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Prévision de structure secondaire d'ARN. la ' structure 2 de l'ARN utilisant M-Se plient, mfold, outils bioinformatic en ligne et logiciel pour prévoir des boucles de pliage et en épingle à cheveux d'ARN.
| CARNAC - http://bioinfo.lifl.fr/carnac Le serveur qui prévoit a économisé des éléments de structure secondaire de RNAs homologue. L'entrée d'un ensemble d'ordres d'ARN ne sont pas exigées pour être précédemment alignées. - [Lu plus de CARNAC] |
| DEQOR - http://cluster-1.mpi-cbg.de/Deqor/deqor.html Usinez qui facilite la conception et le contrôle de qualité de petit RNAs de intervention (siRNAs) pour l'interférence d'ARN (RNAi) et l'amortissement de gène. Il évalue le pouvoir inhibiteur des ordres potentiels de siRNA aussi bien qu'identifier les régions de gène qui ont un sil élevé - [lu plus de DEQOR] |
| ERPIN - http://tagc.univ-mrs.fr/erpin/ ERPIN (identification facile de profil d'ARN) prend comme entrée un cadrage d'ordre d'ARN et une annotation de structure secondaire et identifiera une large variété de motifs connus d'ARN (tels que des tRNAs, des rRNAs 5S, des snoRNAs de cadre d'ARN de SRP, de C/D, des motifs de poisson-marteau, des miRNAs et l'othe - [lu plus d'ERPIN] |
| ILM - http://cic.cs.wustl.edu/RNA/ Le serveur qui fournit la boucle réitérée s'assortissant et le maximum ont pesé des algorithmes assortis pour le pseudoknot contenant la prévision de structure secondaire d'ARN. Les algorithmes peuvent appliquer l'information thermo-dynamique et comparative, et peuvent être utilisés ainsi pour ou aligné ou - [lu plus d'ILM] |
| Kinefold - http://kinefold.u-strasbg.fr/ Kinefold calcule (et anime) la cinétique se pliante des ordres d'ARN comprenant des pseudoknots. - [Lu plus de Kinefold] |
| Mfold - http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold/old/rna/ Prévoyez la structure secondaire d'ARN de l'ordre ; ne prévoit pas des pseudoknots - voir le PKNOTS. - [Lu plus de Mfold] |
| MolMovDB - http://molmovdb.org/ La base de données des mouvements macromoléculaires (MolMovDB) contient une collection de protéine et de structures animated d'ARN pour aider à l'exploration de la flexibilité macromoléculaire. Le logiciel pour l'analyse de structure est également disponible. - [Lu plus de MolMovDB] |
| MOLPROBITY - http://kinemage.biochem.duke.edu/molprobity/main.php?use_king=1 MOLPROBITY est une analyse de structure et un programme de validation qui peut calculer et afficher stérique, une H-liaison, et des interactions de van der Waals pour les structures connues des protéines, des acides nucléiques, et des complexes. - [Lu plus de MOLPROBITY] |
| PKNOTS - http://www.genetics.wustl.edu/eddy/software/#pk Prévoyez les structures de pseudoknot dans l'ordre d'ARN ; code source seulement. - [Lu plus de PKNOTS] |
| RDfolder - http://rna.cbi.pku.edu.cn:1977/rna/index.php Un programme de prévision de structure secondaire d'ARN qui applique deux méthodes, un a basé sur l'empilement aléatoire et l'autre basé sur des distributions hélicoïdales de région. - [Lu plus de RDfolder] |
| RNAfold - http://www.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi Prévoyez la structure secondaire d'ARN de l'ordre ; notez la limite de longueur d'ordre. - [Lu plus de RNAfold] |
| RNAsoft - http://www.rnasoft.ca/ Logiciel pour la prévision et la conception de structure secondaire de RNA/DNA - [lu plus de RNAsoft] |
| Sfold - http://sfold.wadsworth.org Serveur avec trois outils pour la conception raisonnable de petit RNAs de intervention (Sirna), d'oligonucléotides antisens (Soligo), et de transport-fendre des ribozymes (Sribo). Un quatrième outil, Srna, renvoie la sortie comprenant les dispositifs se pliants généraux. - [Lu plus de Sfold] |
| siDirect - http://design.RNAi.jp/ Serveur pour calculer les petits ordres de intervention d'ARN (siRNA) qui sont plus adaptés pour l'interférence mammifère d'ARN (RNAi). Le site reçoit un ordre comme entrée et renvoie une liste de candidats de siRNA. - [Lu plus de siDirect] |
| serveur de sélection de siRNA - http://jura.wi.mit.edu/bioc/siRNA Serveur facilitant la conception de RNAs de intervention court (siRNAs) en fournissant des informations sur la stabilité, le SNPs et la spécificité d'un siRNA potentiel. - [Lu plus de serveur de sélection de siRNA] |
| siRNAdb - http://sirna.cgb.ki.se/ Cette ressource inclut le siSearch, l'AOSearch, et un siRNAdb qui fournit une plate-forme pour le mien d'une base de données de siRNA, et rechercher les allumettes non spécifiques à votre siRNA (petit RNAs de intervention). - [Lu plus de siRNAdb] |
| SStructView - http://smi-web.stanford.edu/projects/helix/sstructview/ Applet de visualisateur de structure secondaire d'ARN ; doit être intégré dans la page Web à mettre en application ; peut lier à de calcul multiple centralise. - [Lu plus de SStructView] |
| MARCHÉ - http://www.cellbio.unige.ch/RNAi.html Aides Oligo de créateur de T7 RNAi (MARCHÉ) dans la conception des oligonucléotides d'ADN pour la synthèse de intervention courte d'ARN (siRNA) avec de l'ARN polymérase T7. Il prend une entrée d'un ordre de cDNA et sort une liste d'oligos d'ADN pour la commande. - [Lu PLUS MARCHÉ] |
| Module d'ARN de Vienne - http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ Comporte la bibliothèque de code de courant alternatif et plusieurs programmes autonomes pour la prévision et la comparaison des structures secondaires d'ARN. - [Lu plus de module d'ARN de Vienne] |
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