcription avec l'analyse comparative d'ordre. - [Lu plus de VISTA] |
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