Interactions et voies de protéine

La détection et la validation automatisées de l'interaction par Co-Évolution (CONSEIL) prend une liste d'ordres de protéine ou de paires d'ordre comme entrée et emploie des ordres orthologous pour évaluer la similitude dans l'histoire évolutionnaire des protéines. C'est t suggéré - [lu plus de CONSEIL]

Fournit plusieurs outils comprenant WIT2, IEM, MPW, SENTRA et PatScan ; d'autres outils sont également disponibles. - [Lu plus de laboratoire national d'Argonne - bases de données de calcul de biologie]

ArrayXPath est un service basé sur le WEB pour des profils assortis de gène-expression de microarray avec des voies biologiques connues. L'entrée est un profil groupé de gène-expression dans une mise en forme de texte onglet-délimitée. La sortie inclut des diagrammes de voie. - [Lu plus d'ArrayXPath]

Descriptions complètes de mémoires des interactions, des complexes moléculaires et des voies ; les chercheurs peuvent soumettre des nouveaux records. - [Lu plus GRIPPAGE - la base de données réseau biomoléculaire d'interaction]

inclut : TRANSFAC - base de données de facteur de transcription ; DB de Patho - formes mutées des facteurs de transcription et des accepteurs qui sont pathologiquement appropriés ; DB de S/MARt - base de données de transaction de matrice d'échafaudage ; TRANSPATH - base de données de normalisation de voie de gène. - [Lu plus de bases de données réglementaires de gène de BIOBASE]

Informations sur la fonction de gène, les voies proteomic, et l'échange de réactif ; diagrammes très clairs de voie ; peut rechercher des voies par titre ou parcourir une liste organisée. - [Lu plus de BioCarta]

BioCyc est une collection de bases de données de voie/génome a dérivé ou de la littérature (EcoCyc et MetaCyc) ou de calcul (IE. HumanCyc). EcoCyc est employé pour visualiser la disposition de gène, les réactions biochimiques, et les voies pour le chromosome d'Escherichia coli ; MetaCy - [lu plus de bibliothèque de la connaissance de BioCyc]

Informations sur la réaction et la spécificité, les modifications poteau-de translation, la structure, la stabilité, et les références à d'autres bases de données ; libérez pour des universitaires. - [Lu plus de BRENDA - le système d'information complet d'enzymes]

CNplot est un outil de visualisation de réseau qui peut être utilisé pour les réseaux de grande puissance, tant que ils pré-sont groupés. - [Lu plus de CNplot : Visualisation des réseaux Pré-Groupés]

Cytoscape est une plate-forme de visualisation pour l'usage avec les réseaux moléculaires d'interaction. Des données d'interaction peuvent être intégrées avec d'autres données d'état telles que des profils d'expression de gène. L'entrée à Cytoscape inclut des listes de paires d'interaction, et le delimi d'onglet/espace - [lu plus de Cytoscape]

La base de données des protéines de interaction (IMMERSION) permet à des utilisateurs de rechercher les protéines de interaction. Des listes de résultats peuvent être recherchées et/ou visualisées (statiquement ou dynamiquement). Les utilisateurs peuvent soumettre de nouvelles interactions de protéine-protéine et entrées de base de données de mise à jour. - [Lu plus IMMERSION]

Dépôt d'information de nomenclature d'enzymes ; sélection utile des correspondances à d'autres bases de données ; libérez pour des recherches seulement. - [Lu plus d'ENZYME - base de données de nomenclature d'enzymes]

Le système intégré pour l'analyse de données avec des informations sur des réseaux d'expression et de gène, contient également la base de données de normalisation transcriptional de régions (TRRD). - [Lu plus de GeneExpress2.1]

l'iHOP (l'information Hyperlinked au-dessus des protéines) est un système qui permet à on de diriger par un réseau des gènes et des protéines basés sur le contenu des abrégés sur PubMed. Pour chaque recherche de gène, l'iHOP enregistre des phrases des résumés l'associant à l'autre g - [lu plus d'iHOP]

Le but d'IntEnz est de créer une base de données relationnelle simple contenant des données d'enzymes de trois sources différentes : la version officielle de la nomenclature d'enzymes comportant des recommandations du Comité de nomenclature de l'union internationale du bio ch - [lu plus d'IntEnz : Base de données relationnelle intégrée d'enzymes]

Base de données des orthologs de protéine qui agissent l'un sur l'autre (des interologs) et des protéines avec des rapports de normalisation économisés à travers des espèces (regulogs). Contient des données pour les elegans, la drosophile, l'Arabidopsis, et la levure de C. - [Lu plus de base de données d'Interolog/Regulog]

InterWeaver est un outil utilisant deux approches pour détecter des interactions potentielles de protéine la recherche et en interprétant l'évidence fournie par les bases de données en ligne. La première approche trouve des homologues pour un ordre et recherche les associés de interaction - [lu plus d'InterWeaver]

Cartes de voie, catalogues moléculaires, cartes de génome et catalogues de gène qui saisissent la connaissance au sujet des interactions en termes de voies de l'information. KEGG comporte plusieurs bases de données, y compris BRITE (interactions de protéine-protéine), la VOIE (réseaux d'interaction pour - [lu plus de KEGG : Encyclopédie de Kyoto des gènes et des génomes]

La base de données de Curated avec un foyer sur des données moléculaires expérimentalement vérifiées d'interaction s'est rassemblée de la littérature scientifique. Emphase sur les organizations mammifères. - [Lu plus EN BON ÉTAT - une base de données moléculaire d'interactions]

Le centre d'information de Munich pour des projets d'ordres de protéine incluent : analyse fongique de génome, bio-informatique de génome d'usine, annotation structurale de génomique, de proteomics et de génome. Les projets et les bases de données incluent : CYGD, MNCDB, NGFN, MPPI, SIMAP, QUIPOS, MATDB, M - [lu plus de MIPS]

PathBLAST est un outil pour la comparaison hétérospécifique des réseaux d'interaction de protéine. PathBLAST prend un chemin court d'interaction de protéine comme entrée et recherche contre un réseau disponible d'interation de protéine-protéine spécifique par l'utilisateur. - [Lu plus de PathBLAST]

Analyse de Shortest-Path d'utilisations de l'outil de chasseur de voie (PHT) pour reconstruire et visualiser des voies biochimiques. L'utilisateur peut trouver le Shortest-Path entre deux métabolites, ou trouvez tous les produits ou educts accessibles pour un métabolite donné. - [Indiqué plus d'outil de chasseur de voie]

Le mineur de voie est un outil pour rechercher des listes de gènes des associations dans des données connues de voie de KEGG, de BioCarta, et de GenMAPP. Fournit également des analyses statistiques. - [Lu plus de mineur de voie]

La liste de ressource de voie (PRL) est une base de données des liens 150+ aux ressources pour des interactions de protéine-protéine, métabolique et signalante des voies, facteur de transcription et des réseaux d'interaction, des diagrammes de voie, des ordres de protéine, et protéine-composé génétiques - [lu plus de liste de ressource de voie]

Reactome est une base de données des voies humaines et des processus biologiques s'étendant des processus de base de métabolisme aux voies de normalisation complexes. Les données curated par des biologistes et peer-reviewed ultérieurement pour l'exactitude et l'uniformité. Correspondances W - [lu plus de Reactome - une base de connaissances des processus biologiques]

La base de données d'enzymes de restriction, une collecte d'informations au sujet des enzymes de restriction et protéines relatives. - [Lu plus REBASEZ]

La CHAÎNE DE CARACTÈRES (outil de recherche pour la recherche des gènes/des protéines de interaction) est une base de données d'interaction/association de protéine-protéine. Les interactions connues et prévues sont incluses. Les interactions sont dérivées des points d'émission de données et la littérature et le franc existants - [lu plus de CHAÎNE DE CARACTÈRES]

Taverna est un outil pour créer et exécuter des déroulements des opérations de bio-informatique. - [Lu plus de Taverna]

Base de données des interactions génétiques et physiques ; contient des données d'interaction des plusieurs génome/proteome large-étudie, la base de données de MIPS, et GRIPPAGE ; fournit un système puissant de visualisation pour regarder des interactions graphiquement. - [Plus indiqué La GRILLE - dépôt général pour des ensembles de données d'interaction]

Demande de représenter graphiquement des interactions biologiques physiques et génétiques ; est ajouté au dépôt général des ensembles de données d'interaction (La GRILLE) ; disponible pour Unix et Windows. - [Plus lu le système de visualisation de réseau d'Osprey]